药学学报

Primer	Sequence (5'-3')
PnDREB84-F	TATCAAACACTTCCCAAGACCCT
PnDREB84-R	CCGTATTTCCGACACCCATT
Actin-F	TTTTGGATTCTGGTGATGGTGT
Actin-R	CCGCTCAGCAGTTGTGGTAA

Primer	Sequence (5'-3')
PnDREB84-F	TATCAAACACTTCCCAAGACCCT
PnDREB84-R	CCGTATTTCCGACACCCATT
Actin-F	TTTTGGATTCTGGTGATGGTGT
Actin-R	CCGCTCAGCAGTTGTGGTAA

No.	Protein ID	Amino acid (aa)	Molecular weight/kD	Isoelectric point	Instability index	GRAVY	Subcellular localization
1	Pn-01ERF	117	13.14	10.68	26.54	-0.898	Periplasmic
2	Pn-02ERF	204	23.02	9.27	42.71	-0.982	Cytoplasmic
3	Pn-03DREB	202	22.47	6.83	54.11	-0.545	Extracellular
4	Pn-04ERF	314	34.78	5.64	58.85	-0.678	Extracellular
5	Pn-05DREB	162	17.07	4.02	50.99	-0.027	Cytoplasmic
6	Pn-06ERF	204	22.49	9.01	53.65	-0.517	Extracellular
7	Pn-07ERF	158	17.90	5.73	62.07	-0.62	Cytoplasmic
8	Pn-08ERF	105	11.84	10.02	42.3	-0.647	Periplasmic
9	Pn-09ERF	178	20.14	9.77	62.01	-0.512	Cytoplasmic
10	Pn-10DREB	169	18.85	6.21	35.21	-0.447	Cytoplasmic
11	Pn-11ERF	179	20.16	4.66	42.2	-0.684	Cytoplasmic
12	Pn-12ERF	179	20.39	6.16	49.98	-0.749	Cytoplasmic
13	Pn-13AP2	547	60.44	6.11	46.93	-0.709	Extracellular
14	Pn-14ERF	278	31.12	5.34	33.43	-0.665	Extracellular
15	Pn-15DREB	179	19.80	4.96	59.25	-0.646	Extracellular
16	Pn-16ERF	223	24.95	5.13	64.9	-0.643	Extracellular
17	Pn-17ERF	124	14.45	10.07	33.58	-0.71	Cytoplasmic
18	Pn-18DREB	268	29.87	5.33	51.96	-0.359	Cytoplasmic
19	Pn-19ERF	277	30.55	7.89	78.06	-0.581	Extracellular
20	Pn-20ERF	239	27.22	5.91	66.75	-0.6	Outer membrane
21	Pn-21ERF	208	23.59	5.87	57.63	-0.79	Extracellular
22	Pn-22ERF	346	38.93	5.61	66.02	-0.416	Outer membrane
23	Pn-23DREB	301	33.57	6.97	48.89	-0.639	Outer membrane
24	Pn-24ERF	250	28.47	5.2	56.27	-0.72	Cytoplasmic
25	Pn-25DREB	200	22.37	5.19	53.96	-0.547	Cytoplasmic
26	Pn-26ERF	404	45.29	4.63	53.02	-0.779	Extracellular
27	Pn-27ERF	343	39.16	5.19	40.92	-0.633	Cytoplasmic
28	Pn-28ERF	296	32.59	5.92	53.77	-0.719	Extracellular
29	Pn-29DREB	241	26.57	5.2	47.49	-0.56	Extracellular
30	Pn-30ERF	128	14.07	5.12	31.48	-0.722	Cytoplasmic
31	Pn-31RAV	380	42.49	9.27	48.33	-0.728	Outer membrane
32	Pn-32DREB	369	40.54	6.6	74.42	-0.717	Periplasmic
33	Pn-33DREB	345	38.78	8.71	54.2	-0.609	Periplasmic
34	Pn-34DREB	379	42.65	8.19	54.74	-0.587	Extracellular
35	Pn-35DREB	365	40.05	6.26	49.96	-0.503	Extracellular
36	Pn-36RAV	352	40.43	6.34	43.54	-0.527	Outer membrane
37	Pn-37ERF	111	12.17	9.07	76.71	-0.621	Periplasmic
38	Pn-38ERF	119	13.15	9.3	61.14	-0.637	Cytoplasmic
39	Pn-39ERF	275	30.05	7.9	57.22	-0.626	Extracellular
40	Pn-40AP2	557	62.31	6.97	55.09	-0.867	Extracellular
41	Pn-41DREB	154	17.46	8.93	54.38	-1.056	Cytoplasmic
42	Pn-42ERF	430	46.46	6.27	46.96	-0.543	Extracellular
43	Pn-43ERF	204	23.16	8.23	63.73	-0.705	Cytoplasmic
44	Pn-44ERF	206	23.25	7.91	60.38	-0.698	Extracellular
45	Pn-45ERF	188	21.32	6.53	55.84	-0.724	Cytoplasmic
46	Pn-46ERF	220	24.48	8.98	58.82	-0.637	Outer membrane
47	Pn-47ERF	134	15.35	5.19	33.34	-0.915	Cytoplasmic
48	Pn-48ERF	212	24.22	4.82	42.41	-0.588	Cytoplasmic
49	Pn-49ERF	135	15.76	6.96	28.37	-1.187	Cytoplasmic
50	Pn-50ERF	158	17.86	6.63	43.61	-0.96	Cytoplasmic
51	Pn-51RAV	225	25.37	5.38	58.99	-0.583	Extracellular
52	Pn-52ERF	384	43.33	4.97	52.22	-0.824	Cytoplasmic
53	Pn-53ERF	293	31.96	9.23	46.06	-0.41	Extracellular
54	Pn-54ERF	244	27.70	8.9	42.79	-0.978	Periplasmic
55	Pn-55S	256	29.33	8.73	58.17	-0.498	Extracellular
56	Pn-56ERF	235	25.96	5.28	70.62	-0.401	Cytoplasmic
57	Pn-57AP2	672	74.65	6.47	50.38	-0.763	Extracellular
58	Pn-58AP2	299	33.47	6.6	50.31	-0.642	Extracellular
59	Pn-59AP2	577	63.69	6.48	58.21	-0.653	Extracellular
60	Pn-60AP2	541	60.54	6.09	57.76	-0.877	Outer membrane
61	Pn-61AP2	671	74.00	5.85	45.97	-0.765	Extracellular
62	Pn-62ERF	379	41.92	4.91	36.84	-0.669	Periplasmic
63	Pn-63ERF	155	17.66	8.65	60.32	-1.126	Cytoplasmic
64	Pn-64AP2	154	17.57	9.89	60.83	-1.11	Periplasmic
65	Pn-65ERF	227	24.43	6.51	60.55	-0.512	Extracellular
66	Pn-66ERF	160	17.52	9.97	60.73	-0.5	Cytoplasmic
67	Pn-67ERF	301	32.85	9.67	46.68	-0.492	Extracellular
68	Pn-68ERF	221	23.70	8.01	45.4	-0.313	Cytoplasmic
69	Pn-69ERF	227	24.43	6.51	60.55	-0.512	Extracellular
70	Pn-70ERF	160	17.52	9.97	60.73	-0.5	Cytoplasmic
71	Pn-71ERF	221	23.70	8.01	45.4	-0.313	Cytoplasmic
72	Pn-72ERF	301	32.85	9.67	46.68	-0.492	Extracellular
73	Pn-73ERF	340	37.78	5.06	55.19	-0.646	Outer membrane
74	Pn-74ERF	310	35.15	5.47	47.46	-0.815	Extracellular
75	Pn-75ERF	251	28.21	5.49	35.77	-0.891	Extracellular
76	Pn-76DREB	238	25.99	5.99	63.53	-0.606	Extracellular
77	Pn-77DREB	260	28.02	5.04	52.6	-0.527	Extracellular
78	Pn-78DREB	257	27.84	4.88	54.94	-0.513	Extracellular
79	Pn-79DREB	255	28.15	6.47	45.23	-0.713	Extracellular
80	Pn-80ERF	199	22.06	7.71	57.97	-0.8	Cytoplasmic
81	Pn-81DREB	185	19.98	7.68	47.23	-0.891	Extracellular
82	Pn-82DREB	109	11.98	9.83	41.86	-0.714	Cytoplasmic
83	Pn-83DREB	210	23.34	6.9	33.18	-1.024	Extracellular
84	Pn-84DREB	292	31.03	4.99	53.48	-0.523	Extracellular
85	Pn-85ERF	109	11.87	10.12	31.71	-0.971	Extracellular
86	Pn-86ERF	155	17.10	10.16	47.55	-0.375	Cytoplasmic
87	Pn-87AP2	157	18.15	10.47	42.21	-1.124	Cytoplasmic
88	Pn-88ERF	291	32.36	8.84	52.68	-0.53	Extracellular
89	Pn-89ERF	344	38.04	5.66	56.23	-0.809	Extracellular
90	Pn-90ERF	140	15.83	10.09	34.54	-0.788	Cytoplasmic
91	Pn-91DREB	240	26.38	4.95	62.31	-0.536	Extracellular
92	Pn-92ERF	177	19.78	9.98	64.59	-0.783	Periplasmic
93	Pn-93DREB	261	28.87	4.41	44.47	-0.59	Extracellular
94	Pn-94DREB	274	30.83	6.05	57.63	-0.557	Extracellular
95	Pn-95DREB	172	19.51	10.13	49.04	-0.725	Periplasmic
96	Pn-96ERF	157	17.12	5.06	43.82	-0.497	Periplasmic
97	Pn-97AP2	410	46.48	5.36	56.53	-0.879	Extracellular
98	Pn-98ERF	205	23.50	5.32	67.32	-0.935	Cytoplasmic
99	Pn-99ERF	211	23.76	5.6	65.92	-0.782	Cytoplasmic
100	Pn-100ERF	231	26.61	4.73	63.01	-0.628	Cytoplasmic
101	Pn-101ERF	209	23.35	5.01	64.9	-0.67	Outer membrane
102	Pn-102ERF	154	17.05	9.59	55.38	-0.417	Cytoplasmic
103	Pn-103ERF	202	22.38	8.69	62.41	-0.766	Periplasmic
104	Pn-104ERF	287	32.91	5.45	57.85	-0.733	Cytoplasmic
105	Pn-105ERF	373	41.88	4.86	51.11	-0.603	Cytoplasmic
106	Pn-106ERF	375	41.64	4.9	52.02	-0.589	Cytoplasmic
107	Pn-107ERF	213	23.81	4.97	57.19	-0.618	Cytoplasmic
108	Pn-108ERF	226	24.50	9.85	47.88	-0.435	Periplasmic
109	Pn-109ERF	206	22.20	9.03	61.88	-0.537	Cytoplasmic
110	Pn-110S	215	23.68	5.11	54.32	-0.489	Extracellular
111	Pn-111ERF	260	28.61	4.2	49.59	-0.515	Cytoplasmic
112	Pn-112ERF	265	29.35	7.11	66.25	-0.808	Extracellular
113	Pn-113ERF	317	36.04	6.3	73.96	-1.086	Extracellular
114	Pn-114DREB	235	26.03	6.32	49.55	-0.678	Cytoplasmic
115	Pn-115DREB	189	20.92	5	38.73	-0.407	Cytoplasmic
116	Pn-116DREB	269	29.51	5.32	46.68	-0.709	Extracellular
117	Pn-117DREB	452	50.48	5.45	67.06	-0.827	Extracellular
118	Pn-118ERF	205	22.96	6.97	69.37	-0.624	Extracellular
119	Pn-119DREB	108	12.02	9.44	49.94	-0.536	Cytoplasmic
120	Pn-120DREB	334	37.28	5.6	38.04	-0.875	Extracellular
121	Pn-121ERF	168	18.86	9.57	60.1	-0.786	Cytoplasmic
122	Pn-122ERF	167	18.58	9.42	43.89	-0.829	Outer membrane
123	Pn-124ERF	418	47.43	10.16	47.81	-1.041	Extracellular
124	Pn-125ERF	214	23.89	8.22	62.02	-0.729	Cytoplasmic
125	Pn-126ERF	136	15.31	9.99	47.07	-0.651	Cytoplasmic
126	Pn-127ERF	170	18.99	8.08	42.12	-0.709	Cytoplasmic
127	Pn-128DREB	200	22.20	9.88	53.13	-0.695	Extracellular
128	Pn-129DREB	254	28.18	6.33	48.58	-0.261	Periplasmic
129	Pn-130ERF	335	37.27	4.64	47.47	-0.73	Extracellular
130	Pn-131DREB	144	16.15	9.33	29.25	-0.814	Periplasmic
131	Pn-132DREB	151	16.90	8.96	31.42	-0.919	Cytoplasmic
132	Pn-133DREB	155	16.84	8.7	40.57	-0.33	Cytoplasmic
133	Pn-134ERF	331	36.33	5.56	53.14	-0.502	Extracellular
134	Pn-135ERF	379	40.65	8.77	66.35	-0.603	Extracellular
135	Pn-136ERF	106	11.75	5.82	40.02	-0.581	Periplasmic
136	Pn-137ERF	326	36.66	6.13	27.32	-0.423	Outer membrane
137	Pn-138ERF	280	30.58	8.89	37.29	-0.795	Extracellular
138	Pn-139AP2	382	43.03	9.28	54.8	-0.614	Outer membrane
139	Pn-140AP2	99	11.42	10.23	36.34	-1.027	Cytoplasmic
140	Pn-123ERF	144	16.12	9.05	43.67	-0.625	Cytoplasmic

No.	Protein ID	Amino acid (aa)	Molecular weight/kD	Isoelectric point	Instability index	GRAVY	Subcellular localization
1	Pn-01ERF	117	13.14	10.68	26.54	-0.898	Periplasmic
2	Pn-02ERF	204	23.02	9.27	42.71	-0.982	Cytoplasmic
3	Pn-03DREB	202	22.47	6.83	54.11	-0.545	Extracellular
4	Pn-04ERF	314	34.78	5.64	58.85	-0.678	Extracellular
5	Pn-05DREB	162	17.07	4.02	50.99	-0.027	Cytoplasmic
6	Pn-06ERF	204	22.49	9.01	53.65	-0.517	Extracellular
7	Pn-07ERF	158	17.90	5.73	62.07	-0.62	Cytoplasmic
8	Pn-08ERF	105	11.84	10.02	42.3	-0.647	Periplasmic
9	Pn-09ERF	178	20.14	9.77	62.01	-0.512	Cytoplasmic
10	Pn-10DREB	169	18.85	6.21	35.21	-0.447	Cytoplasmic
11	Pn-11ERF	179	20.16	4.66	42.2	-0.684	Cytoplasmic
12	Pn-12ERF	179	20.39	6.16	49.98	-0.749	Cytoplasmic
13	Pn-13AP2	547	60.44	6.11	46.93	-0.709	Extracellular
14	Pn-14ERF	278	31.12	5.34	33.43	-0.665	Extracellular
15	Pn-15DREB	179	19.80	4.96	59.25	-0.646	Extracellular
16	Pn-16ERF	223	24.95	5.13	64.9	-0.643	Extracellular
17	Pn-17ERF	124	14.45	10.07	33.58	-0.71	Cytoplasmic
18	Pn-18DREB	268	29.87	5.33	51.96	-0.359	Cytoplasmic
19	Pn-19ERF	277	30.55	7.89	78.06	-0.581	Extracellular
20	Pn-20ERF	239	27.22	5.91	66.75	-0.6	Outer membrane
21	Pn-21ERF	208	23.59	5.87	57.63	-0.79	Extracellular
22	Pn-22ERF	346	38.93	5.61	66.02	-0.416	Outer membrane
23	Pn-23DREB	301	33.57	6.97	48.89	-0.639	Outer membrane
24	Pn-24ERF	250	28.47	5.2	56.27	-0.72	Cytoplasmic
25	Pn-25DREB	200	22.37	5.19	53.96	-0.547	Cytoplasmic
26	Pn-26ERF	404	45.29	4.63	53.02	-0.779	Extracellular
27	Pn-27ERF	343	39.16	5.19	40.92	-0.633	Cytoplasmic
28	Pn-28ERF	296	32.59	5.92	53.77	-0.719	Extracellular
29	Pn-29DREB	241	26.57	5.2	47.49	-0.56	Extracellular
30	Pn-30ERF	128	14.07	5.12	31.48	-0.722	Cytoplasmic
31	Pn-31RAV	380	42.49	9.27	48.33	-0.728	Outer membrane
32	Pn-32DREB	369	40.54	6.6	74.42	-0.717	Periplasmic
33	Pn-33DREB	345	38.78	8.71	54.2	-0.609	Periplasmic
34	Pn-34DREB	379	42.65	8.19	54.74	-0.587	Extracellular
35	Pn-35DREB	365	40.05	6.26	49.96	-0.503	Extracellular
36	Pn-36RAV	352	40.43	6.34	43.54	-0.527	Outer membrane
37	Pn-37ERF	111	12.17	9.07	76.71	-0.621	Periplasmic
38	Pn-38ERF	119	13.15	9.3	61.14	-0.637	Cytoplasmic
39	Pn-39ERF	275	30.05	7.9	57.22	-0.626	Extracellular
40	Pn-40AP2	557	62.31	6.97	55.09	-0.867	Extracellular
41	Pn-41DREB	154	17.46	8.93	54.38	-1.056	Cytoplasmic
42	Pn-42ERF	430	46.46	6.27	46.96	-0.543	Extracellular
43	Pn-43ERF	204	23.16	8.23	63.73	-0.705	Cytoplasmic
44	Pn-44ERF	206	23.25	7.91	60.38	-0.698	Extracellular
45	Pn-45ERF	188	21.32	6.53	55.84	-0.724	Cytoplasmic
46	Pn-46ERF	220	24.48	8.98	58.82	-0.637	Outer membrane
47	Pn-47ERF	134	15.35	5.19	33.34	-0.915	Cytoplasmic
48	Pn-48ERF	212	24.22	4.82	42.41	-0.588	Cytoplasmic
49	Pn-49ERF	135	15.76	6.96	28.37	-1.187	Cytoplasmic
50	Pn-50ERF	158	17.86	6.63	43.61	-0.96	Cytoplasmic
51	Pn-51RAV	225	25.37	5.38	58.99	-0.583	Extracellular
52	Pn-52ERF	384	43.33	4.97	52.22	-0.824	Cytoplasmic
53	Pn-53ERF	293	31.96	9.23	46.06	-0.41	Extracellular
54	Pn-54ERF	244	27.70	8.9	42.79	-0.978	Periplasmic
55	Pn-55S	256	29.33	8.73	58.17	-0.498	Extracellular
56	Pn-56ERF	235	25.96	5.28	70.62	-0.401	Cytoplasmic
57	Pn-57AP2	672	74.65	6.47	50.38	-0.763	Extracellular
58	Pn-58AP2	299	33.47	6.6	50.31	-0.642	Extracellular
59	Pn-59AP2	577	63.69	6.48	58.21	-0.653	Extracellular
60	Pn-60AP2	541	60.54	6.09	57.76	-0.877	Outer membrane
61	Pn-61AP2	671	74.00	5.85	45.97	-0.765	Extracellular
62	Pn-62ERF	379	41.92	4.91	36.84	-0.669	Periplasmic
63	Pn-63ERF	155	17.66	8.65	60.32	-1.126	Cytoplasmic
64	Pn-64AP2	154	17.57	9.89	60.83	-1.11	Periplasmic
65	Pn-65ERF	227	24.43	6.51	60.55	-0.512	Extracellular
66	Pn-66ERF	160	17.52	9.97	60.73	-0.5	Cytoplasmic
67	Pn-67ERF	301	32.85	9.67	46.68	-0.492	Extracellular
68	Pn-68ERF	221	23.70	8.01	45.4	-0.313	Cytoplasmic
69	Pn-69ERF	227	24.43	6.51	60.55	-0.512	Extracellular
70	Pn-70ERF	160	17.52	9.97	60.73	-0.5	Cytoplasmic
71	Pn-71ERF	221	23.70	8.01	45.4	-0.313	Cytoplasmic
72	Pn-72ERF	301	32.85	9.67	46.68	-0.492	Extracellular
73	Pn-73ERF	340	37.78	5.06	55.19	-0.646	Outer membrane
74	Pn-74ERF	310	35.15	5.47	47.46	-0.815	Extracellular
75	Pn-75ERF	251	28.21	5.49	35.77	-0.891	Extracellular
76	Pn-76DREB	238	25.99	5.99	63.53	-0.606	Extracellular
77	Pn-77DREB	260	28.02	5.04	52.6	-0.527	Extracellular
78	Pn-78DREB	257	27.84	4.88	54.94	-0.513	Extracellular
79	Pn-79DREB	255	28.15	6.47	45.23	-0.713	Extracellular
80	Pn-80ERF	199	22.06	7.71	57.97	-0.8	Cytoplasmic
81	Pn-81DREB	185	19.98	7.68	47.23	-0.891	Extracellular
82	Pn-82DREB	109	11.98	9.83	41.86	-0.714	Cytoplasmic
83	Pn-83DREB	210	23.34	6.9	33.18	-1.024	Extracellular
84	Pn-84DREB	292	31.03	4.99	53.48	-0.523	Extracellular
85	Pn-85ERF	109	11.87	10.12	31.71	-0.971	Extracellular
86	Pn-86ERF	155	17.10	10.16	47.55	-0.375	Cytoplasmic
87	Pn-87AP2	157	18.15	10.47	42.21	-1.124	Cytoplasmic
88	Pn-88ERF	291	32.36	8.84	52.68	-0.53	Extracellular
89	Pn-89ERF	344	38.04	5.66	56.23	-0.809	Extracellular
90	Pn-90ERF	140	15.83	10.09	34.54	-0.788	Cytoplasmic
91	Pn-91DREB	240	26.38	4.95	62.31	-0.536	Extracellular
92	Pn-92ERF	177	19.78	9.98	64.59	-0.783	Periplasmic
93	Pn-93DREB	261	28.87	4.41	44.47	-0.59	Extracellular
94	Pn-94DREB	274	30.83	6.05	57.63	-0.557	Extracellular
95	Pn-95DREB	172	19.51	10.13	49.04	-0.725	Periplasmic
96	Pn-96ERF	157	17.12	5.06	43.82	-0.497	Periplasmic
97	Pn-97AP2	410	46.48	5.36	56.53	-0.879	Extracellular
98	Pn-98ERF	205	23.50	5.32	67.32	-0.935	Cytoplasmic
99	Pn-99ERF	211	23.76	5.6	65.92	-0.782	Cytoplasmic
100	Pn-100ERF	231	26.61	4.73	63.01	-0.628	Cytoplasmic
101	Pn-101ERF	209	23.35	5.01	64.9	-0.67	Outer membrane
102	Pn-102ERF	154	17.05	9.59	55.38	-0.417	Cytoplasmic
103	Pn-103ERF	202	22.38	8.69	62.41	-0.766	Periplasmic
104	Pn-104ERF	287	32.91	5.45	57.85	-0.733	Cytoplasmic
105	Pn-105ERF	373	41.88	4.86	51.11	-0.603	Cytoplasmic
106	Pn-106ERF	375	41.64	4.9	52.02	-0.589	Cytoplasmic
107	Pn-107ERF	213	23.81	4.97	57.19	-0.618	Cytoplasmic
108	Pn-108ERF	226	24.50	9.85	47.88	-0.435	Periplasmic
109	Pn-109ERF	206	22.20	9.03	61.88	-0.537	Cytoplasmic
110	Pn-110S	215	23.68	5.11	54.32	-0.489	Extracellular
111	Pn-111ERF	260	28.61	4.2	49.59	-0.515	Cytoplasmic
112	Pn-112ERF	265	29.35	7.11	66.25	-0.808	Extracellular
113	Pn-113ERF	317	36.04	6.3	73.96	-1.086	Extracellular
114	Pn-114DREB	235	26.03	6.32	49.55	-0.678	Cytoplasmic
115	Pn-115DREB	189	20.92	5	38.73	-0.407	Cytoplasmic
116	Pn-116DREB	269	29.51	5.32	46.68	-0.709	Extracellular
117	Pn-117DREB	452	50.48	5.45	67.06	-0.827	Extracellular
118	Pn-118ERF	205	22.96	6.97	69.37	-0.624	Extracellular
119	Pn-119DREB	108	12.02	9.44	49.94	-0.536	Cytoplasmic
120	Pn-120DREB	334	37.28	5.6	38.04	-0.875	Extracellular
121	Pn-121ERF	168	18.86	9.57	60.1	-0.786	Cytoplasmic
122	Pn-122ERF	167	18.58	9.42	43.89	-0.829	Outer membrane
123	Pn-124ERF	418	47.43	10.16	47.81	-1.041	Extracellular
124	Pn-125ERF	214	23.89	8.22	62.02	-0.729	Cytoplasmic
125	Pn-126ERF	136	15.31	9.99	47.07	-0.651	Cytoplasmic
126	Pn-127ERF	170	18.99	8.08	42.12	-0.709	Cytoplasmic
127	Pn-128DREB	200	22.20	9.88	53.13	-0.695	Extracellular
128	Pn-129DREB	254	28.18	6.33	48.58	-0.261	Periplasmic
129	Pn-130ERF	335	37.27	4.64	47.47	-0.73	Extracellular
130	Pn-131DREB	144	16.15	9.33	29.25	-0.814	Periplasmic
131	Pn-132DREB	151	16.90	8.96	31.42	-0.919	Cytoplasmic
132	Pn-133DREB	155	16.84	8.7	40.57	-0.33	Cytoplasmic
133	Pn-134ERF	331	36.33	5.56	53.14	-0.502	Extracellular
134	Pn-135ERF	379	40.65	8.77	66.35	-0.603	Extracellular
135	Pn-136ERF	106	11.75	5.82	40.02	-0.581	Periplasmic
136	Pn-137ERF	326	36.66	6.13	27.32	-0.423	Outer membrane
137	Pn-138ERF	280	30.58	8.89	37.29	-0.795	Extracellular
138	Pn-139AP2	382	43.03	9.28	54.8	-0.614	Outer membrane
139	Pn-140AP2	99	11.42	10.23	36.34	-1.027	Cytoplasmic
140	Pn-123ERF	144	16.12	9.05	43.67	-0.625	Cytoplasmic

三七AP2/ERF基因家族鉴定及PnDREB84基因功能初探

PDF下载

张双华 ¹^,² , 侯聪 ² , 程宇飞 ² , 宁康 ² , 汪鋆植 ¹ , 董林林 ²^,^*

药学学报 | 研究论文 2023,58(11): 3428-3438

收起

药学学报 | 研究论文 2023, 58(11): 3428-3438

三七AP2/ERF基因家族鉴定及PnDREB84基因功能初探

全屏

张双华¹^,², 侯聪², 程宇飞², 宁康², 汪鋆植¹, 董林林²^,^*

作者信息

1.三峡大学生物与制药学院, 湖北宜昌 443002

2.中国中医科学院中药研究所, 北京 100700

通讯作者:

*董林林, Tel: 18911917789, E-mail: lldong@icmm.ac.cn

Identification and analysis of AP2/ERF gene family of Panax notoginseng and function of PnDREB84 gene

Shuang-hua ZHANG¹^,², Cong HOU², Yu-fei CHENG², Kang NING², Jun-zhi WANG¹, Lin-lin DONG²^,^*

Affiliations

1. College of Biological & Pharmaceutical Sciences, China Three Gorges University, Yichang 443002, China

2. Institute of Chinese Meteria Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China

出版时间: 2023-11-12 doi: 10.16438/j.0513-4870.2023-0203

文章导航

摘要

收起

AP2/ERF基因家族是植物界中的最大转录因子家族之一, 在响应生物与非生物胁迫、参与对植物激素的应答及植物生长发育过程具有重要的作用。本研究利用生物信息学方法对三七AP2/ERF家族进行鉴定, 并分析该家族的蛋白理化性质与结构、系统进化关系、表达模式及PnDREB4基因的功能。结果表明, 在三七中鉴定到140个AP2/ERF家族成员, 分为DREB、ERF、AP2、RAV、Soloist五个亚族, 各亚族间蛋白理化性质和基序分布相似。尖孢镰刀菌侵染三七植株, 其AP2/ERF家族基因中有34个差异表达基因, 19个基因表达上调, 其中PnDREB84在0~96 h范围内随着尖孢镰刀菌侵染时间的延长表达量上调。低温4 ℃胁迫后, 超表达PnDREB84基因的三七植株, 其ABA和SA激素的含量增加。结果表明, PnDREB84基因在生物胁迫和非生物胁迫过程中发挥双重调控作用, PnDREB84基因可作为三七抗逆新品种培育的潜在分子标记。三七AP2/ERF转录因子的鉴定及PnDREB84基因功能分析为三七抗逆机制解析及新品种培育提供数据支撑。

关键词

三七 / AP2/ERF家族 / 尖孢镰刀菌 / 低温胁迫 / PnDREB84基因

Abstract

收起

The AP2/ERF gene family is one of the largest transcription factor families in the plant kingdom, and plays an important role in response to biological and abiotic stresses, plant hormone responses, and plant growth and development. In this study, the AP2/ERF family of Panax notoginseng was identified by bioinformatics methods, and the physicochemical properties, structure, phylogenetic relationship, expression pattern and function of PnDREB4 gene of the family were analyzed. The results showed that 140 AP2/ERF family members were identified in P. notoginseng, which were divided into DREB, ERF, AP2, RAV and Sololit subgroups. The physicochemical properties and motifs of proteins were similar among the subgroups. There were 34 differentially expressed genes in the AP2/ERF family of Fusarium oxysporum infected P. notoginseng plants, and 19 genes were up-regulated. The expression level of PnDREB84 was up-regulated with the extension of Fusarium oxysporum infection time in the range of 0-96 h. The content of ABA and SA in P. notoginseng plants overexpressing PnDREB84 gene increased after 4 ℃ stress. The results showed that PnDREB84 gene plays a dual regulatory role in the process of biological stress and abiotic stress. PnDREB84 gene can be used as a potential molecular marker for the breeding of new varieties of P. notoginseng. The identification of AP2/ERF transcription factor and function analysis of PnDREB84 gene of P. notoginseng provided data support for the analysis of stress resistance mechanism of P. notoginseng and the breeding of new varieties.

Key words

Panax notoginseng / AP2/ERF family / Fusarium oxysporum / low temperature stress / PnDREB84 gene

引用本文

张双华, 侯聪, 程宇飞, 宁康, 汪鋆植, 董林林. 三七AP2/ERF基因家族鉴定及PnDREB84基因功能初探. 药学学报, 2023 , 58 (11) : 3428 -3438 . DOI: 10.16438/j.0513-4870.2023-0203

Shuang-hua ZHANG, Cong HOU, Yu-fei CHENG, Kang NING, Jun-zhi WANG, Lin-lin DONG. Identification and analysis of AP2/ERF gene family of Panax notoginseng and function of PnDREB84 gene[J]. Acta Pharmaceutica Sinica, 2023 , 58 (11) : 3428 -3438 . DOI: 10.16438/j.0513-4870.2023-0203

正文

收起

AP2/ERF(APETALA2/ethylene response factor)基因家族是主要存在于植物界中的最大转录因子家族之一, 在物种遗传改良与育种方面具有重要应用价值^[1]。AP2/ERF转录因子家族成员至少包含1个高度保守的AP2结构域, 该结构域由60~70个氨基酸组成, 该结构域可以直接与顺式作用元件相互作用来调节靶基因表达^[2]。根据保守结构域数量和序列的相似性, AP2/ERF超基因家族分为5个亚家族: DREB (脱水反应元件结合)、ERF (乙烯反应元件结合蛋白)、AP2 (APETALA2) 和RAV (ABI3/VP相关), 以及Soloist (少数未分类因子)^[3]。DREB亚家族与ERF亚家族都只包括1个AP2结构域, 两者之间的差别首先在于DREF亚家族AP2结构域的第14和19位氨基酸分别是缬氨酸和谷氨酸, 而ERF亚家族相应位置上分别是丙氨酸和天冬氨酸^[3]。此外, 两个亚家族对DNA亲和力和特异性也不同, DREB蛋白可以特异性与A/GCCGAC元件结合; 而ERF亚家族的成员可以特异性结合GCC-box (AGCCGCC元件)^[4]。AP2亚家族蛋白包含两个重复的AP2结构域。RAV亚家族除了拥有一个AP2结构域外还有一个B3结构域。Soloist类AP2/ERF转录因子也拥有1个AP2结构域, 此类AP2/ERF转录因子与其他亚家族之间的区别在于其基序与基因结构同其他亚家族的序列存在较大的差异^[5]。

随着生物信息学和生物技术的发展, 关于对AP2/ERF家族基因的全基因组鉴定和分析已广泛在植物中进行, 包括拟南芥^[6]、小麦^[7]、葡萄^[8]、黄瓜^[9]、高粱^[10]等单双子叶植物。据报道AP2/ERF转录因子能够提高对生物胁迫的抗性, 在番茄中SlERF.A.1、SlERF.B.4、SlERF.C.3和SlERF.A.3基因在抵抗灰霉病菌侵染过程中必不可少^[11]; 在拟南芥中, 过表达AtERF1可以提高植株对包括葡球菌和黄瓜枯萎菌在内的坏死性真菌的抗性; AtERF2或AtERF14的功能丧失突变体使植株对尖孢镰刀菌更敏感^[12]。同时研究发现AP2/ERF转录因子在非生物胁迫过程中发挥着重要作用, 拟南芥中的AtERF98、水稻中的JCERF011和苜蓿中的MsERF8能够提高其耐盐性^[13-15]; 苹果中转录因子 MdERF38促进干旱胁迫诱导的苹果花青素生物合成^[16]; 番茄中的ERF.D7基因可以激活生长素反应因子, 调节果实成熟^[17], 番茄中的ERF15转录因子能够响应低温胁迫^[18]。此外, AP2/ERF家族成员能参与除乙烯信号途径外的其他激素的应答, 例如负调控赤霉素的生物合成, 调节脱落酸生物合成相关基因的表达水平, 茉莉酸响应防御基因的调控^[19]等。简言之AP2/ERF转录因子是整合各种植物激素信号的关键调节剂, 响应环境胁迫及非生物胁迫, 这些发现极大地促进对AP2/ERF转录因子的功能的理解。

三七[Panax notoginseng (Burk) F.H.Chen] 为五加科人参属草本植物, 其根、茎入药, 具有散瘀止血、消肿定痛等功效, 在我国已有600多年的种植历史^[20]。随着对三七药用价值研究的不断深入, 对三七的应用范围不断扩大, 其市场需求量也在不断增加, 但是由于真菌病害的发生, 以及三七自身对生长环境要求的严苛, 三七的产量和品质受到严重影响。其中, 根腐病是三七生长过程中最严重的病害, 尖孢镰刀菌是三七根腐病的重要致病菌之一^[21-23]。作为一种喜温植物, 三七生长适宜温度为13~20 ℃, 每年秋冬时期的低温是影响三七产量与品质的重要因素, 持续低温会导致三七苗冻害, 影响发芽率和发芽质量以及活性成分含量^[24-26]。根腐病及低温成为影响三七生长及品质的关键障碍因子, 因此三七抗逆机制的研究及抗性品种的选育迫在眉睫。AP2/ERF转录因子通过调控激素信号转导, 响应环境的胁迫因子, 提升植物的抗逆性, 而三七中AP2/ERF转录因子家族的鉴定及功能研究较为薄弱。因此通过解析三七中AP2/ERF基因响应根腐病及低温的分子机制, 发掘病原菌及低温响应的关键基因, 为三七抗逆新品种的培育及种质创新提供数据基础, 保障三七药材的产量及质量。

本研究基于三七转录组数据, 以生物信息学技术手段鉴定AP/ERF家族基因, 分析其理化性质分析、结构域、系统进化树、表达模式等, 并通过瞬时表达体系解析该家族PnDREB84基因在三七抗逆中的功能。通过三七AP2/ERF转录因子的鉴定及功能分析为三七抗病机制解析及抗病新品种培育提供数据支撑。

材料与方法

收起

三七AP2/ERF转录因子家族的筛选及鉴定 利用Pfam数据库(https://pfam.xfam.org/) 下载含有AP2/ERF家族结构域的隐马尔可夫模型文件PF00847, 通过HMME Rv3.1b1软件中的hmmsearch命令在已发表三七转录组数据(PRJCA005472) 中进行搜索得E ≤ e^-5的蛋白序列, 并构建三七本地蛋白信息库。从TAIR数据库(https://www.arabidopsis.org/) 中获得的拟南芥AP2/ERF蛋白序列为探查序列, 使用本地BLASTP程序进行序列比对, 合并HMMER和BLASTP结果删除冗余序列, 得三七AP2/ERF基因蛋白候选序列。将蛋白序列导入Pfam (https://pfam.xfam.org/)、InterPro (https://www.ebi.ac.uk/interpro/)、SMART (https://smart.embl.de/) 等在线工具进行结构域预测分析, 去除其中结构域不完整的序列, 得到三七具有AP2结构域的蛋白序列。

三七AP2/ERF转录因子理化性质分析 利用在线网站ExPASy-ProtParam (https://web.expasy.org/protparam/) 对三七AP2/ERF进行理化性质分析, 包括氨基酸数量、分子质量、理论等电点、不稳定系数和亲水性系数, 利用CELLO v2.5 (http://cello.life.nctu.edu.tw/) 进行亚细胞定位分析。

三七AP2/ERF转录因子系统进化分析 利用Clustal W程序对三七和拟南芥AP2/ERF基因家族的蛋白序列进行多序列比对, 参数为默认值。根据多序列比对结果, 利用MEGA软件采用邻接法(neighbor-joining, NJ) 构建系统进化树, Bootstrap值设置为1 000, 借助在线工具EvolView (https://www.evolgenius.info/evolview/#/) 绘制进化树图。

三七AP2/ERF转录因子保守基序分析 利用MEME在线工具(https://meme-suite.org/meme/) 对三七基因蛋白序列上的保守基序进行预测, 保守基序数量设置为10, 其他参数为默认设置, 并采用TBtools软件绘制保守基序图。

尖孢镰刀菌诱导下三七AP2/ERF转录因子表达分析 将来源于云南省三七植株移植于本实验室标准培养室(温度为25 ℃, 16 h光照, 8 h黑暗, 相对湿度为65%~70%), 并制备尖孢镰刀菌孢子悬浮液(每毫升2×10⁶ conidia)。感染前两周将三七植株洗净, 移植于MS培养液水培, 选择长势良好的植株放入装有250 mL孢子悬浮液培养瓶中进行接种, 8 h后移入水培环境^[27]。接种后0、12、24、48、72和96 h对根部进行取样, 3次生物学重复, 样品置于液氮中保存。通过TPIplant RNA分离试剂盒(Bioteke, 中国) 提取总RNA, 并由安诺基因公司进行RNA测序。利用本课题组已发表转录组数据(PRJCA005472), 取FPKM的平均值, 利用联川云生物平台(https://www.omicstudio.cn/index) 绘制热图, 分析三七AP2/ERF家族的基因表达模式, 数据处理方法为Log2, 数据处理按行处理。

低温条件下三七中PnDREB84基因表达分析 随机将一年生三七植株分成2组, 实验组置于4 ℃恒温标准培养室(16 h光照, 8 h黑暗, 相对湿度为65%~70%) 进行低温处理, 以25 ℃作为对照组。低温处理后0、2、6、12、24、48 h对叶部进行取样, 3次生物学重复, 样品置于液氮中保存。

低温条件下三七中瞬时转化PnDREB84基因 利用同源重组方法构建OE-PnDREB84过表达载体, 并转化农杆菌GV3101以及空载GV1300, 将鉴定为阳性的含有重组质粒的农杆菌划线, 挑单克隆于加有相应抗生素的LB培养基中, 28 ℃、200 r·min^-1培养过夜; 将2 mL菌液转入到50 mL的LB液体培养基中, 相同条件下培养至OD600为0.5~0.6; 3 000 r·min^-1离心15 min收集菌体, 弃上清后用重悬液(10 mmol·L^-1 MES、10 mmol·L^-1 MgCl₂、0.2 mmol·L^-1乙酰丁香酮) 调整OD值为0.8左右, 室温下静置3 h待用; 取已灭菌注射器, 依靠压力将菌液注入三七叶片的叶脉之间, 在黑暗条件下保温、保湿培养24 h之后恢复正常光照培养24 h (16 h光照, 8 h黑暗)。对所有注射过的三七进行冷胁迫处理, 处理时间为0、6、12、48 h; 在不同处理时间点取样, 3次生物学重复, 样品置于液氮中保存。

三七RNA提取和qRT-PCR 采用快速RNA提取试剂盒(北京华越洋生物科技有限公司), 按照生产厂家的说明书来提取总RNA。使用KR118反转录试剂盒[天根生化科技(北京) 有限公司] 通过一步法合成cDNA。采用Primer 5.0软件设计引物, 以Actin基因作为内参基因, 引物合成由擎科生物科技公司完成(表 1)。使用Star Lighter SYBR Green qPCR Mix试剂盒(北京启衡星生物科技有限公司) 进行qRT-PCR实验。反应程序为: 95 ℃酶激活5 min, 95 ℃变性30 s, 60 ℃退火30 s, 72 ℃延伸1 s, 循环次数为40。基因的相对表达量采用2^-ΔΔCt方法计算。

内源植物激素ABA和SA含量的测定 采用液相色谱-质谱联用技术(high performance liquid chromatography-mass spectrometry, HPLC-MS) 测定三七中内源激素脱落酸(abscisic acid, ABA) 和水杨酸(salicylic acid, SA) 含量。

标准品 ABA (≥98%, 批号S08A9J67031) 和SA (≥98%, 批号H31A10B96366) 均来自上海源叶生物科技有限公司。

内源激素提取精密称取三七叶片样品150 mg置2 mL Ep管中, 加入1 mL甲醇/水/甲酸(75∶20∶5, v/v/v) (MWA), 9 000 r·min^-1涡旋研磨30 s, 重复3次, 14 000 r·min^-1 (4 ℃) 条件下离心10 min, 吸取上清液, 0.22 μm尼龙针头滤器过滤, 取续滤液于棕色进样瓶中供LC-MS分析。

测定条件液相条件: 色谱柱为Agilent Eclipse plus C18 (2.1 mm × 100 mm, 1.8 μm), 流动相为A: 水(0.1%甲酸); B: 乙腈, 梯度洗脱: 0 min, 30% B; 0~5 min, 30%~40% B; 5~7 min, 40%~60% B; 7~10 min, 60%~100% B; 10~12 min, 100% B。流速为0.3 mL·min^-1, 进样量为10 μL, 柱温30 ℃。质谱条件: ESI离子源, MRM模式。离子源条件为干燥气温度(gas temp): 300 ℃, 干燥气流量(gas flow): 10 L·min^-1, 雾化器压力(nebulizer): 45 psi, 毛细管电压(capillary): 4 000 V。

结果与分析

收起

1 AP2/ERF基因家族的筛选鉴定及理化性质分析

从三七转录组数据库中获得73 273条抗性蛋白序列, 构建成三七抗性蛋白数据库, 通过HMMER和BLASTP比对分别鉴定到了145个和150个AP2/ERF基因, 将两次鉴定的结果合并、去除重复序列后提交到Pfam、Inter Pro、SMART数据库中验证AP2结构域, 去除没有AP2结构域且结构不完整的序列, 最终得到140个三七AP2/ERF蛋白序列。

三七AP2/ERF蛋白序列进行理化性质分析(表 2), 结果表明, 三七AP2/ERF家族成员之间存在较大差异, 氨基酸长度变化范围在99~672个氨基酸之间, 平均长度为252个氨基酸。此外, 蛋白质分子质量介于11.423~74.651 kDa, 理论等电点介于4.02~10.68, 等电点的平均值为7.12, GRAVY均为负值, 表明三七AP2/ERF蛋白均为亲水性蛋白。亚细胞定位结果显示, 54个AP2/ERF蛋白定位在细胞质中, 58个AP2/ERF蛋白定位在细胞外、12个AP2/ERF蛋白定位在细胞外膜, 16个AP2/ERF蛋白定位在周质中。

2 AP2/ERF转录因子的系统发育分析

由149条拟南芥AP2/ERF氨基酸序列与140条三七AP2/ERF氨基酸序列构建的系统进化树。结果显示: 三七AP2/ERF转录因子可分为DREB、ERF、AP2、RAV以及Soloist在内的5个亚家族, 并可进一步分成6个进化枝(图 1)。三七AP2/ERF基因家族在各亚家族中的分布并不均匀, 其中DREB亚家族包含36个基因, 占基因总数的25.71%; ERF亚家族包含87个基因, 占三七AP2/ERF基因家族总数62.14%; AP2亚家族包含12个基因, 占基因总数的8.57%; RAV亚家族包含3个基因, Soloist (未明确分类) 仅有2个基因。

3 三七AP2/ERF转录因子保守基序分析

利用MEME进行结构域motif组成分析, 在140个三七AP2/ERF蛋白中鉴定到了10个保守的motif结构, 同一亚家族蛋白成员之间的motif分布相似(图 2)。结果表明, motif1和motif2普遍存在于所有PnAP2/ERF蛋白中, 代表着高度保守的AP2结构域, 不同亚家族motif组成有差异, 且每个成员motif的个数在3~6个, 如AP2亚家族中含有特异性motif5, DREB中含有motif7, RAV亚家族中含有motif 4, 猜想是B3结构域。

4 尖孢镰刀菌诱导下三七AP2/ERF转录因子表达分析

尖孢镰刀菌侵染0、12、24、48、72、96 h, 三七AP2/ERF转录因子表达存在差异(图 3)。基于转录组数据, 以|log2Foldchange| ≥ 1, padj < 0.05为标准进行差异基因的筛选, 从140个PnAP2/ERF基因中筛选出34个差异表达基因, 其中PnDREB亚家族成员13个, PnERF亚家族成员18个, PnAP2亚家族成员1个, PnRAV亚家族成员1个, PnSoloist亚家族成员1个。该家族表达模式大致可聚为2类: 随着侵染时间的延长表达下调和上调两种表达模式。PnERF亚家族18个差异表达基因中有9个基因在尖孢镰刀菌感染后表现为下调(如PnERF9、PnERF21、PnERF26、PnERF42); PnDREB亚家族差异基因成员6个下调表达(如PnDREB33、PnDREB78、PnDREB94、PnDREB115), 7个基因上调表达(如PnDREB18、PnDREB29、PnDREB84、PnDREB91); PnAP2、PnRAV、PnSoloist亚族的差异基因表达均上调。其中PnDREB84基因在0~96 h范围内随着尖孢镰刀菌侵染时间的延长表达量持续增加, 选择该基因进行后续功能分析。

5 低温胁迫下三七PnDREB84基因的表达分析

为了明确低温胁迫下三七PnDREB84基因表达情况, 运用qRT-PCR技术分析了低温条件下(4 ℃) PnDREB84基因表达量。与对照相比(25 ℃组), 4 ℃处理6 h后, 三七PnDREB84的表达量显著高于对照组; 低温处理12 h三七PnDREB84的表达量显著高于对照组34倍; 低温处理24 h三七PnDREB84的表达量显著高于对照组20倍; 而低温处理48 h PnDREB84相对表达量与对照组无显著差异(图 4)。结果表明, PnDREB84能快速响应4 ℃低温胁迫, 且表达量依赖处理时间, 并且在低温处理12 h时PnDREB84表达量达到最高。

6 低温胁迫下超表达PnDREB84基因的三七植株中ABA和SA含量升高

为了探究PnDREB84是否通过影响ABA或者SA的含量来增加三七的低温抗性, 分析低温处理下三七植株超表达PnDREB84基因的表达情况及ABA和SA内源激素的含量。结果表明, 低温胁迫处理(4 ℃) 0~48 h, 与对照组相比(未表达基因植株, CK) 及表达空载的幼苗组(P+1300), 超表达目的基因的三七幼苗PnDREB84基因表达量显著高于对照组(图 5A)。超表达目的基因的三七幼苗内源激素ABA含量显著高出对照组及表达空载幼苗组(P+1300) 的45%~90% (图 5B)。低温处理后三七幼苗叶片中SA含量有明显积累(图 5C), 超表达目的基因的三七植株中SA含量比对照组和空载组显著高60%~80%。结果表明, PnDREB84基因的高表达, 增加三七植株SA及ABA的含量。

讨论

收起

本研究共鉴定到140个三AP2/ERF转录因子家族基因, 将其分为5个亚家族, 其中DREB类基因36个、ERF类87个、AP2类12个、RAV类3个以及Soloist类2个基因。本结果与拟南芥、水稻、玉米等物种的研究结果类似, ERF亚家族成员最多, 然后依次是DREB、AP2、RAV亚族, Soloist类成员少数存在^[6-9]。三七AP2/ERF转录因子家族成员的亚细胞定位与多数转录因子的情况一样, 大部分三七AP2/ERF蛋白位于细胞核内, 少部分存在于叶绿体、细胞质和细胞膜, 表明三七AP2/ERF蛋白的多个成员可能在三七的生长发育过程中行使不同功能。系统进化分析结果表明, PnAP2/ERF转录因子家族成员在进化树上大致可以分为8个分支, 其中ERF亚族成员并没有完整的聚集在一起而是分成了两部分, 这可能是因为各个转录因子功能不同而导致进化速度不同, 从而没有聚集在一起。Motif预测分析结果表明, 三七AP2/ERF转录因子家族成员的Motif较多且较为复杂, 每个三七AP2/ERF转录因子含有3~6个不等的保守基序, 其中Motif1和Motif2存在于所有PnAP2/ERF蛋白中, 推测Motif1和Motif2组成AP2结构域, 不同成员间保守基序的数量与分布不同可能揭示基因的不同功能。

在生物胁迫(尖孢镰刀菌) 下, 三七AP2/ERF基因中有34个差异表达基因, 差异基因并没有表现出一致的上调或者下调, 暗示不同PnAP2/ERF基因在调控三七非生物胁迫过程中可能分工不同。生物胁迫下不同AP2/ERF基因表现出差异性, 例如在番茄中AP2/ERF基因在抵抗灰霉病菌侵染过程中SlERF.A.1、SlERF.B.4、SlERF.C.3和SlERF.A.3表达量出现差异^[11], AP2/ERF家族基因在生物胁迫及非生物胁迫下功能具有多样性, 例如马铃薯中的ERF3基因参与抵抗黑胫病菌的侵染^[28], 拟南芥中的ERF1基因通过作用于乙烯信号传导上游成分参与对抗病原体^[29], TaERF1结合GCC-box和DRE/CRT元件来调节小麦对非生物胁迫的反应^[7], 丹参中SmERF128基因能够调节丹参酮的合成^[30]。三七中PnDREB84、PnERF49、PnDREB29、PnDREB91、PnERF125等基因随着侵染时间的延长基因表达量逐渐升高, 表明这些基因能够响应尖孢镰刀菌的侵染, 推测这些基因在三七对抗生物胁迫过程中发挥重要作用。为了探究该基因是否在三七生物胁迫和非生物胁迫中发挥双重调控作用, 选择生物胁迫下持续表达基因PnDREB84进行后续功能分析。

低温胁迫下, PnDREB84基因表达量随着低温处理时间的延长先升高后降低, 在第12 h其表达量是对照组的34倍, PnDREB84基因能够快速响应低温胁迫, 猜想与该亚族能够和特异性元件结合有关, DREB转录因子通过识别与结合低温响应基因的启动子上顺式作用元件(A/GCCGAC) 激活其表达^[31]。在拟南芥中, 存在3个冷诱导的DREB基因(DREB1B、DREB1C、DREB1A), 这3个基因被认为是适应冷胁迫过程中的激活子^[32]。水稻中, 过表达OSDREB6基因增强了转基因水稻对低温的抗性。玉米的ZmDREB1A、ZmDREB2A基因也参与了低温信号转导途径^[27]。

内源激素能响应多种非生物胁迫, 是植物应对逆境压力的主要信号因子, 能调节植物抵抗非生物逆境的过程^[33]。超表达PnDREB84基因提高三七植株SA和ABA的含量, 推测三七中PnDREB84基因可能通过参与SA和ABA的调控来响应低温进而提高其抗低温能力。有研究表明, 在丹参中过表达SmERF1L1能够提高SA含量^[34], 大豆中GmERF75能够响应ABA的调节提高其非生物胁迫的抗性^[35]。结果表明, AP2/ERF转录因子可参与激素调控进而提高植物的抗逆性。

综上所述, 在三七中鉴定了140个AP2/ERF家族基因; 尖孢镰刀菌处理三七植株, 其AP2/ERF家族基因中有34个差异表达基因; PnDREB84基因的高表达增加三七ABA和SA激素的含量。初步表明, PnDREB84基因在生物胁迫和非生物胁迫过程中发挥双重调控作用, PnDREB84基因可作为三七抗逆新品种培育的潜在分子标记。本研究为三七抗逆机制解析、遗传育种及种质创新提供基础。

作者贡献: 张双华负责文章撰写及数据分析; 侯聪、程宇飞负责实验设计及论文修改; 宁康负责数据分析和实验材料的收集; 汪鋆植指导文章撰写并提出修改意见; 董林林负责论文设计及项目开展。

利益冲突: 所有作者均声明不存在利益冲突。

基金

收起

国家自然科学基金项目(82274044)
国家重点研发计划项目(2022YFC3501804)
云南省重大科技专项计划(202102AA3100481)

参考文献

收起

文献

收起

参考文献引证文献

排序方式：

[1]

Feng K, Hou XL, Xing GM, et al. Advances in AP2/ERF super-family transcription factors in plant[J]. Crit Rev Biotechnol, 2020, 40: 750-776.

https://doi.org/10.1080/07388551.2020.1768509

[2]

Yue MF, Zhang C, Wu ZY. Advances in structure and function of plant transcription factor AP2/ERF family proteins[J]. Biotechnol Bull (生物技术通报), 2022, 38: 11-26.

[3]

Ji AJ, Luo HM, Xu ZC, et al. Research and prospect of transcription factor AP2/ERF in medicinal plants[J]. Chin Sci Bull (科学通报), 2015, 60: 1272-1284.

[4]

Zhang Q, Cheng J, Li L, et al. Advances in the AP2/ERF transcription factor family in plants[J]. Biotechnol Bull (生物技术通报), 2018, 34: 1-7.

[5]

Song X, Li Y, Hou X. Genome-wide analysis of the AP2/ERF transcription factor superfamily in Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis)[J]. BMC Genomics, 2013, 14: 573.

https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-573

[6]

Xie Z, Nolan TM, Jiang H, et al. AP2/ERF tanscription factor regulatory networks in hormone and abiotic stress responses in Arabidopsis[J]. Front Plant Sci, 2019, 10: 228.

https://doi.org/10.3389/fpls.2019.00228

[7]

Riaz MW, Lu J, Shah L, et al. Expansion and molecular characterization of AP2/ERF gene family in wheat (Triticum aestivum L.)[J]. Front Genet, 2021, 12: 632155.

https://doi.org/10.3389/fgene.2021.632155

[8]

Licausi F, Giorgi FM, Zenoni S, et al. Genomic and transcriptomic analysis of the AP2/ERF superfamily in Vitis vinifera[J]. BMC Genomics, 2010, 11: 719.

https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-719

[9]

Hu L, Liu S. Genome-wide identification and phylogenetic analysis of the ERF gene family in cucumbers[J]. Genet Mol Biol, 2011, 34: 624-633.

https://doi.org/10.1590/S1415-47572011005000054

[10]

Yan HW, Hong L, Zhou YQ, et al. A genome-wide analysis of the ERF gene family in sorghum[J]. Genet Mol Res, 2013, 12: 2038-2055.

https://doi.org/10.4238/2013.May.13.1

[11]

Ouyang Z, Liu S, Huang L, et al. Tomato SlERF. A1, SlERF. B4, SlERF. C3 and SlERF. A3, members of B3 group of ERF family, are required for resistance to Botrytis cinerea[J]. Front Plant Sci, 2016, 7: 1964.

[12]

Anderson JP, Young J, Singh KB. AtERF14, a member of the ERF family of transcription factors, plays a nonredundant role in plant defense[J]. Plant Physiol, 2007, 143: 400-409.

https://doi.org/10.1104/pp.106.086637

[13]

Zhang Z, Wang J, Zhang R, et al. The ethylene response factor AtERF98 enhances tolerance to salt through the transcriptional activation of ascorbic acid synthesis in Arabidopsis[J]. Plant J, 2012, 71: 273-287.

https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2012.04996.x

[14]

Tang Y, Qin S, Guo Y, et al. Genome-wide analysis of the AP2/ERF gene family in Physic Nut and overexpression of the JcERF011 gene in rice increased its sensitivity to salinity stress[J]. PLoS One, 2016, 11: e015-0879.

[15]

Chen T, Yang Q, Gruber M, et al. Expression of an alfalfa (Medicago sativa L.) ethylene response factor gene MsERF8 in tobacco plants enhances resistance to salinity[J]. Mol Biol Rep, 2012, 39: 6067-6075.

https://doi.org/10.1007/s11033-011-1421-y

[16]

An JP, Zhang XW, Bi SQ, et al. The ERF transcription factor MdERF38 promotes drought stress-induced anthocyanin biosynthesis in Apple[J]. Plant J, 2020, 101: 573-589.

https://doi.org/10.1111/tpj.14555

[17]

Gambhir P, Singh V, Parida A, et al. Ethylene response factor ERF. D7 activates auxin response factor 2 paralogs to regulate tomato fruit ripening[J]. Plant Physiol, 2022, 190: 2775-2796.

https://doi.org/10.1093/plphys/kiac441

[18]

Wang MQ. The Role of Ethylene Response Factors 15 in Cold Resistance in Tomato (番茄乙烯响应因子ERF15在低温抗性中的作用) [D]. Hangzhou: Zhejiang University, 2021.

[19]

Hu C, Wei C, Ma Q, et al. Ethylene response factors 15 and 16 trigger jasmonate biosynthesis in tomato during herbivore resistance[J]. Plant Physiol, 2021, 185: 1182-1197.

https://doi.org/10.1093/plphys/kiaa089

[20]

Cai L, Peng P. Research progress on pharmacological action of P. notoginseng[J]. Shandong Chem Ind (山东化工), 2021, 50: 70-71.

[21]

Wang L, Huang Y, Yin G, et al. Antimicrobial activities of Asian ginseng, American ginseng, and P. notoginseng[J]. Phytother Res, 2020, 34: 1226-1236.

https://doi.org/10.1002/ptr.6605

[22]

Wang P, Yang L, Sun J, et al. Structure and function of rhizosphere soil and root endophytic microbial communities associated with root rot of P. notoginseng[J]. Front Plant Sci, 2022, 12: 752683.

https://doi.org/10.3389/fpls.2021.752683

[23]

Ma YN, Chen CJ, Li QQ, et al. Monitoring antifungal agents of Artemisia annua against Fusarium oxysporum and Fusarium solani, associated with P. notoginseng root-rot disease[J]. Molecules, 2019, 24: 213.

https://doi.org/10.3390/molecules24010213

[24]

Li JQ, Liu X, Wang S. Temperature and humidity control measures of modern P. notoginseng greenhouse[J]. Heat Vent Air Condit (暖通空调), 2017, 47: 11-14.

[25]

Liu T, Chen J, Xu F, et al. Analysis of changes in the Panax notoginseng glycerolipidome in response to long-term chilling and heat[J]. Plant Divers, 2019, 42: 102-110.

[26]

Ou XH, Fang Y, Shi YN, et al. Double mulching application for P. notoginseng growing seedlings[J]. China J Chin Mater Med (中国中药杂志), 2014, 39: 566-571.

[27]

Velivelli SL, Lojan P, Cranenbrouck S, et al. The induction of ethylene response factor 3 (ERF3) in potato as a result of co-inoculation with Pseudomonas sp. R41805 and Rhizophagus irregularis MUCL 41833 - a possible role in plant defense[J]. Plant Signal Behav, 2015, 10: e988076.

https://doi.org/10.4161/15592324.2014.988076

[28]

Cheng MC, Liao PM, Kuo WW, et al. The Arabidopsis ethylene response factor1 regulates abiotic stress-responsive gene expression by binding to different cis-acting elements in response to different stress signals[J]. Plant Physiol, 2013, 162: 1566-1582.

https://doi.org/10.1104/pp.113.221911

[29]

Zhang Y, Ji A, Xu Z, at al. The AP2/ERF transcription factor SmERF128 positively regulates diterpenoid biosynthesis in Salvia miltiorrhiza[J]. Plant Mol Biol, 2019, 100: 83-93.

https://doi.org/10.1007/s11103-019-00845-7

[30]

Yamaguchi-Shinozaki K, Shinozaki K. A novel cis-acting element in an Arabidopsis gene is involved in responsiveness to drought, low-temperature, or high-salt stress[J]. Plant Cell, 1994, 6: 251-264.

[31]

Sakuma Y, Liu Q, Dubouzet JG, et al. DNA-binding specificity of the ERF/AP2 domain of Arabidopsis DREBs, transcription factors involved in dehydration- and cold-inducible gene expression[J]. Biochem Biophys Res Commun, 2002, 290: 998-1009.

https://doi.org/10.1006/bbrc.2001.6299

[32]

Sobkowiak A, Jończyk M, Adamczyk J, et al. Molecular foundations of chilling-tolerance of modern maize[J]. BMC Genomics, 2016, 17: 125.

https://doi.org/10.1186/s12864-016-2453-4

[33]

Agurla S, Gahir S, Munemasa S, et al. Mechanism of stomatal closure in plants exposed to drought and cold stress[J]. Adv Exp Med Biol, 2018, 1081: 215-232.

[34]

Huang Q, Sun M, Yuan T, et al. The AP2/ERF transcription factor SmERF1L1 regulates the biosynthesis of tanshinones and phenolic acids in Salvia miltiorrhiza[J]. Food Chem, 2019, 274: 368-375.

https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2018.08.119

[35]

Zhao MJ, Yin LJ, Liu Y, et al. The ABA-induced soybean ERF transcription factor gene GmERF75 plays a role in enhancing osmotic stress tolerance in Arabidopsis and soybean[J]. BMC Plant Biol, 2019, 19: 506.

https://doi.org/10.1186/s12870-019-2066-6

2023年第58卷第11期

PDF下载

209

引用本文

BibTeX

文章信息

doi: 10.16438/j.0513-4870.2023-0203

接收时间：2023-02-21
首发时间：2025-11-21
出版时间：2023-11-12

补充材料

相关文章

文章信息

作者

出版历史

收稿日期：2023-02-21
修回日期：2023-03-20

基金

国家自然科学基金项目(82274044)

国家重点研发计划项目(2022YFC3501804)

云南省重大科技专项计划(202102AA3100481)

作者信息

1.三峡大学生物与制药学院, 湖北宜昌 443002

2.中国中医科学院中药研究所, 北京 100700

通讯作者:

*董林林, Tel: 18911917789, E-mail: lldong@icmm.ac.cn

参考文献

分享链接

https://castjournals.cast.org.cn/joweb/yxxb/CN/10.16438/j.0513-4870.2023-0203

分享至

全文二维码

扫描看全文

引用本文

BibTeX

本文的引用情况

2种不同金属材料的力学参数

科 Family	属数 Number of genus	种数 Number of species	占总种数比例 Percentage of total species (%)	属 Genus	种数 Number of species	占总种数比例 Percentage of total species (%)
鹅膏菌科Amanitaceae	2	11	5.26	鹅膏菌属 Amanita	10	4.78
小菇科 Mycenaceae	2	12	5.74	丝盖伞属 Inocybe	5	2.39
多孔菌科 Polyporaceae	8	14	6.70	蜡蘑属 Laccaria	5	2.39
红菇科 Russulaceae	3	23	11.00	小皮伞属 Marasmius	6	2.87
				小菇属 Mycena	11	5.26
				光柄菇属 Pluteus	5	2.39
				红菇属 Russula	17	8.13
				栓菌属 Trametes	5	2.39

关闭全屏

BibTeX
EndNote
RefWorks
TxT

Primer	Sequence (5'-3')
PnDREB84-F	TATCAAACACTTCCCAAGACCCT
PnDREB84-R	CCGTATTTCCGACACCCATT
Actin-F	TTTTGGATTCTGGTGATGGTGT
Actin-R	CCGCTCAGCAGTTGTGGTAA

Primer

Sequence (5'-3')

PnDREB84-F

TATCAAACACTTCCCAAGACCCT

PnDREB84-R

CCGTATTTCCGACACCCATT

Actin-F

TTTTGGATTCTGGTGATGGTGT

Actin-R

CCGCTCAGCAGTTGTGGTAA

No.	Protein ID	Amino acid (aa)	Molecular weight/kD	Isoelectric point	Instability index	GRAVY	Subcellular localization
1	Pn-01ERF	117	13.14	10.68	26.54	-0.898	Periplasmic
2	Pn-02ERF	204	23.02	9.27	42.71	-0.982	Cytoplasmic
3	Pn-03DREB	202	22.47	6.83	54.11	-0.545	Extracellular
4	Pn-04ERF	314	34.78	5.64	58.85	-0.678	Extracellular
5	Pn-05DREB	162	17.07	4.02	50.99	-0.027	Cytoplasmic
6	Pn-06ERF	204	22.49	9.01	53.65	-0.517	Extracellular
7	Pn-07ERF	158	17.90	5.73	62.07	-0.62	Cytoplasmic
8	Pn-08ERF	105	11.84	10.02	42.3	-0.647	Periplasmic
9	Pn-09ERF	178	20.14	9.77	62.01	-0.512	Cytoplasmic
10	Pn-10DREB	169	18.85	6.21	35.21	-0.447	Cytoplasmic
11	Pn-11ERF	179	20.16	4.66	42.2	-0.684	Cytoplasmic
12	Pn-12ERF	179	20.39	6.16	49.98	-0.749	Cytoplasmic
13	Pn-13AP2	547	60.44	6.11	46.93	-0.709	Extracellular
14	Pn-14ERF	278	31.12	5.34	33.43	-0.665	Extracellular
15	Pn-15DREB	179	19.80	4.96	59.25	-0.646	Extracellular
16	Pn-16ERF	223	24.95	5.13	64.9	-0.643	Extracellular
17	Pn-17ERF	124	14.45	10.07	33.58	-0.71	Cytoplasmic
18	Pn-18DREB	268	29.87	5.33	51.96	-0.359	Cytoplasmic
19	Pn-19ERF	277	30.55	7.89	78.06	-0.581	Extracellular
20	Pn-20ERF	239	27.22	5.91	66.75	-0.6	Outer membrane
21	Pn-21ERF	208	23.59	5.87	57.63	-0.79	Extracellular
22	Pn-22ERF	346	38.93	5.61	66.02	-0.416	Outer membrane
23	Pn-23DREB	301	33.57	6.97	48.89	-0.639	Outer membrane
24	Pn-24ERF	250	28.47	5.2	56.27	-0.72	Cytoplasmic
25	Pn-25DREB	200	22.37	5.19	53.96	-0.547	Cytoplasmic
26	Pn-26ERF	404	45.29	4.63	53.02	-0.779	Extracellular
27	Pn-27ERF	343	39.16	5.19	40.92	-0.633	Cytoplasmic
28	Pn-28ERF	296	32.59	5.92	53.77	-0.719	Extracellular
29	Pn-29DREB	241	26.57	5.2	47.49	-0.56	Extracellular
30	Pn-30ERF	128	14.07	5.12	31.48	-0.722	Cytoplasmic
31	Pn-31RAV	380	42.49	9.27	48.33	-0.728	Outer membrane
32	Pn-32DREB	369	40.54	6.6	74.42	-0.717	Periplasmic
33	Pn-33DREB	345	38.78	8.71	54.2	-0.609	Periplasmic
34	Pn-34DREB	379	42.65	8.19	54.74	-0.587	Extracellular
35	Pn-35DREB	365	40.05	6.26	49.96	-0.503	Extracellular
36	Pn-36RAV	352	40.43	6.34	43.54	-0.527	Outer membrane
37	Pn-37ERF	111	12.17	9.07	76.71	-0.621	Periplasmic
38	Pn-38ERF	119	13.15	9.3	61.14	-0.637	Cytoplasmic
39	Pn-39ERF	275	30.05	7.9	57.22	-0.626	Extracellular
40	Pn-40AP2	557	62.31	6.97	55.09	-0.867	Extracellular
41	Pn-41DREB	154	17.46	8.93	54.38	-1.056	Cytoplasmic
42	Pn-42ERF	430	46.46	6.27	46.96	-0.543	Extracellular
43	Pn-43ERF	204	23.16	8.23	63.73	-0.705	Cytoplasmic
44	Pn-44ERF	206	23.25	7.91	60.38	-0.698	Extracellular
45	Pn-45ERF	188	21.32	6.53	55.84	-0.724	Cytoplasmic
46	Pn-46ERF	220	24.48	8.98	58.82	-0.637	Outer membrane
47	Pn-47ERF	134	15.35	5.19	33.34	-0.915	Cytoplasmic
48	Pn-48ERF	212	24.22	4.82	42.41	-0.588	Cytoplasmic
49	Pn-49ERF	135	15.76	6.96	28.37	-1.187	Cytoplasmic
50	Pn-50ERF	158	17.86	6.63	43.61	-0.96	Cytoplasmic
51	Pn-51RAV	225	25.37	5.38	58.99	-0.583	Extracellular
52	Pn-52ERF	384	43.33	4.97	52.22	-0.824	Cytoplasmic
53	Pn-53ERF	293	31.96	9.23	46.06	-0.41	Extracellular
54	Pn-54ERF	244	27.70	8.9	42.79	-0.978	Periplasmic
55	Pn-55S	256	29.33	8.73	58.17	-0.498	Extracellular
56	Pn-56ERF	235	25.96	5.28	70.62	-0.401	Cytoplasmic
57	Pn-57AP2	672	74.65	6.47	50.38	-0.763	Extracellular
58	Pn-58AP2	299	33.47	6.6	50.31	-0.642	Extracellular
59	Pn-59AP2	577	63.69	6.48	58.21	-0.653	Extracellular
60	Pn-60AP2	541	60.54	6.09	57.76	-0.877	Outer membrane
61	Pn-61AP2	671	74.00	5.85	45.97	-0.765	Extracellular
62	Pn-62ERF	379	41.92	4.91	36.84	-0.669	Periplasmic
63	Pn-63ERF	155	17.66	8.65	60.32	-1.126	Cytoplasmic
64	Pn-64AP2	154	17.57	9.89	60.83	-1.11	Periplasmic
65	Pn-65ERF	227	24.43	6.51	60.55	-0.512	Extracellular
66	Pn-66ERF	160	17.52	9.97	60.73	-0.5	Cytoplasmic
67	Pn-67ERF	301	32.85	9.67	46.68	-0.492	Extracellular
68	Pn-68ERF	221	23.70	8.01	45.4	-0.313	Cytoplasmic
69	Pn-69ERF	227	24.43	6.51	60.55	-0.512	Extracellular
70	Pn-70ERF	160	17.52	9.97	60.73	-0.5	Cytoplasmic
71	Pn-71ERF	221	23.70	8.01	45.4	-0.313	Cytoplasmic
72	Pn-72ERF	301	32.85	9.67	46.68	-0.492	Extracellular
73	Pn-73ERF	340	37.78	5.06	55.19	-0.646	Outer membrane
74	Pn-74ERF	310	35.15	5.47	47.46	-0.815	Extracellular
75	Pn-75ERF	251	28.21	5.49	35.77	-0.891	Extracellular
76	Pn-76DREB	238	25.99	5.99	63.53	-0.606	Extracellular
77	Pn-77DREB	260	28.02	5.04	52.6	-0.527	Extracellular
78	Pn-78DREB	257	27.84	4.88	54.94	-0.513	Extracellular
79	Pn-79DREB	255	28.15	6.47	45.23	-0.713	Extracellular
80	Pn-80ERF	199	22.06	7.71	57.97	-0.8	Cytoplasmic
81	Pn-81DREB	185	19.98	7.68	47.23	-0.891	Extracellular
82	Pn-82DREB	109	11.98	9.83	41.86	-0.714	Cytoplasmic
83	Pn-83DREB	210	23.34	6.9	33.18	-1.024	Extracellular
84	Pn-84DREB	292	31.03	4.99	53.48	-0.523	Extracellular
85	Pn-85ERF	109	11.87	10.12	31.71	-0.971	Extracellular
86	Pn-86ERF	155	17.10	10.16	47.55	-0.375	Cytoplasmic
87	Pn-87AP2	157	18.15	10.47	42.21	-1.124	Cytoplasmic
88	Pn-88ERF	291	32.36	8.84	52.68	-0.53	Extracellular
89	Pn-89ERF	344	38.04	5.66	56.23	-0.809	Extracellular
90	Pn-90ERF	140	15.83	10.09	34.54	-0.788	Cytoplasmic
91	Pn-91DREB	240	26.38	4.95	62.31	-0.536	Extracellular
92	Pn-92ERF	177	19.78	9.98	64.59	-0.783	Periplasmic
93	Pn-93DREB	261	28.87	4.41	44.47	-0.59	Extracellular
94	Pn-94DREB	274	30.83	6.05	57.63	-0.557	Extracellular
95	Pn-95DREB	172	19.51	10.13	49.04	-0.725	Periplasmic
96	Pn-96ERF	157	17.12	5.06	43.82	-0.497	Periplasmic
97	Pn-97AP2	410	46.48	5.36	56.53	-0.879	Extracellular
98	Pn-98ERF	205	23.50	5.32	67.32	-0.935	Cytoplasmic
99	Pn-99ERF	211	23.76	5.6	65.92	-0.782	Cytoplasmic
100	Pn-100ERF	231	26.61	4.73	63.01	-0.628	Cytoplasmic
101	Pn-101ERF	209	23.35	5.01	64.9	-0.67	Outer membrane
102	Pn-102ERF	154	17.05	9.59	55.38	-0.417	Cytoplasmic
103	Pn-103ERF	202	22.38	8.69	62.41	-0.766	Periplasmic
104	Pn-104ERF	287	32.91	5.45	57.85	-0.733	Cytoplasmic
105	Pn-105ERF	373	41.88	4.86	51.11	-0.603	Cytoplasmic
106	Pn-106ERF	375	41.64	4.9	52.02	-0.589	Cytoplasmic
107	Pn-107ERF	213	23.81	4.97	57.19	-0.618	Cytoplasmic
108	Pn-108ERF	226	24.50	9.85	47.88	-0.435	Periplasmic
109	Pn-109ERF	206	22.20	9.03	61.88	-0.537	Cytoplasmic
110	Pn-110S	215	23.68	5.11	54.32	-0.489	Extracellular
111	Pn-111ERF	260	28.61	4.2	49.59	-0.515	Cytoplasmic
112	Pn-112ERF	265	29.35	7.11	66.25	-0.808	Extracellular
113	Pn-113ERF	317	36.04	6.3	73.96	-1.086	Extracellular
114	Pn-114DREB	235	26.03	6.32	49.55	-0.678	Cytoplasmic
115	Pn-115DREB	189	20.92	5	38.73	-0.407	Cytoplasmic
116	Pn-116DREB	269	29.51	5.32	46.68	-0.709	Extracellular
117	Pn-117DREB	452	50.48	5.45	67.06	-0.827	Extracellular
118	Pn-118ERF	205	22.96	6.97	69.37	-0.624	Extracellular
119	Pn-119DREB	108	12.02	9.44	49.94	-0.536	Cytoplasmic
120	Pn-120DREB	334	37.28	5.6	38.04	-0.875	Extracellular
121	Pn-121ERF	168	18.86	9.57	60.1	-0.786	Cytoplasmic
122	Pn-122ERF	167	18.58	9.42	43.89	-0.829	Outer membrane
123	Pn-124ERF	418	47.43	10.16	47.81	-1.041	Extracellular
124	Pn-125ERF	214	23.89	8.22	62.02	-0.729	Cytoplasmic
125	Pn-126ERF	136	15.31	9.99	47.07	-0.651	Cytoplasmic
126	Pn-127ERF	170	18.99	8.08	42.12	-0.709	Cytoplasmic
127	Pn-128DREB	200	22.20	9.88	53.13	-0.695	Extracellular
128	Pn-129DREB	254	28.18	6.33	48.58	-0.261	Periplasmic
129	Pn-130ERF	335	37.27	4.64	47.47	-0.73	Extracellular
130	Pn-131DREB	144	16.15	9.33	29.25	-0.814	Periplasmic
131	Pn-132DREB	151	16.90	8.96	31.42	-0.919	Cytoplasmic
132	Pn-133DREB	155	16.84	8.7	40.57	-0.33	Cytoplasmic
133	Pn-134ERF	331	36.33	5.56	53.14	-0.502	Extracellular
134	Pn-135ERF	379	40.65	8.77	66.35	-0.603	Extracellular
135	Pn-136ERF	106	11.75	5.82	40.02	-0.581	Periplasmic
136	Pn-137ERF	326	36.66	6.13	27.32	-0.423	Outer membrane
137	Pn-138ERF	280	30.58	8.89	37.29	-0.795	Extracellular
138	Pn-139AP2	382	43.03	9.28	54.8	-0.614	Outer membrane
139	Pn-140AP2	99	11.42	10.23	36.34	-1.027	Cytoplasmic
140	Pn-123ERF	144	16.12	9.05	43.67	-0.625	Cytoplasmic

No.

Protein ID

Amino acid (aa)

Molecular weight/kD

Isoelectric point

Instability index

GRAVY

Subcellular localization

Pn-01ERF

117

13.14

10.68

26.54

-0.898

Periplasmic

Pn-02ERF

204

23.02

9.27

42.71

-0.982

Cytoplasmic

Pn-03DREB

202

22.47

6.83

54.11

-0.545

Extracellular

Pn-04ERF

314

34.78

5.64

58.85

-0.678

Extracellular

Pn-05DREB

162

17.07

4.02

50.99

-0.027

Cytoplasmic

Pn-06ERF

204

22.49

9.01

53.65

-0.517

Extracellular

Pn-07ERF

158

17.90

5.73

62.07

-0.62

Cytoplasmic

Pn-08ERF

105

11.84

10.02

42.3

-0.647

Periplasmic

Pn-09ERF

178

20.14

9.77

62.01

-0.512

Cytoplasmic

Pn-10DREB

169

18.85

6.21

35.21

-0.447

Cytoplasmic

Pn-11ERF

179

20.16

4.66

42.2

-0.684

Cytoplasmic

Pn-12ERF

179

20.39

6.16

49.98

-0.749

Cytoplasmic

Pn-13AP2

547

60.44

6.11

46.93

-0.709

Extracellular

Pn-14ERF

278

31.12

5.34

33.43

-0.665

Extracellular

Pn-15DREB

179

19.80

4.96

59.25

-0.646

Extracellular

Pn-16ERF

223

24.95

5.13

64.9

-0.643

Extracellular

Pn-17ERF

124

14.45

10.07

33.58

-0.71

Cytoplasmic

Pn-18DREB

268

29.87

5.33

51.96

-0.359

Cytoplasmic

Pn-19ERF

277

30.55

7.89

78.06

-0.581

Extracellular

Pn-20ERF

239

27.22

5.91

66.75

-0.6

Outer membrane

Pn-21ERF

208

23.59

5.87

57.63

-0.79

Extracellular

Pn-22ERF

346

38.93

5.61

66.02

-0.416

Outer membrane

Pn-23DREB

301

33.57

6.97

48.89

-0.639

Outer membrane

Pn-24ERF

250

28.47

5.2

56.27

-0.72

Cytoplasmic

Pn-25DREB

200

22.37

5.19

53.96

-0.547

Cytoplasmic

Pn-26ERF

404

45.29

4.63

53.02

-0.779

Extracellular

Pn-27ERF

343

39.16

5.19

40.92

-0.633

Cytoplasmic

Pn-28ERF

296

32.59

5.92

53.77

-0.719

Extracellular

Pn-29DREB

241

26.57

5.2

47.49

-0.56

Extracellular

Pn-30ERF

128

14.07

5.12

31.48

-0.722

Cytoplasmic

Pn-31RAV

380

42.49

9.27

48.33

-0.728

Outer membrane

Pn-32DREB

369

40.54

6.6

74.42

-0.717

Periplasmic

Pn-33DREB

345

38.78

8.71

54.2

-0.609

Periplasmic

Pn-34DREB

379

42.65

8.19

54.74

-0.587

Extracellular

Pn-35DREB

365

40.05

6.26

49.96

-0.503

Extracellular

Pn-36RAV

352

40.43

6.34

43.54

-0.527

Outer membrane

Pn-37ERF

111

12.17

9.07

76.71

-0.621

Periplasmic

Pn-38ERF

119

13.15

9.3

61.14

-0.637

Cytoplasmic

Pn-39ERF

275

30.05

7.9

57.22

-0.626

Extracellular

Pn-40AP2

557

62.31

6.97

55.09

-0.867

Extracellular

Pn-41DREB

154

17.46

8.93

54.38

-1.056

Cytoplasmic

Pn-42ERF

430

46.46

6.27

46.96

-0.543

Extracellular

Pn-43ERF

204

23.16

8.23

63.73

-0.705

Cytoplasmic

Pn-44ERF

206

23.25

7.91

60.38

-0.698

Extracellular

Pn-45ERF

188

21.32

6.53

55.84

-0.724

Cytoplasmic

Pn-46ERF

220

24.48

8.98

58.82

-0.637

Outer membrane

Pn-47ERF

134

15.35

5.19

33.34

-0.915

Cytoplasmic

Pn-48ERF

212

24.22

4.82

42.41

-0.588

Cytoplasmic

Pn-49ERF

135

15.76

6.96

28.37

-1.187

Cytoplasmic

Pn-50ERF

158

17.86

6.63

43.61

-0.96

Cytoplasmic

Pn-51RAV

225

25.37

5.38

58.99

-0.583

Extracellular

Pn-52ERF

384

43.33

4.97

52.22

-0.824

Cytoplasmic

Pn-53ERF

293

31.96

9.23

46.06

-0.41

Extracellular

Pn-54ERF

244

27.70

8.9

42.79

-0.978

Periplasmic

Pn-55S

256

29.33

8.73

58.17

-0.498

Extracellular

Pn-56ERF

235

25.96

5.28

70.62

-0.401

Cytoplasmic

Pn-57AP2

672

74.65

6.47

50.38

-0.763

Extracellular

Pn-58AP2

299

33.47

6.6

50.31

-0.642

Extracellular

Pn-59AP2

577

63.69

6.48

58.21

-0.653

Extracellular

Pn-60AP2

541

60.54

6.09

57.76

-0.877

Outer membrane

Pn-61AP2

671

74.00

5.85

45.97

-0.765

Extracellular

Pn-62ERF

379

41.92

4.91

36.84

-0.669

Periplasmic

Pn-63ERF

155

17.66

8.65

60.32

-1.126

Cytoplasmic

Pn-64AP2

154

17.57

9.89

60.83

-1.11

Periplasmic

Pn-65ERF

227

24.43

6.51

60.55

-0.512

Extracellular

Pn-66ERF

160

17.52

9.97

60.73

-0.5

Cytoplasmic

Pn-67ERF

301

32.85

9.67

46.68

-0.492

Extracellular

Pn-68ERF

221

23.70

8.01

45.4

-0.313

Cytoplasmic

Pn-69ERF

227

24.43

6.51

60.55

-0.512

Extracellular

Pn-70ERF

160

17.52

9.97

60.73

-0.5

Cytoplasmic

Pn-71ERF

221

23.70

8.01

45.4

-0.313

Cytoplasmic

Pn-72ERF

301

32.85

9.67

46.68

-0.492

Extracellular

Pn-73ERF

340

37.78

5.06

55.19

-0.646

Outer membrane

Pn-74ERF

310

35.15

5.47

47.46

-0.815

Extracellular

Pn-75ERF

251

28.21

5.49

35.77

-0.891

Extracellular

Pn-76DREB

238

25.99

5.99

63.53

-0.606

Extracellular

Pn-77DREB

260

28.02

5.04

52.6

-0.527

Extracellular

Pn-78DREB

257

27.84

4.88

54.94

-0.513

Extracellular

Pn-79DREB

255

28.15

6.47

45.23

-0.713

Extracellular

Pn-80ERF

199

22.06

7.71

57.97

-0.8

Cytoplasmic

Pn-81DREB

185

19.98

7.68

47.23

-0.891

Extracellular

Pn-82DREB

109

11.98

9.83

41.86

-0.714

Cytoplasmic

Pn-83DREB

210

23.34

6.9

33.18

-1.024

Extracellular

Pn-84DREB

292

31.03

4.99

53.48

-0.523

Extracellular

Pn-85ERF

109

11.87

10.12

31.71

-0.971

Extracellular

Pn-86ERF

155

17.10

10.16

47.55

-0.375

Cytoplasmic

Pn-87AP2

157

18.15

10.47

42.21

-1.124

Cytoplasmic

Pn-88ERF

291

32.36

8.84

52.68

-0.53

Extracellular

Pn-89ERF

344

38.04

5.66

56.23

-0.809

Extracellular

Pn-90ERF

140

15.83

10.09

34.54

-0.788

Cytoplasmic

Pn-91DREB

240

26.38

4.95

62.31

-0.536

Extracellular

Pn-92ERF

177

19.78

9.98

64.59

-0.783

Periplasmic

Pn-93DREB

261

28.87

4.41

44.47

-0.59

Extracellular

Pn-94DREB

274

30.83

6.05

57.63

-0.557

Extracellular

Pn-95DREB

172

19.51

10.13

49.04

-0.725

Periplasmic

Pn-96ERF

157

17.12

5.06

43.82

-0.497

Periplasmic

Pn-97AP2

410

46.48

5.36

56.53

-0.879

Extracellular

Pn-98ERF

205

23.50

5.32

67.32

-0.935

Cytoplasmic

Pn-99ERF

211

23.76

5.6

65.92

-0.782

Cytoplasmic

100

Pn-100ERF

231

26.61

4.73

63.01

-0.628

Cytoplasmic

101

Pn-101ERF

209

23.35

5.01

64.9

-0.67

Outer membrane

102

Pn-102ERF

154

17.05

9.59

55.38

-0.417

Cytoplasmic

103

Pn-103ERF

202

22.38

8.69

62.41

-0.766

Periplasmic

104

Pn-104ERF

287

32.91

5.45

57.85

-0.733

Cytoplasmic

105

Pn-105ERF

373

41.88

4.86

51.11

-0.603

Cytoplasmic

106

Pn-106ERF

375

41.64

4.9

52.02

-0.589

Cytoplasmic

107

Pn-107ERF

213

23.81

4.97

57.19

-0.618

Cytoplasmic

108

Pn-108ERF

226

24.50

9.85

47.88

-0.435

Periplasmic

109

Pn-109ERF

206

22.20

9.03

61.88

-0.537

Cytoplasmic

110

Pn-110S

215

23.68

5.11

54.32

-0.489

Extracellular

111

Pn-111ERF

260

28.61

4.2

49.59

-0.515

Cytoplasmic

112

Pn-112ERF

265

29.35

7.11

66.25

-0.808

Extracellular

113

Pn-113ERF

317

36.04

6.3

73.96

-1.086

Extracellular

114

Pn-114DREB

235

26.03

6.32

49.55

-0.678

Cytoplasmic

115

Pn-115DREB

189

20.92

38.73

-0.407

Cytoplasmic

116

Pn-116DREB

269

29.51

5.32

46.68

-0.709

Extracellular

117

Pn-117DREB

452

50.48

5.45

67.06

-0.827

Extracellular

118

Pn-118ERF

205

22.96

6.97

69.37

-0.624

Extracellular

119

Pn-119DREB

108

12.02

9.44

49.94

-0.536

Cytoplasmic

120

Pn-120DREB

334

37.28

5.6

38.04

-0.875

Extracellular

121

Pn-121ERF

168

18.86

9.57

60.1

-0.786

Cytoplasmic

122

Pn-122ERF

167

18.58

9.42

43.89

-0.829

Outer membrane

123

Pn-124ERF

418

47.43

10.16

47.81

-1.041

Extracellular

124

Pn-125ERF

214

23.89

8.22

62.02

-0.729

Cytoplasmic

125

Pn-126ERF

136

15.31

9.99

47.07

-0.651

Cytoplasmic

126

Pn-127ERF

170

18.99

8.08

42.12

-0.709

Cytoplasmic

127

Pn-128DREB

200

22.20

9.88

53.13

-0.695

Extracellular

128

Pn-129DREB

254

28.18

6.33

48.58

-0.261

Periplasmic

129

Pn-130ERF

335

37.27

4.64

47.47

-0.73

Extracellular

130

Pn-131DREB

144

16.15

9.33

29.25

-0.814

Periplasmic

131

Pn-132DREB

151

16.90

8.96

31.42

-0.919

Cytoplasmic

132

Pn-133DREB

155

16.84

8.7

40.57

-0.33

Cytoplasmic

133

Pn-134ERF

331

36.33

5.56

53.14

-0.502

Extracellular

134

Pn-135ERF

379

40.65

8.77

66.35

-0.603

Extracellular

135

Pn-136ERF

106

11.75

5.82

40.02

-0.581

Periplasmic

136

Pn-137ERF

326

36.66

6.13

27.32

-0.423

Outer membrane

137

Pn-138ERF

280

30.58

8.89

37.29

-0.795

Extracellular

138

Pn-139AP2

382

43.03

9.28

54.8

-0.614

Outer membrane

139

Pn-140AP2

11.42

10.23

36.34

-1.027

Cytoplasmic

140

Pn-123ERF

144

16.12

9.05

43.67

-0.625

Cytoplasmic