畜牧兽医学报

序号 Number	耐药谱类型（类型数量） Types of antimicrobial resistance spectrum（Number of types）	菌株数量 Number of strains
1	AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（9）	80
2	AMP+EFT+NAL+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（8）	5
3	AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+TET+SMZ（8）	4
4	AMP+EFT+GEN+NAL+CIP+CHL+FFC+TET+SMZ（9）	2
5	AMP+EFT+GEN+NAL+CIP+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（10）	2
6	AMP+EFT+GEN+NAL+FFC+TET+TGC+SMZ（9）	1
7	AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+SMZ（8）	1
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类别 Category	数量Number	毒力基因 Virulence genes
三型分泌系统 T3SS-1 （Type Ⅲ secretionsystem-1）	42	steA、steB、sipA/sspA、sopA、sopB/sigD、sopD、sopE2、avrA、espO1-1、sptP、sipB/sspB、sipC/sspC、sipD、hilC、hilD、iagB、orgA/sctK、orgB/SctL、sprB、hilA、invE、prgH、invA、invB、invC/sctN、invF、invG、invH、invI、invJ、iacP、orgC、prgI、prgJ、prgK、sicA、sicP、spaP、spaQ、spaO/sctQ、spaR、spaS
三型分泌系统 T3SS-2 （Type Ⅲ secretionsystem-2）	44	steC、sopD2、sspH2、pipB2、sseL、sseK1、sifA、sseJ、sifB、pipB、sseK2、slrP、ssaX、ssrA、ssrB、ssaT、ssaU、sseB、spiC/ssaB、ssaC、ssaD、ssaE、ssaG、ssaH、ssaI、ssaJ、ssaK、ssaL、ssaM、ssaN、ssaO、ssaP、ssaQ、ssaR、ssaS、ssaV、sscA、sscB、sseF、sseG、sseA、sseC、sseD、sseE
六型分泌系统 T6SS （type Ⅵ secretion system）	2	tae4、tlde1
菌毛黏附因子 Fimbrial adherence determinants	21	fimA、fimW、fimH、fimI、fimY、fimZ、csgA、csgB、csgC、csgD、csgE、csgF、csgG、fimC、fimD、fimF、lpfA、lpfB、lpfC、lpfD、lpfE
非菌毛相关黏附因子Nonfimbrial adherence determinants	5	shdA、ratB、sinH、misL、ompA
巨噬细胞诱导基因 Macrophage inducible	1	mig-14
镁离子摄取 Magnesium uptake	2	mgtB、mgtC
铁离子摄取 Iron uptake	2	Fur、fepG
营养/代谢因子Nutritional/Metabolic factor	14	allB、entB、fepC、ybtA、ybtE、ybtP、ybtQ、ybtS、ybtT、ybtU、ybtX、fyuA/psn、irp1、irp2
调控因子 Regulation	6	phoP、phoQ、pmrA、pmrB、rcsB、rpoS
免疫调节 Immune modulation	2	*galF*、gndA
未分类 Unclassified	2	acrB、ibeC

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肉鸡屠宰场中婴儿血清型沙门菌的流行特征和全基因组分析

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洪琪琪 , 陈婧儿 , 彭钧豪 , 吴灿基 , 吴雨迪 , 徐成刚 , 张建民

畜牧兽医学报 | 预防兽医 2026,57(3): 1624-1635

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畜牧兽医学报 |预防兽医 2026 , 57 (3) : 1624 -1635

肉鸡屠宰场中婴儿血清型沙门菌的流行特征和全基因组分析

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洪琪琪（1999-），硕士，主要从事沙门菌流行病学的研究，E-mai： 1105537712@qq.com

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洪琪琪（1999-），硕士，主要从事沙门菌流行病学的研究，E-mai： 1105537712@qq.com

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洪琪琪, 陈婧儿, 彭钧豪, 吴灿基, 吴雨迪, 徐成刚, 张建民

作者信息

华南农业大学兽医学院，广州 510642

通讯作者:

张建民，主要从事重要人兽共患细菌病和动物细菌病的研究，E-mail： junfeng-v@163.com

作者简介:

洪琪琪（1999-），硕士，主要从事沙门菌流行病学的研究，E-mai： 1105537712@qq.com

Epidemiological Characteristics and Whole-Genome Analysis of Salmonella enterica serovar Infantis in a Broiler Slaughterhouse

Qiqi HONG, Jing'er CHEN, Junhao PENG, Canji WU, Yudi WU, Chenggang XU, Jianmin ZHANG

Affiliations

College of Veterinary Medicine，South China Agricultural University，Guangzhou 510642，China

Corresponding Author:

ZHANG Jianmin， E-mail： junfeng-v@163.com

出版时间: 2026-03-23 doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2026.03.038

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摘要

收起

旨在调查广东省某大型肉鸡屠宰场沙门菌流行特征，揭示优势血清型婴儿血清型沙门菌的基因组特征及潜在传播风险，为污染防控提供科学依据。对该屠宰场全环节采样分离沙门菌，采用琼脂稀释法检测12种抗生素耐药性。筛选34株代表性菌株进行全基因组测序（WGS），解析其血清型、多位点序列分型（MLST）、质粒和抗性基因分布，构建单核苷酸多态性（SNP）系统发育树。结合NCBI数据库10 389株全球婴儿血清型沙门菌全基因组序列，通过全基因组多位点序列分型（cgMLST）和SNP成对距离矩阵阐明婴儿血清型沙门菌潜在传播风险。结果显示：共分离到96株沙门菌，分离率55.49%（96/173），掏膛环节最高（79.25%）。所有分离株均呈多重耐药（MDR），耐药谱相似度高，对氨苄西林、头孢噻呋、萘啶酸、氟苯尼考和磺胺甲噁唑耐药率达100.00%，对氯霉素、四环素等的耐药率超过90%。WGS结果显示，婴儿血清型为优势血清型（32/34），以ST32为主（30/32）。婴儿血清型沙门菌均含pESI巨质粒IncFIB，且携带丰富耐药基因、毒力基因、金属和消毒剂抗性基因。与全球菌株比对发现，屠宰场分离株与15株外国菌株关系密切，其中12株来源于人。该屠宰场不同环节间存在明显沙门菌交叉污染现象，分离所得MDR婴儿血清型克隆支系携带大量抗性基因，具备强大传播潜力和公共卫生风险。未来应加强针对MDR婴儿血清型沙门菌的监测与防控，尤其是屠宰环节，保障食品安全与公共健康。

关键词

沙门菌 / 婴儿血清型 / 全基因组测序 / 屠宰场

Abstract

收起

This study investigated the epidemiology of Salmonella in a large-scale broiler slaughterhouse in Guangdong， China， and characterized the genomic features and potential transmission risks of the predominant serovar S.Infantis， providing evidence for targeted control. Comprehensive sampling was performed across all processing stages of the slaughterhouse， yielding Salmonella isolates that were tested for resistance to 12 antimicrobials using the agar dilution method. Thirty-four representative isolates were subjected to whole-genome sequencing （WGS） for analyses of serotype， multilocus sequence typing （MLST）， plasmid content， and resistance determinants， followed by construction of a single nucleotide polymorphism （SNP）-based phylogeny. In addition， 10 389 publicly available S.Infantis genomes were retrieved from NCBI to clarify the potential transmission risks using whole-genome multilocus sequence typing （cgMLST） and SNP pairwise distance matrix analysis. A total of 96 isolates were recovered， with an overall prevalence of 55.49% （96/173），and the highest prevalence observed in the evisceration stage （79.25%）. All isolates exhibited multidrug resistance （MDR） with highly similar resistance profiles， showing 100% resistance to ampicillin， ceftiofur， nalidixic acid， florfenicol， and sulfamethoxazole， and over 90% resistance to chloramphenicol and tetracycline. WGS revealed S.Infantis as the predominant serovar （32/34）， dominated by ST32 （30/32）. All S.Infantis isolates harbored the large IncFIB-type pESI megaplasmid， carrying diverse resistance， virulence， metal， and disinfectant resistance genes. Comparative genomic analyses indicated that the slaughterhouse isolates clustered closely with 15 global S.Infantis strains， 12 of which originated from human infections. These findings demonstrate extensive cross-contamination of Salmonella across slaughterhouse stages， with MDR S.Infantis strains harboring a wide repertoire of resistance and virulence determinants. The close phylogenetic relationship with international human-derived isolates underscores their strong transmission potential and public health threat. Enhanced monitoring and targeted control of MDR S.Infantis， particularly within poultry slaughterhouses， should be prioritized to protect food safety and public health.

Key words

Salmonella / S. Infantis / whole-genome sequencing / slaughterhouse

引用本文

洪琪琪, 陈婧儿, 彭钧豪, 吴灿基, 吴雨迪, 徐成刚, 张建民. 肉鸡屠宰场中婴儿血清型沙门菌的流行特征和全基因组分析. 畜牧兽医学报, 2026 , 57 (3) : 1624 -1635 . DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2026.03.038

Qiqi HONG, Jing'er CHEN, Junhao PENG, Canji WU, Yudi WU, Chenggang XU, Jianmin ZHANG. Epidemiological Characteristics and Whole-Genome Analysis of Salmonella enterica serovar Infantis in a Broiler Slaughterhouse[J]. Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2026 , 57 (3) : 1624 -1635 . DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2026.03.038

正文

收起

作为一类重要人畜共患病病原体，沙门菌（Salmonella）广泛存在于人类和动物的肠道中。其感染可导致腹泻、发热、呕吐等临床症状，严重时引发败血症，尤其对免疫功能低下人群（如婴幼儿、老年人及慢性病患者）构成显著健康威胁^［1］。肉类食品是沙门菌的重要污染载体，其中肉鸡产品被认为是人类沙门菌感染风险的主要来源之一^［2⁃3］。屠宰环节作为肉鸡生产链的关键节点，往往成为高风险污染场所。屠宰场内环境、设备以及加工流程均可能促进沙门菌的入侵和传播，成为人类食源性疾病的一大隐患^［4］。随着中国肉鸡产业集约化发展与冷链运输的普及，大型工业化屠宰场的沙门菌污染有可能沿整个链条扩散，进而造成严重食品安全问题。

近年来，婴儿血清型沙门菌（Salmonella enterica serovar Infantis，S. Infantis）在全球范围内多次引发重大公共卫生事件。国外多项研究表明，该血清型的污染和传播主要集中在家禽产业，尤其与肉鸡密切相关^［5］。基因组学研究已证实，其新兴谱系普遍携带独特pESI样巨质粒，该质粒含有多种耐药基因（如blaCTX-M、tet、dfr和sul），赋予其对喹诺酮类、氨苄西林和四环素等多类人兽共用抗生素的多重耐药性（multidrug resistance，MDR）^［6⁃7］。不仅增强了该血清型菌株在集约化养殖环境中的适应能力，也增加了感染后治疗的难度，并可能通过食物链扩散，存在向人类传播的风险，给公共卫生和临床防控带来巨大挑战^［8］。在近期国内多个省份针对肉鸡生产链的研究中，婴儿血清型沙门菌的分离率居于血清型分布的前列^［9⁃11］。广东省作为我国肉鸡养殖、流通及出口的重要区域，禽肉生产与贸易十分活跃。然而，关于广东省内屠宰场中婴儿血清型沙门菌的流行特征，目前尚缺乏系统研究，其潜在的公共卫生风险尚未得到充分认识。

本次调查对广东省某大型肉鸡屠宰场全环节开展了流行病学调查，通过全基因组测序技术，对分离所得婴儿血清型沙门菌进行分子特性分析，并结合全球婴儿血清型沙门菌全基因组序列进行比对，旨在揭示其潜在传播风险，为肉鸡屠宰场中婴儿血清型沙门菌污染防控提供科学依据。

1　材料与方法

收起

1.1　材料

1.1.1　菌株来源

2023年10月于广东省某大型肉鸡屠宰场采集样品173份，包括屠宰全部的六个环节（待宰区、宰杀区、打毛区、掏膛区、预冷消毒区、包装分割区）和总环境，其中动物源性样品81份，环境样品92份。本次调查中使用的大肠杆菌标准菌ATCC25922，由华南农业大学兽医学院动物传染病教研室保存并提供。

1.1.2　主要试剂

Luria-Bertani（LB）肉汤、LB琼脂、水解酪蛋白（Mueller-Hinton，MH）肉汤、MH琼脂和XLT-4琼脂均购自广州环凯微生物科技有限公司；缓冲蛋白胨水（Buffered Peptone Water，BPW）和氯化镁-孔雀绿（Rappaport-Vassiliadis Soya Peptone Broth，RVS）增菌液购自美国Becton Dickinson公司；沙门菌属显色培养基购自法国科玛嘉公司；细菌基因组抽提试剂盒购自北京安诺伦生物科技有限公司；氨苄西林（ampicillin，AMP）、环丙沙星（ciprofloxacin，CIP）、氟苯尼考（florfenicol，FFC）和磺胺甲噁唑（sulfamethoxazole，SMZ）购自中国药品生物制品检定所；头孢噻呋（ceftiofur，EFT）和氯霉素（chloramphenicol，CHL）购自广州迈发生物科技有限公司；萘啶酸（nalidixic acid，NAL）和四环素（tetracycline，TET）购自宁夏启元药业有限公司；多黏菌素B（polymyxin B，PB）和庆大霉素（gentamicin，GEN）购自山东鲁抗医药股份有限公司；替加环素（tigecycline，TGC）购自上海源叶生物科技公司；亚胺培南（imipenem，IPM）购自杭州默沙制药有限公司。

1.1.3　主要仪器

YJ-1450超净工作台购自苏州净化设备厂；SHP-250生化培养箱购自上海精宏实验设备有限公司；QHZ-98A/QHZ-98B全温振荡培养箱购自太仓市华美生化仪器厂；A400多点位接种仪购自上海恒岸生物科技有限公司。

1.2　方法

1.2.1　屠宰场样品采集

遵循我国食品安全国家标准GB 4789.4—2016《食品微生物学检验沙门氏菌检验》^［12］，对屠宰场内六个不同环节（待宰区、宰杀区、打毛区、掏膛区、预冷消毒区和包装分割区）及总环境（区间过道和场内蓄水池）采集肉鸡样品和环境样品。样品置于无菌样品袋并标记，2 h内送往实验室处理。

1.2.2　细菌分离和鉴定

遵循GB 4789.4—2016标准分离鉴定沙门菌。将样品置于BPW洗涤液中，37 ℃摇床8~18 h预增菌处理，后液转移至TTB选择性增菌液。采用三区划线法接种增菌液于XLT-4琼脂平板，37 ℃培养18~24 h。挑取黑色边缘透明或无色透明光滑单菌落，接种科马嘉显示培养基，37 ℃培养18~24 h。淡紫色菌落判定为沙门菌疑似菌落。

1.2.3　DNA粗提和PCR鉴定

挑取疑似沙门菌单菌落至LB肉汤中，37 ℃、200 r∙min^-1摇床培养4~6 h至对数生长期。采用煮沸裂解法提取细菌DNA为PCR模板，PCR扩增沙门菌特异性基因invA进行鉴定。参考文献［13］设计特异性引物，正向invA-F：5'-TCGCACCGTCAAAGGAACCG-TAAAGC-3’，反向invA-R：5'-GCATTATCGA-TCAGTACCAGCCGTCT-3’，引物由上海生工生物工程股份有限公司合成，预期扩增片段为331 bp。PCR反应体系（25 μL）：12.5 μL 2×Tag Master Mix，8.5 μL ddH₂O，上、下游引物（10 μmol∙L^-1）各1 μL，2 μL细菌DNA模板。PCR反应程序：95 ℃预变性5 min；95 ℃变性1 min，55 ℃退火30 s，72 ℃延伸1 min，共35个循环；72 ℃延伸5 min。PCR产物通过1.0%琼脂糖凝胶电泳检测。

1.2.4　沙门菌药敏试验

采用琼脂稀释法对分离所得沙门菌进行药敏试验，选择了12种药物（AMP、EFT、IPM、GEN、NAL、CIP、CHL、FFC、TET、TGC、SMZ和PB），测定最小抑菌浓度（MIC），以大肠杆菌ATCC25922为标准质控菌。试验遵循2023版美国临床和实验室标准协会（Clinical and Laboratory Standards Institute，CLSI）琼脂稀释法的执行方法和结果判读。

1.2.5　全基因组测序和分析

根据耐药谱系分布，从全环节中筛选代表性菌株提取基因组做全基因组测序。使用细菌DNA抽提试剂盒提取DNA，送至北京诺禾致源科技股份有限公司质检、建库测序。使用Trimmomatic和SPAdes v3.12.0对原始数据过滤和基因组组装。使用SISTR v1.0.2进行血清型预测。使用MLST v2.11的MLST数据库（https：//github.com/tsee mann/MLST）进行多位点序列分型（Multilocus Sequence Typing，MLST）；使用Resfinder数据库（https：//cge.cbs.dtu.dk/services/ResFiner）、VFDB数据库（http：//www.mgc.ac.cn/cgi-bin/VFs/v5/main.cgi）、AMRfinder数据库（https：//ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/AMRFinder）和Plasmid-Finder（https：//cge.food.dtu.dk/services/Plasmid-Finder/）分别进行耐药基因、毒力基因、抗性基因及质粒复制子类型的注释；阈值设定为一致性和覆盖率≥80%。使用软件包Snippy（https：//github.com/tseemann/snippy）提取核心基因组单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNPs），以婴儿血清型沙门菌（GenBank号：GCA_001931595.1）为参考序列构建系统发育树，iTOL（https：/itol.embl.de/）在线工具进行可视化。

1.2.6　全球婴儿血清型沙门菌与溯源分析

从美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）数据库下载全球共10389株婴儿血清型沙门菌（Salmonella Infantis）全基因组序列，菌株涵盖多种来源，主要包括鸡源与人源。通过全基因组多位点序列分型（core genome multilocus sequence typing，cgMLST）和单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）二次比对进行初步筛选；随后使用TBtools软件（https：//github.com/CJ-Chen/TBtools-II）对SNP距离矩阵进行可视化分析。

2　结果

收起

2.1　屠宰场沙门菌分离率

在肉鸡屠宰场共采集173份样品，分离鉴定到96株沙门菌，总分离率为55.49%。不同屠宰环节的阳性分离率呈现明显差异，其中掏膛区和包装分割区的阳性率较高，分别为79.25%和75.56%；而预冷消毒区的阳性率显著下降，为20.00%（图1）。

2.2　药敏试验

结果显示，该屠宰场分离的沙门菌整体耐药水平普遍较高。所有分离株均为MDR菌株，且耐药谱呈现高度相似性（表1）。其中，氨苄西林（AMP）、头孢噻呋（EFT）、氟苯尼考（FFC）、磺胺甲噁唑（SMZ）和萘啶酸（NAL）的耐药率均为100%；庆大霉素（GEN）、氯霉素（CHL）、四环素（TET）和替加环素（TGC）的耐药率均超过90%；环丙沙星（CIP）的耐药率为4.17%；对亚胺培南（IPM）和多黏菌素B（PB）均表现为敏感（图2）。

2.3　全基因组测序分析

根据上述耐药谱结果，从占比前三的主要耐药谱系中，按照覆盖不同生产环节原则，筛选出34株具有典型性的代表菌株，包括待宰区4株、宰杀区4株、打毛区3株、掏膛区8株、预冷消毒区1株、分割包装区1株和总环境4株。血清型预测结果显示，这34株分离株共分属两种血清型，其中32株为婴儿血清型，2株为肯塔基血清型。MLST分析表明，婴儿血清型菌株中30株为ST32型，其余2株序列类型未知；2株肯塔基菌株则均为ST108型。为进一步解析婴儿菌株间的遗传关系，构建32株婴儿血清型沙门菌的系统发育树（图3）。结果显示，各分离株之间亲缘关系高度相近，提示婴儿血清型沙门菌在该屠宰场不同环节之间可能存在克隆传播和交叉污染。

全基因组分析抗生素耐药基因结果表明，检测到六大类抗生素共计17种耐药基因，涉及氨基糖苷类、β-内酰胺类、酰氨醇类、磺胺类、四环素类等相关耐药基因，分离菌株的耐药基因与耐药表型基本一致。相比于2株肯塔基血清型菌株，aac（3）-IVa、aac（6'）-Iaa、aph（4）-Ia、blaCTX-M-65和dfrA14这5个耐药基因仅在婴儿血清型菌株中发现。在婴儿血清型菌株中，氨基糖苷类耐药的aac（3）-IVa、aac（6'）-Iaa、aph（4）-Ia基因和β-内酰胺类耐药的blaCTX-M-65基因、酰胺醇类耐药的floR基因携带率均为100%；除此之外，四环素耐药tet（A）基因携带率96.88%，编码耐甲氧苄啶的dfrA14基因和磺胺类耐药的sul1携带率分别为93.75%、96.88%，氨基糖苷类耐药aph（3'）-Ia基因携带率71.88%。

根据金属、消毒剂抗性基因检出结果，检测到5类共计12种抗性基因，涉及消毒剂抗性、金属抗性和阳离子外排等功能。婴儿血清型菌株中，消毒抗性基因qacE△1携带率达96.88%（31/32）。同时，婴儿血清型菌株所携带的金属抗性基因数量均高于肯塔基血清型菌株。在32株婴儿血清型菌株中，31株携带11种金属抗性基因（93.75%，31/32），仅1株携带6种；而2株肯塔基血清型菌株均仅携带4种金属抗性基因。值得注意的是，砷抗性基因（arsH、arsR）和汞抗性基因（merD、merA、merC、merP、merT、merR）仅在婴儿血清型菌株中发现。

在毒力基因方面，检测到共计143种毒力基因，涉及细菌黏附因子、毒力岛1（SPI-1）、毒力岛2（SPI-2）编码的三型分泌系统（type Ⅲ secretion system，TTSS）、巨噬细胞诱导基因、镁离子与铁离子的摄取、调控及营养代谢功能等多个方面（表2）。婴儿血清型菌株所携带的毒力基因总数均高于肯塔基血清型菌株，在32株婴儿血清型菌株中，28株携带143种毒力基因（87.5%，28/32），3株携带142种，1株携带140种；而2株肯塔基血清型菌株均仅携带130种毒力基因。此外，TTSS-1相关基因（sopD2、sspH2）、非菌毛相关黏附因子（shdA、ratB）和营养/代谢相关因子（fepC、ybtS、ybtX、ybtQ、ybtP、ybtA、ybtU、ybtT、ybtE、fyuA/psn）仅在婴儿血清型菌株中发现。

质粒分析结果显示，在PlasmidFinder数据库中共鉴定出3种质粒复制子。在婴儿血清型菌株中，质粒IncFIB的检出率均为100%。此外，还在2株婴儿型菌株中分别检测到质粒pR18、Col156和ColpVC。

2.4　与全球婴儿血清型沙门菌菌株的遗传关系

以本研究中获得的多重耐药婴儿血清型沙门菌克隆支系为参照，设置cgMLST差异不超过5个等位基因位点（cgMLST≤5）作为筛选标准，从全球10 389株菌株中筛选出667株非克隆型菌株，进一步开展SNP成对距离矩阵分析。结果显示，有15株全球来源的婴儿血清型沙门菌与本研究分离株之间的SNP差异不超过20（SNP≤20）（图4）。这15株菌株包括12株人源分离株和3株鸡源分离株，分别来源于英国、德国、加拿大、澳大利亚和越南（附表1，见OSID开放科学数据与内容）。综上所述，本研究分离株与国外部分婴儿血清型沙门菌，尤其是人源菌株之间具有高度遗传相似性，提示其可能存在跨国和跨宿主传播风险，并对公共卫生安全构成潜在威胁。

3　讨论

收起

在肉鸡从养殖到餐桌的全链条中，沙门菌对鸡肉及其产品的污染途径主要包括两方面。一是肉鸡生长发育阶段，集中于孵化场与养殖场；二是后续的屠宰、加工及销售环节，其中屠宰场是关键污染点^［14］。在本次流行病学调查中，肉鸡屠宰场沙门菌总分离率为55.49%，表明整体污染水平较高，且不同环节间的检出率差异显著。具体而言，预冷消毒区分离率为20.00%，呈现一定程度的暂时性抑制，可能与预冷消毒区的低温处理和高强度消毒剂使用相关；然而，掏膛区和包装分割区分离率仍高达79.25%和75.56%，场内环节间的不同检出率，表明该屠宰场内沙门菌污染控制水平不稳定。同时，证实了屠宰场内部存在高度克隆性和传播性污染。在烫伤、拔毛和去内脏等操作时，屠宰设备、人员接触和污水均可能成为交叉污染的媒介。既往多项研究均证实，尽管预冷处理可一定程度暂时降低污染，但后续加工环节仍存在较高的沙门菌检出率^［15］，且屠宰场不同环节间普遍存在沙门菌交叉污染现象^［16］。由此可见，不能仅以预冷消毒后的检测结果作为最终判断标准，应优化分割、包装等后续环节的环境卫生与人员消毒管理，降低各环节间的交叉传播风险，从而有效提升出场肉鸡的产品安全性。

在现代肉鸡生产过程中，为防治沙门菌感染，抗生素的广泛使用已成为一种常见措施。而近年来，抗生素耐药性问题日益严峻，全球范围内MDR沙门菌株的报道频率持续上升，尤其是动物源和食源性沙门菌，对多种抗菌药物的耐药性呈整体加重趋势^［17］，对于喹诺酮类药物、第三、四代头孢菌素类药物的耐药性也逐渐加重，且该趋势与血清型的类型发展存在相关性^［18］。本次调查的药敏试验结果显示，该屠宰场分离的96株菌株均为MDR菌株，且耐药谱高度相似，对六大类9种抗生素的耐药率都超过90%，其中，β-内酰胺类药物AMP、第三代头孢菌素类药物EFT和喹诺酮类药物NAL，耐药率均达到100%。MDR菌株的传播对食品安全和公共卫生均构成重大威胁，提示亟需加强抗生素药物合理化使用管理，建立健全的沙门菌耐药监测体系，加快沙门菌MDR机制的深层次研究。

随着第二代全基因组测序（whole genome sequencing，WGS）技术的发展，测序成本大幅降低，速度大幅提升，使得基于提供完整基因组信息的高分辨率分型、可移动基因元件监测和溯源分析在细菌研究中得到广泛应用。本次调查利用WGS对34株分离菌进行分析，结果显示优势血清型为婴儿血清型（32/34），主要序列类型为ST32（30/32）。所有婴儿血清型菌株均为MDR菌株，且均携带IncFIB质粒。婴儿血清型沙门菌是非伤寒沙门菌（non-typhoidal Salmonella，NTS）的重要血清型之一，自2011年以来，其全球流行率持续上升^［19］。在欧美，这类携带pESI巨质粒的新兴婴儿血清型沙门菌已成为家禽及其肉类中最主要血清型之一，其流行和污染情况受到重点关注^{［20⁃21］}。在亚洲，多国肉鸡场均有关于该血清型的报道，韩国某研究中pESI阳性婴儿血清型沙门菌的多重耐药率显著高于pESI阴性株^{［22⁃23］}；既往研究已证实，婴儿菌株的独特抗性特性依赖于pESI巨质粒，该质粒的存在，可以增强沙门菌在集约环境中的各种抗性^［24］。与此同时，本次调查检测到婴儿菌株均携带大量耐药基因和毒力基因。其中，婴儿血清型分离株携带的特有耐药基因包括了对β-内酰胺类耐药、氨基糖苷类耐药、磺胺类耐药和四环素类耐药的基因，预测耐药基因型与药敏表型表现出高度一致性，提示WGS在耐药性评估中的可靠性。这些基因与过去不同地区婴儿血清型沙门菌的报道高度吻合，如blaCTX-M-65基因曾在智利、中国台湾的分离株中被检测到，该基因能够编码扩展谱β-内酰胺酶，使得沙门菌对第三代头孢菌素等抗生素产生耐药性^{［25⁃26］}；编码氨基糖苷类修饰酶的aac（6′）-Iaa基因和ant（3″）-Ia基因、以及tet（A）基因和sul1基因的组合，在俄罗斯和土耳其的肉鸡源分离株中也曾被报道^［27］。而在意大利，携带pESI样质粒的婴儿血清型沙门菌也检测出了编码耐甲氧苄啶的dfrA14基因，这与本次调查结果一致^［28］，表明该血清型具有全球传播潜力。这些耐药基因的存在使得婴儿血清型沙门菌对多种常用抗生素产生耐药性，增加防治难度。

此外，本次调查中婴儿血清型分离株携带大量与黏附因子（包含菌毛相关和非菌毛相关）、营养/代谢功能相关的毒力基因，这些毒力基因不仅增强了沙门菌在宿主体内的生存能力和致病性，而且，通过长度测序技术，营养/代谢相关毒力基因（fyuA/psn、irp1、irp2、ybtA、ybtE、ybtP、ybtQ、ybtS、ybtT、ybtU、ybtX）都已被证实存在于pESI巨质粒上^［29］。同时，在婴儿血清型分离株上还检测到消毒剂抗性基因qacE△1，这种基因仅存在于检测到pESI或pESI样巨质粒的沙门菌中^［30］，在一项针对常用消毒剂对婴儿血清型沙门菌的抑菌及抗菌膜作用的研究中，含有pESI质粒的婴儿菌株生物膜含量显著升高，能赋予其在屠宰场高强度清洗与消毒环境下的生存优势^［31］。与此同时，本次调查中分离所得婴儿菌株中还检测到了阳离子外排泵基因fieF和铜（golT、golS）、砷（arsH、arsR）和汞（merD、merA、merC、merP、merT、merR）基因。铜作为动物必需的微量营养物质，在家禽饲料中常会添加适量铜以促进家禽生长^［32］。这些基因特性共同表明，婴儿血清型沙门菌具备较强的环境适应能力和传播潜力，有助于其在屠宰场等复杂环境中持续存在，并在各环节间快速传播，这可能是其在屠宰场中呈现高检出率及不同环节间高度克隆传播的重要原因，提示该血清型可能在屠宰场形成稳定的传播群体。

更为重要的是，已有研究指出，婴儿血清型沙门菌不仅在全球家禽产业链中有着较高流行率和传播风险，而且与人类感染密切相关，存在跨宿主传播风险^［33］。在本次调查中，婴儿血清型分离株与12株全球人源菌株的高度遗传相似性也证实了这一点。小鼠模型试验表明，婴儿血清型沙门菌的pESI巨质粒可通过质粒介导水平基因转移传播至其他血清型沙门菌或肠道细菌，这意味着上述提及到的位于pESI巨质粒上的大量移动抗性基因（mobile resistance genes，MRGs）及其所赋予的耐药性和抗性也有可能传播到其他病原体^［34］，提示婴儿血清型沙门菌具有高度传播潜力和公共卫生风险。因此，加强对该血清型的监测与防控，及时发现并降低其在肉鸡与人类之间的传播风险，以减少其对公共卫生的影响。

4　结论

收起

综上所述，本次调查在广东省某肉鸡屠宰场中分离鉴定出具有潜在公共卫生风险的MDR婴儿血清型沙门菌。结果显示，屠宰流程各环节之间存在明显交叉污染现象。所有MDR婴儿血清型克隆支系均携带pESI巨质粒，并富集多种耐药基因、毒力基因及金属和消毒剂抗性基因。同时，基因组学分析结果提示该血清型菌株可能在肉鸡与人类之间存在潜在传播风险。为保障国内肉鸡产业发展和食品安全，未来应加强对MDR婴儿血清型沙门菌的动态监测和风险评估，尤其提升对屠宰环节的监管和防控措施。

基金

收起

国家自然科学基金(32273007)
广东省攀登计划项目(pdjh2024b078)

参考文献

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文献

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2026年第57卷第3期

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doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2026.03.038

接收时间：2025-07-21
首发时间：2026-09-16
出版时间：2026-03-23

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收稿日期：2025-07-21

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国家自然科学基金(32273007)

广东省攀登计划项目(pdjh2024b078)

作者信息

华南农业大学兽医学院，广州 510642

通讯作者:

张建民，主要从事重要人兽共患细菌病和动物细菌病的研究，E-mail： junfeng-v@163.com

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2种不同金属材料的力学参数

科 Family	属数 Number of genus	种数 Number of species	占总种数比例 Percentage of total species (%)	属 Genus	种数 Number of species	占总种数比例 Percentage of total species (%)
鹅膏菌科Amanitaceae	2	11	5.26	鹅膏菌属 Amanita	10	4.78
小菇科 Mycenaceae	2	12	5.74	丝盖伞属 Inocybe	5	2.39
多孔菌科 Polyporaceae	8	14	6.70	蜡蘑属 Laccaria	5	2.39
红菇科 Russulaceae	3	23	11.00	小皮伞属 Marasmius	6	2.87
				小菇属 Mycena	11	5.26
				光柄菇属 Pluteus	5	2.39
				红菇属 Russula	17	8.13
				栓菌属 Trametes	5	2.39

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TxT

序号 Number	耐药谱类型（类型数量） Types of antimicrobial resistance spectrum（Number of types）	菌株数量 Number of strains
1	AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（9）	80
2	AMP+EFT+NAL+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（8）	5
3	AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+TET+SMZ（8）	4
4	AMP+EFT+GEN+NAL+CIP+CHL+FFC+TET+SMZ（9）	2
5	AMP+EFT+GEN+NAL+CIP+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（10）	2
6	AMP+EFT+GEN+NAL+FFC+TET+TGC+SMZ（9）	1
7	AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+SMZ（8）	1
8	AMP+EFT+NAL+CHL+FFC+TET+SMZ（8）	1

序号

Number

耐药谱类型（类型数量）

Types of antimicrobial resistance spectrum（Number of types）

菌株数量

Number of strains

AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（9）

AMP+EFT+NAL+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（8）

AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+TET+SMZ（8）

AMP+EFT+GEN+NAL+CIP+CHL+FFC+TET+SMZ（9）

AMP+EFT+GEN+NAL+CIP+CHL+FFC+TET+TGC+SMZ（10）

AMP+EFT+GEN+NAL+FFC+TET+TGC+SMZ（9）

AMP+EFT+GEN+NAL+CHL+FFC+SMZ（8）

AMP+EFT+NAL+CHL+FFC+TET+SMZ（8）

类别 Category	数量Number	毒力基因 Virulence genes
三型分泌系统 T3SS-1 （Type Ⅲ secretionsystem-1）	42	steA、steB、sipA/sspA、sopA、sopB/sigD、sopD、sopE2、avrA、espO1-1、sptP、sipB/sspB、sipC/sspC、sipD、hilC、hilD、iagB、orgA/sctK、orgB/SctL、sprB、hilA、invE、prgH、invA、invB、invC/sctN、invF、invG、invH、invI、invJ、iacP、orgC、prgI、prgJ、prgK、sicA、sicP、spaP、spaQ、spaO/sctQ、spaR、spaS
三型分泌系统 T3SS-2 （Type Ⅲ secretionsystem-2）	44	steC、sopD2、sspH2、pipB2、sseL、sseK1、sifA、sseJ、sifB、pipB、sseK2、slrP、ssaX、ssrA、ssrB、ssaT、ssaU、sseB、spiC/ssaB、ssaC、ssaD、ssaE、ssaG、ssaH、ssaI、ssaJ、ssaK、ssaL、ssaM、ssaN、ssaO、ssaP、ssaQ、ssaR、ssaS、ssaV、sscA、sscB、sseF、sseG、sseA、sseC、sseD、sseE
六型分泌系统 T6SS （type Ⅵ secretion system）	2	tae4、tlde1
菌毛黏附因子 Fimbrial adherence determinants	21	fimA、fimW、fimH、fimI、fimY、fimZ、csgA、csgB、csgC、csgD、csgE、csgF、csgG、fimC、fimD、fimF、lpfA、lpfB、lpfC、lpfD、lpfE
非菌毛相关黏附因子Nonfimbrial adherence determinants	5	shdA、ratB、sinH、misL、ompA
巨噬细胞诱导基因 Macrophage inducible	1	mig-14
镁离子摄取 Magnesium uptake	2	mgtB、mgtC
铁离子摄取 Iron uptake	2	Fur、fepG
营养/代谢因子Nutritional/Metabolic factor	14	allB、entB、fepC、ybtA、ybtE、ybtP、ybtQ、ybtS、ybtT、ybtU、ybtX、fyuA/psn、irp1、irp2
调控因子 Regulation	6	phoP、phoQ、pmrA、pmrB、rcsB、rpoS
免疫调节 Immune modulation	2	*galF*、gndA
未分类 Unclassified	2	acrB、ibeC

类别