目的 将CRISPR系统与杂交链式反应(hybridization chain reaction, HCR)结合，构建一种用于副溶血性弧菌快速检测的荧光方法，以实现对病原菌的快速、灵敏、准确检测。 方法 筛选副溶血性弧菌特异性保守序列，设计级联探针(RP/I)及HCR发夹结构，优化反应体系及实验条件，评估该方法的可行性、灵敏度和特异性，并利用副溶血性弧菌污染的水产品验证其抗干扰能力。 结果 仅当靶标存在时，CRISPR/Cas13a才能被激活，反式切割RP/I级联探针，释放出I链并引发HCR反应，产生明显的荧光增强信号。该方法具有良好的检测特异性，可区分单碱基错配、双碱基错配和三碱基错配，并能针对不同菌株有效区分副溶血性弧菌与非靶标菌(如溶藻弧菌、创伤弧菌、哈维氏弧菌、霍乱弧菌和大肠杆菌)。基于纯靶标RNA的检测灵敏度为1.01 pmol/L，在25 pmol/L-10 nmol/L具有良好的线性关系，其回归方程为y=7 236.75×lg C_T-RNA-8 590.11，R²=0.99。本研究方法可快速检测多种水产品中副溶血性弧菌提取的RNA，检测结果与实时荧光定量逆转录PCR (real-time reverse transcription quantitative PCR, RT-qPCR)一致。 结论 本研究建立的CRISPR/Cas13a-HCR荧光检测方法可快速、准确地检测副溶血性弧菌，且具有良好的灵敏度、特异性和准确性。

目的 探讨Kelch样ECH相关蛋白1 (Kelch-like ECH-associated protein 1, KEAP1)对单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus type 1, HSV-1)复制的影响，为抗单纯疱疹病毒研究提供理论依据。 方法 通过qPCR和Western blotting试验检测人视网膜色素上皮细胞(ARPE-19细胞)感染HSV-1后KEAP1-NRF2信号通路及病毒分子的mRNA和蛋白表达情况。构建KEAP1沉默和过表达的ARPE-19细胞株，采用Western blotting检测KEAP1沉默和过表达对核因子红细胞2相关因子2 (nuclear factor erythroid 2-related factor 2, NRF2)信号通路的影响。用KEAP1沉默和过表达细胞株感染HSV-1，采用qPCR检测病毒mRNA表达变化，采用免疫荧光和Western blotting检测病毒蛋白表达变化，采用空斑形成试验检测病毒滴度变化。用KEAP1沉默细胞株感染HSV-1，采用Western blotting检测不同时间点NRF2信号通路和病毒蛋白的表达情况。 结果 KEAP1沉默可激活NRF2信号通路，促进HSV-1的复制；KEAP1过表达可下调NRF2信号通路，抑制HSV-1的复制。这一结果与先前研究中关于NRF2信号通路上调及活化可抑制HSV-1复制的结论相矛盾。进一步研究发现，KEAP1沉默诱导的NRF2上调在HSV-1感染后受到显著抑制。 结论 KEAP1在宿主细胞抗HSV-1感染过程中发挥重要作用，其与NRF2的相互作用在抗病毒免疫应答中具有复杂的生物学功能。

硫酸盐还原菌因其独特的还原能力可在还原硫酸盐的同时去除重金属，在重金属污染修复领域具有应用潜力。 目的 从海洋沉积物中分离出高效的硫酸盐还原菌株，探究其还原特性及其在Cr(VI)污染修复中的应用前景。 方法 通过富集筛选获得一株高效硫酸盐还原菌，分析该菌株的硫酸盐还原效率、Cr(VI)去除效率，以及在环境胁迫(如pH、硫酸盐浓度、重金属浓度)条件下的菌株代谢响应特性。利用该菌株制备生物硫铁复合材料，并采用扫描电子显微镜、X射线衍射仪、傅里叶变换红外光谱仪分析生物硫铁复合材料的表征特性，探索该生物硫铁复合材料在Cr(VI)污染修复中的可行性。 结果 经鉴定菌株S5为脱硫弧菌(Desulfovibrio sp.)，GenBank登录号为OR140726。菌株S5的蛋白质浓度和硫酸盐还原过程符合S型曲线；该菌株具有一定的耐酸性，在pH为5.0的培养条件下，其OD₆₀₀值和硫酸盐还原率分别可达0.16±0.01和(83.71±1.49)%。该菌株在硫酸盐浓度为0.5-1.3 g/L范围内均能表现出硫酸盐还原能力，最高还原率可达(92.27±1.20)%；在Cr(VI)浓度为10-30 mg/L条件下，菌株S5具有高效的Cr(VI)去除能力。然而，当Cr(VI)浓度高于30 mg/L时Cr(VI)去除率显著下降。基于菌株S5制备的生物硫铁复合材料具有富含C=O、N-H、Fe-S等官能团及多孔隙、非晶态等表征特性，在较高Cr(VI)浓度范围内Cr(VI)去除率无显著差异，均在85%以上。 结论 菌株Desulfovibrio sp. S5是一株具有高效硫酸盐还原能力和Cr(VI)去除能力的菌株，以其制备的生物硫铁复合材料能够克服较高Cr(VI)浓度的限制，保持较高的Cr(VI)去除率，在Cr(VI)污染修复方面具有明显优势。研究结果为硫酸盐还原菌应用于Cr(VI)污染环境的生物修复提供了基础和科学依据。

嗜铁素(siderophore)是一类由细菌在缺铁环境下分泌的小分子量、高亲和力的铁螯合分子。假单胞菌可产生嗜铁素高效螯合环境中难溶性的Fe³⁺，这是细菌适应铁限制环境的关键机制。本文系统综述了假单胞菌嗜铁素的类型、结构特征及其主要合成途径——非核糖体肽合成酶(non-ribosomal peptide synthetase, NRPS)，重点介绍了嗜铁素合成受铁调控蛋白、σ因子、群体感应和双组分系统等多层级调控通路的情况。同时，假单胞菌嗜铁素能促进植物对铁的吸收以及环境修复，也是病原菌感染的毒力因子和致腐菌的重要因子。嗜铁素-铁复合物可被细菌特异性识别并主动摄取，这种“特洛伊木马”机制能促使共价偶联的抗生素潜入菌体，从而显著提升抗菌效果。未来研究需深入解析假单胞菌嗜铁素的分子调控网络及其在微生物互作机制中的作用以推动其在农业、医药和环保领域的应用开发。

【目的】 分析鹿眼蛱蝶浓核病毒(Junonia coenia densovirus, JcDV)结构蛋白VP1在棉铃虫(Helicoverpa armigera)表皮细胞系HaEpi内的入核转运动态及转运途径，为明确JcDV的装配与增殖过程提供理论依据。 【方法】 构建与绿色荧光蛋白(green fluorescent protein, GFP)融合表达的VP1野生型、突变体质粒，转染至HaEpi细胞内，分析VP1的亚细胞定位动态特征，鉴定核定位信号(nuclear localization signal, NLS)及关键氨基酸残基；克隆HaEpi细胞表达的入核转运受体基因，构建与红色荧光蛋白DsRed2融合表达的质粒，分析其亚细胞定位；采用共定位、免疫共沉淀(co-immunoprecipitation, Co-IP)技术分析VP1与入核转运受体的相互作用。 【结果】 转染后6 h，VP1定位于细胞质内，之后直至48 h逐渐转运至细胞核内；VP1的NLS位于325-EGTKRKADTPVEEGPSKKGAH-345，其中K328、R329、K341是影响核定位的关键氨基酸残基。入核转运受体Haimpα1、Haimpα4、Haimpα7定位于细胞核内，而Haimpβ1主要位于细胞核膜周围。共定位与Co-IP结果表明，VP1与Haimpα1、Haimpα4、Haimpβ1存在相互作用，但与Haimpα7无相互作用。 【结论】 JcDV结构蛋白VP1可通过importin α/β和importin β双重途径转运入核。

目的 探究不同果肉厚度辣椒4个生态位的内生微生物群落差异及关联，挖掘不同辣椒果肉厚度对应的微生物群落差异。 方法 以不同果肉厚度的辣椒为试验材料，分别提取辣椒根、茎、叶、果部位的DNA，利用Illumina平台对不同果肉厚度辣椒的4个生态位内生微生物群落进行细菌16S rRNA基因和真菌ITS区测序，鉴定并筛选与辣椒果实厚度具有潜在关联的菌群，同时开展盆栽试验进行验证。 结果 不同果肉厚度辣椒的4个生态位的内生细菌和真菌群落均存在差异，其中果部细菌群落结构差异最为显著。果实属水平柱状图和物种差异分析表明，鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)在厚肉型辣椒中显著富集，且与果肉厚度呈正相关。从辣椒果实中分离出28种内生菌，其中有2株菌属于鞘氨醇单胞菌属，分别为水生鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas aquatilis)和菽内氏鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas yabuuchiae)，这2株菌均具备产吲哚-3-乙酸(indole-3-acetic acid, IAA)和固氮能力。通过辣椒盆栽试验发现，这2株内生菌可显著促进辣椒果实生长，施加菌剂的辣椒果肉厚度增加75.44%。 结论 辣椒果实中鞘氨醇单胞菌属的相对丰度与辣椒果肉厚度呈显著正相关，且该菌属能促进辣椒果实生长。本研究对揭示内生微生物群落在调控辣椒果实发育响应中的作用具有重要意义，可为辣椒果实品质改良提供必要的理论依据。

肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)是一种常见的机会致病菌，可引发急性中耳炎、支气管炎、鼻窦炎、社区获得性肺炎、败血症、化脓性脑膜炎等多种感染性疾病。细胞自噬是一种依赖溶酶体的细胞内降解途径，在细菌感染以及宿主防御病原体感染的过程中发挥双重调控作用。在肺炎链球菌感染时可激活宿主细胞的异源自噬(xenophagy)途径，进而促进胞内细菌的清除；然而，该病原体也进化出多种逃逸策略，包括干扰自噬体成熟、逃避自噬体包裹，甚至劫持自噬通路以促进其在胞内的存活和扩散。近年来，关于肺炎链球菌与宿主细胞自噬系统间动态互作的分子机制及其在细菌感染过程中的作用已取得显著进展，但尚无系统性综述对此进行梳理。本文聚焦于肺炎链球菌与宿主细胞自噬的相互作用网络及其关键作用机制，为抗肺炎链球菌感染的新型靶向治疗策略提供了理论依据和研究思路。

目的 对2022-2023年间从不同工业产品及生产环境中分离的120株洋葱伯克霍尔德氏菌复合群(Burkholderia cepacia complex, Bcc)进行物种鉴定及多样性分析，并对本实验室一株新分型的神秘伯克霍尔德氏菌(Burkholderia aenigmatica) ST2120的全基因组数据进行分析，预测其毒力和致病性。 方法 采用多位点分型研究方法(multilocus sequence typing, MLST)确定Bcc的分型(sequence types, ST)；利用多位点序列分析(multilocus sequence analysis, MLSA)对未知分型的Bcc进行系统发育分析和物种鉴定。选取ST2120菌株，使用Nanopore测序平台进行全基因组测序，并对测序数据进行基因组装、基因预测、功能注释以及次级代谢产物基因簇预测等。 结果 120株Bcc菌株中共鉴定出7个物种，分别为神秘伯克霍尔德氏菌(B. aenigmatica)、新洋葱伯克霍尔德氏菌(B. cenocepacia)、洋葱伯克霍尔德氏菌(B. cepacia)、污染伯克霍尔德氏菌(B. contaminans)、越南伯克霍尔德氏菌(B. vietnamiensis)、稳定伯克霍尔德氏菌(B. stabilis)和多噬伯克霍尔德氏菌(B. multivorans)，共38个不同的ST分型。在分类过程中发现22个新等位基因和20个新ST分型，本研究中的新分型Bcc以B. aenigmatica和B. vietnamiensis为主。B. aenigmatica在工业污染Bcc的占比高达55%，是主要的污染物种。B. aenigmatica ST2120菌株基因组全长为8 909 914 bp，G+C含量为65.73%，包含8 192个编码基因。将全基因组数据上传至NCBI，获得登录号为CP184468-CP184476。基因组分析预测到该菌株存在与铁载体相关的次级代谢产物(如ornibactin C8, chromobactin)合成基因簇，注释到5种与外排泵相关的抗生素抗性基因，以及涉及分泌系统、黏附、入侵宿主、免疫调节和群体感应等功能的毒力基因。 结论 B. aenigmatica已成为主要的工业污染Bcc，B. aenigmatica菌株ST2120基因组中存在较为全面的致病因子，具有潜在致病性。

目的 探究抗抑郁药米氮平在复杂肠道环境中对微生物耐药组的影响。 方法 基于粪便和盲肠内容物的宏基因组测序数据，通过reads比对和宏基因组组装分析耐药基因及宿主情况。 结果 共鉴定出29类耐药基因(antibiotic resistance gene, ARG)，包含610种亚型。杆菌肽、四环素和万古霉素类为主要ARG类型。慢性约束应激(chronic restrain stress, CRS)处理增加了ARG总丰度，显著提高了氨基糖苷类、大环内酯-林可酰胺-链阳菌素类(macrolide-lincosamide-streptogramin, MLS)类及四环素类高风险ARG (tetM、tetO、tet40)的丰度。口服米氮平对耐药组的影响具有初始菌群依赖性：它增加健康大鼠肠道ARG总丰度，降低抑郁大鼠肠道ARG总丰度。米氮平还显著增加了健康大鼠肠道万古霉素类、氨基糖苷类和莫匹罗星类ARG，以及抑郁大鼠肠道四环素耐药基因tetP、多重耐药基因ompR等的丰度。芽孢杆菌门、拟杆菌门和假单胞菌门是肠道优势菌门，同时也是主要ARG细菌宿主。芽孢杆菌门作为氨基糖苷类和MLS类耐药基因的主要宿主菌门，CRS处理后该菌门丰度的增加是导致这2类ARG显著富集的重要原因。CRS还增加了耐万古霉素肠球菌等致病菌的比例。乳杆菌属(Lactobacillus)和经黏液真杆菌属(Blautia)分别被鉴定为tetP和ompR的潜在宿主。口服米氮平后抑郁大鼠肠道Lactobacillus和Blautia丰度的显著增加是tetP和ompR显著富集的重要原因。 结论 CRS处理通过增加高风险ARG丰度及携带ARG的致病菌比例从而增加肠道耐药风险，口服米氮平对肠道微生物耐药组的影响具有初始菌群依赖性。本研究为深入理解非抗生素药物与肠道耐药性的关系提供了依据，对防控抗生素耐药性传播具有重要意义。