海洋学报

站位	采样时间	水深/m	表层盐度
D1	2020年4月3日	24	1.45
D2	2020年4月3日	15	7.85
D3	2020年4月2日	6	6.95
D4	2020年4月2日	10	25.6
D5	2020年4月1日	6.5	8
D6	2020年4月1日	9	23.57
D7	2020年4月1日	24	32.52
D8	2020年3月31日	13	28.82
D9	2020年3月31日	18	27.82

站位	采样时间	水深/m	表层盐度
D1	2020年4月3日	24	1.45
D2	2020年4月3日	15	7.85
D3	2020年4月2日	6	6.95
D4	2020年4月2日	10	25.6
D5	2020年4月1日	6.5	8
D6	2020年4月1日	9	23.57
D7	2020年4月1日	24	32.52
D8	2020年3月31日	13	28.82
D9	2020年3月31日	18	27.82

站位	总扩增数		有效数		种类数
D1	42	4		42	4		5	3
D2	39	0	38	0	9	0
D3	31	17	28	17	14	7
D4	40	0	40	0	15	0
D5	40	8	40	8	14	4
D6	40	1	40	1	20	1
D7	42	0	42	0	18	0
D8	40	5	36	5	18	3
D9	38	4	37	4	10	4
总计	352	39	343	39	52	15

站位	总扩增数		有效数		种类数
D1	42	4		42	4		5	3
D2	39	0	38	0	9	0
D3	31	17	28	17	14	7
D4	40	0	40	0	15	0
D5	40	8	40	8	14	4
D6	40	1	40	1	20	1
D7	42	0	42	0	18	0
D8	40	5	36	5	18	3
D9	38	4	37	4	10	4
总计	352	39	343	39	52	15

目	科	属	种	样本量/个	相似度/%
注：●表示本种类在本站位数量占比为50%～100%；◎表示本种类在本站位数量占比为10%～50%；○表示本种类在本站位数量占比为0～10%（不包括0）；─表示未扩增成功或本种类在本站位无。
鲱形目 Clupeiformes	锯腹鳓科 Pristigasteridae	鳓属 Ilisha	鳓鱼 Ilisha elongata	1	100	99.85	─	─	─	─	─	─	─	○	─
	鳀科 Engraulidae	棱鳀属 Thryssa	黄吻棱鳀 Thryssa vitrirostris	6	100	99.82	○	─	─	○	─	○	─	○	─
			赤鼻棱鳀 Thryssa kammalensis	6	100	─	─	─	─	─	─	○	◎	─	─
			杜氏棱鳀 Thryssa dussumieri	4	100	99.85	─	─	─	─	○	○	○	─	─
			汉氏棱鳀 Thryssa hamiltonii	1	100	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		侧带小公鱼属 Stolephorus	岛屿侧带小公鱼 Stolephorus insularis	20	100	100	─	─	○	─	○	○	◎	◎	─
			康氏侧带小公鱼 Stolephorus commersonnii	1	100	99.40	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		鲚属 Coilia	凤鲚 Coilia mystus	61	100	100	●	○	◎	─	◎	─	─	─	─
	鲱科 Clupeidae	小沙丁鱼属 Sardinella	黄泽小沙丁鱼 Sardinella lemuru	17	100	─	─	─	◎	◎	○	○	─	○	─
			隆背小沙丁鱼 Sardinella gibbosa	4	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			裘氏小沙丁鱼 Sardinella jussieu	2	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─	○
		斑鰶属 Konosirus	斑鰶 Konosirus punctatus	1	99	─	─	─	─	─	─	○	─	─	─
		海鰶属 Nematalosa	日本海鰶 Nematalosa japonica	2	100	100	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			高鼻海鰶 Nematalosa nasus	1	100	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		鰶属 Clupanodon	花鰶 Clupanodon thrissa	5	100	─	○	─	○	─	─	─	─	─	─
胡瓜鱼目 Osmeriformes	胡瓜鱼科 Osmeridae	银鱼属 Salanx	居氏银鱼 Salanx cuvieri	1	99	99.69	○	─	─	─	─	─	─	─	─
仙女鱼目 Aulopiformes	狗母鱼科 Synodontidae	蛇鲻属 Saurida	多齿蛇鲻 Saurida tumbil	2	100	99.84	─	─	─	─	─	○	○	─	─
		龙头鱼属 Harpadon	龙头鱼 Harpadon nehereus	1	100	100	─	─	─	─	─	─	○	─	─
鲻形目 Mugiliformes	鲻科 Mugilidae	莫鲻属 Moolgarda	长鳍莫鲻 Moolgarda cunnesius	6	100	100	─	─	○	─	─	○	─	○	○
		龟鰉属 Chelon	龟鰉 Chelon haematocheila	9	100	100	○	◎	─	─	─	─	─	─	─
			前鳞龟鰉 Chelon affinis	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	─	○
鲉形目Scorpaeniformes	鲉科 Scorpaenidae	鬼鲉属 Inimicus	日本鬼鲉 Inimicus japonicus	1	100	99.84	─	─	─	○	─	─	─	─	─
	鲬科 Platycephalidae	鳄鲬属 Cociella	鳄鲬 Cociella crocodilus	2	100	100	─	─	─	─	○	─	─	○	─
		瞳鲬属 Inegocia	日本瞳鲬 Inegocia japonica	9	100	100	─	─	○	─	─	─	◎	─	─
鲈形目 Perciformes	双边鱼科 Ambassidae	双边鱼属 Ambassis	裸头双边鱼 Ambassis gymnocephalus	11	100	100	○	○	─	◎	─	─	─	─	─
	鮨科 Serranidae	石斑鱼属 Epinephelus	斑带石斑鱼 Epinephelus fasciatomaculosus	3	100	─	─	─	─	─	─	○	─	○	─
	天竺鲷科 Apogonidae	天竺鲷属 Apogon	宽条天竺鲷 Apogon fasciatus	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─
	鱚科 Sillaginidae	鱚属 Sillago	多鳞鱚 Sillago sihama	5	100	100	─	○	─	─	○	○	─	○	○
			少鳞鱚 Sillago japonica	1	100	100	─	─	─	─	─	○	─	─	─
	鲾科 Leiognathidae	项鲾属 Nuchequula	项斑项鲾 Nuchequula nuchalis	18	100	100	─	○	○	◎	○	○	○	◎	○
		光胸鲾属 Photopectoralis	黄斑光胸鲾 Photopectoralis bindus	4	100	100	─	○	─	○	─	─	─	─	─
	银鲈科 Gerreidae	银鲈属 Gerres	红尾银鲈 Gerres erythrourus	6	100	100	─	○	─	○	─	○	─	○	─
	仿石鲈科 Haemulidae	少棘胡椒鲷属 Diagramma	密點少棘胡椒鲷 Diagramma picta	8	100	100	─	─	─	─	○	○	○	─	─
		矶鲈属 Parapristipoma	三线矶鲈 Parapristipoma trilineatum	2	100	100	─	─	─	─	○	─	○	─	─
	金线鱼科 Nemipteridae	金线鱼属 Nemipterus	日本金线鱼 Nemipterus japonicus	28	100	100	─	─	○	─	○	○	○	─	●
	鲷科 Sparidae	棘鲷属 Acanthopagrus	灰鳍棘鲷 Acanthopagrus berda	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─
			黑棘鲷 Acanthopagrus schlegelii	4	100	100	─	─	○	○	○	─	─	─	─
			太平洋棘鲷 Acanthopagrus pacificus	12	99	100	─	─	○	○	○	○	─	─	○
	石首鱼科 Sciaenidae			3	87.5	─	─	─	○	○	○	─	─	─	─
		牙鱛属 Otolithes	红牙鱛 Otolithes ruber	3	100	99.64	─	─	○	─	─	─	─	○	○
		黄姑鱼属 Nibea	黄姑鱼 Nibea albiflora	3	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	○
		梅童鱼属 Collichthys	棘头梅童鱼 Collichthys lucidus	24	100	100	○	●	─	─	─	─	─	─	─
		白姑鱼属 Pennahia	截尾白姑鱼 Pennahia anea	1	99	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
		叫姑鱼属 Johnius	叫姑鱼 Johnius grypotus	18	100	─	─	○	○	─	◎	○	─	○	─
			卡氏叫姑鱼 Johnius carouna	4	100	99.83	─	─	○	─	─	○	─	○	─
			皮氏叫姑鱼 Johnius belangerii	5	100	─	─	─	─	○	─	─	○	○	─
			屈氏叫姑鱼 Johnius trewavasae	3	100	─	─	─	─	─	○	─	○	○	─
		枝鳔石首鱼属 Dendrophysa	勒氏枝鳔石首鱼 Dendrophysa russelii	1	100	99.85	─	─	─	○	─	─	─	─	─
	隆头鱼科 Labridae	海猪鱼属 Halichoeres	黑带海猪鱼 Halichoeres nigrescens	4	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	○
	鳚科 Blenniidae	宽颌鳚属 Laiphognathus	长棘宽颌鳚 Laiphognathus longispinis	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	─	○
		肩鳃鳚属 Omobranchus	斑头肩鳃鳚 Omobranchus fasciolatoceps	1	100	99.69	─	─	○	─	─	─	─	─	─
			斑點肩鰓鳚 Omobranchus punctatus	1	─	99.84	─	─	─	─	─	─	─	─	○
	鴨科 Callionymidae	斜棘鴨属 Repomucenus	斜棘鴨属未定种 Repomucenus sp.	1	100	100	─	─	○	─	─	─	─	─	─
	虾虎鱼科 Gobiidae	狼牙虾虎鱼属 Odontamblyopus	红狼牙虾虎鱼 Odontamblyopus rubicundus	5	100	─	─	─	○	─	○	─	─	─	─
	鲳科 Stromateidae	鲳属 Pampus	灰鲳 Pampus cinereus	1	100	─	─	─	─	─	─	○	─	─	─
鲽形目 Pleuronectiformes	鳎科 Soleidae	鳎属 Solea	卵鳎 Solea ovata	12	100	100	─	─	○	◎	─	○	○	─	○
	舌鳎科 Cynoglossidae	舌鳎属 Cynoglossus	中华舌鳎 Cynoglossus sinicus	14	100	─	─	─	○	─	○	◎	─	○	─
			长体舌鳎 Cynoglossus lingua	1	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			斑头舌鳎 Cynoglossus puncticeps	1	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			巨鳞舌鳎 Cynoglossus macrolepidotus	7	100	100	─	─	─	─	─	○	─	○	◎

目	科	属	种	样本量/个	相似度/%
注：●表示本种类在本站位数量占比为50%～100%；◎表示本种类在本站位数量占比为10%～50%；○表示本种类在本站位数量占比为0～10%（不包括0）；─表示未扩增成功或本种类在本站位无。
鲱形目 Clupeiformes	锯腹鳓科 Pristigasteridae	鳓属 Ilisha	鳓鱼 Ilisha elongata	1	100	99.85	─	─	─	─	─	─	─	○	─
	鳀科 Engraulidae	棱鳀属 Thryssa	黄吻棱鳀 Thryssa vitrirostris	6	100	99.82	○	─	─	○	─	○	─	○	─
			赤鼻棱鳀 Thryssa kammalensis	6	100	─	─	─	─	─	─	○	◎	─	─
			杜氏棱鳀 Thryssa dussumieri	4	100	99.85	─	─	─	─	○	○	○	─	─
			汉氏棱鳀 Thryssa hamiltonii	1	100	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		侧带小公鱼属 Stolephorus	岛屿侧带小公鱼 Stolephorus insularis	20	100	100	─	─	○	─	○	○	◎	◎	─
			康氏侧带小公鱼 Stolephorus commersonnii	1	100	99.40	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		鲚属 Coilia	凤鲚 Coilia mystus	61	100	100	●	○	◎	─	◎	─	─	─	─
	鲱科 Clupeidae	小沙丁鱼属 Sardinella	黄泽小沙丁鱼 Sardinella lemuru	17	100	─	─	─	◎	◎	○	○	─	○	─
			隆背小沙丁鱼 Sardinella gibbosa	4	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			裘氏小沙丁鱼 Sardinella jussieu	2	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─	○
		斑鰶属 Konosirus	斑鰶 Konosirus punctatus	1	99	─	─	─	─	─	─	○	─	─	─
		海鰶属 Nematalosa	日本海鰶 Nematalosa japonica	2	100	100	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			高鼻海鰶 Nematalosa nasus	1	100	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		鰶属 Clupanodon	花鰶 Clupanodon thrissa	5	100	─	○	─	○	─	─	─	─	─	─
胡瓜鱼目 Osmeriformes	胡瓜鱼科 Osmeridae	银鱼属 Salanx	居氏银鱼 Salanx cuvieri	1	99	99.69	○	─	─	─	─	─	─	─	─
仙女鱼目 Aulopiformes	狗母鱼科 Synodontidae	蛇鲻属 Saurida	多齿蛇鲻 Saurida tumbil	2	100	99.84	─	─	─	─	─	○	○	─	─
		龙头鱼属 Harpadon	龙头鱼 Harpadon nehereus	1	100	100	─	─	─	─	─	─	○	─	─
鲻形目 Mugiliformes	鲻科 Mugilidae	莫鲻属 Moolgarda	长鳍莫鲻 Moolgarda cunnesius	6	100	100	─	─	○	─	─	○	─	○	○
		龟鰉属 Chelon	龟鰉 Chelon haematocheila	9	100	100	○	◎	─	─	─	─	─	─	─
			前鳞龟鰉 Chelon affinis	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	─	○
鲉形目Scorpaeniformes	鲉科 Scorpaenidae	鬼鲉属 Inimicus	日本鬼鲉 Inimicus japonicus	1	100	99.84	─	─	─	○	─	─	─	─	─
	鲬科 Platycephalidae	鳄鲬属 Cociella	鳄鲬 Cociella crocodilus	2	100	100	─	─	─	─	○	─	─	○	─
		瞳鲬属 Inegocia	日本瞳鲬 Inegocia japonica	9	100	100	─	─	○	─	─	─	◎	─	─
鲈形目 Perciformes	双边鱼科 Ambassidae	双边鱼属 Ambassis	裸头双边鱼 Ambassis gymnocephalus	11	100	100	○	○	─	◎	─	─	─	─	─
	鮨科 Serranidae	石斑鱼属 Epinephelus	斑带石斑鱼 Epinephelus fasciatomaculosus	3	100	─	─	─	─	─	─	○	─	○	─
	天竺鲷科 Apogonidae	天竺鲷属 Apogon	宽条天竺鲷 Apogon fasciatus	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─
	鱚科 Sillaginidae	鱚属 Sillago	多鳞鱚 Sillago sihama	5	100	100	─	○	─	─	○	○	─	○	○
			少鳞鱚 Sillago japonica	1	100	100	─	─	─	─	─	○	─	─	─
	鲾科 Leiognathidae	项鲾属 Nuchequula	项斑项鲾 Nuchequula nuchalis	18	100	100	─	○	○	◎	○	○	○	◎	○
		光胸鲾属 Photopectoralis	黄斑光胸鲾 Photopectoralis bindus	4	100	100	─	○	─	○	─	─	─	─	─
	银鲈科 Gerreidae	银鲈属 Gerres	红尾银鲈 Gerres erythrourus	6	100	100	─	○	─	○	─	○	─	○	─
	仿石鲈科 Haemulidae	少棘胡椒鲷属 Diagramma	密點少棘胡椒鲷 Diagramma picta	8	100	100	─	─	─	─	○	○	○	─	─
		矶鲈属 Parapristipoma	三线矶鲈 Parapristipoma trilineatum	2	100	100	─	─	─	─	○	─	○	─	─
	金线鱼科 Nemipteridae	金线鱼属 Nemipterus	日本金线鱼 Nemipterus japonicus	28	100	100	─	─	○	─	○	○	○	─	●
	鲷科 Sparidae	棘鲷属 Acanthopagrus	灰鳍棘鲷 Acanthopagrus berda	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─
			黑棘鲷 Acanthopagrus schlegelii	4	100	100	─	─	○	○	○	─	─	─	─
			太平洋棘鲷 Acanthopagrus pacificus	12	99	100	─	─	○	○	○	○	─	─	○
	石首鱼科 Sciaenidae			3	87.5	─	─	─	○	○	○	─	─	─	─
		牙鱛属 Otolithes	红牙鱛 Otolithes ruber	3	100	99.64	─	─	○	─	─	─	─	○	○
		黄姑鱼属 Nibea	黄姑鱼 Nibea albiflora	3	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	○
		梅童鱼属 Collichthys	棘头梅童鱼 Collichthys lucidus	24	100	100	○	●	─	─	─	─	─	─	─
		白姑鱼属 Pennahia	截尾白姑鱼 Pennahia anea	1	99	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
		叫姑鱼属 Johnius	叫姑鱼 Johnius grypotus	18	100	─	─	○	○	─	◎	○	─	○	─
			卡氏叫姑鱼 Johnius carouna	4	100	99.83	─	─	○	─	─	○	─	○	─
			皮氏叫姑鱼 Johnius belangerii	5	100	─	─	─	─	○	─	─	○	○	─
			屈氏叫姑鱼 Johnius trewavasae	3	100	─	─	─	─	─	○	─	○	○	─
		枝鳔石首鱼属 Dendrophysa	勒氏枝鳔石首鱼 Dendrophysa russelii	1	100	99.85	─	─	─	○	─	─	─	─	─
	隆头鱼科 Labridae	海猪鱼属 Halichoeres	黑带海猪鱼 Halichoeres nigrescens	4	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	○
	鳚科 Blenniidae	宽颌鳚属 Laiphognathus	长棘宽颌鳚 Laiphognathus longispinis	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	─	○
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	舌鳎科 Cynoglossidae	舌鳎属 Cynoglossus	中华舌鳎 Cynoglossus sinicus	14	100	─	─	─	○	─	○	◎	─	○	─
			长体舌鳎 Cynoglossus lingua	1	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			斑头舌鳎 Cynoglossus puncticeps	1	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			巨鳞舌鳎 Cynoglossus macrolepidotus	7	100	100	─	─	─	─	─	○	─	○	◎

基于DNA条形码技术的珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征的研究

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孔啸兰 ¹ , 张帅 ¹ , 陈作志 ¹^,²^,^* , 林昭进 ¹ , 蒋佩文 ¹ , 江艳娥 ¹

海洋学报 | 论文 2023,45(3): 52-65

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海洋学报 | 论文 2023, 45(3): 52-65

基于DNA条形码技术的珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征的研究

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孔啸兰¹, 张帅¹, 陈作志¹^,²^,^*, 林昭进¹, 蒋佩文¹, 江艳娥¹

作者信息

¹ 中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室，广东广州 510300

² 南方海洋科学与工程广东省实验室（广州），广东广州 511458

孔啸兰（1986-），女，河南省汤阴县人，助理研究员，主要从事渔业资源和分子生物学研究。E-mail: weilankong.2005@163.com

通讯作者:

*陈作志，男，研究员，主要从事海洋生态和渔业资源研究。E-mail: zzchen2000@163.com

Species composition and distribution characteristic of fish eggs and larvae based on DNA barcoding technology of the Zhujiang River Estuary in spring

Xiaolan Kong¹, Shuai Zhang¹, Zuozhi Chen¹^,²^,^*, Zhaojin Lin¹, Peiwen Jiang¹, Yan’e Jiang¹

Affiliations

¹Key Laboratory of Sustainable Utilization of Open-sea Fishery, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, South China Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Science, Guangzhou 510300, China

²Southern Marine Science and Engineering Guangdong Laboratory (Guangzhou), Guangzhou 511458, China

出版时间: 2023-03-01 doi: 10.12284/hyxb2023032

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摘要

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采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码，分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征，并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共扩增样本391个，成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种（2种未鉴定到种）。其中，以鲈形目（Perciformes）种类和数量最多，种类数占比为51.6%，数量占比为47.91%；其次为鲱形目（Clupeiformes），种类数占比为25%，数量占比为34.56%。优势种10种，其中凤鲚（Coilia mystus）优势度最高，为0.071；棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）最低，为0.014。COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示，鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率（95.60%）明显高于COⅠ基因（43.22%）。遗传距离和ABGD分析显示，COⅠ基因种内遗传距离为0～0.005（平均0.003），种间遗传距离为0.061～0.376（平均0.253），两者间存在明显的“条形码间隙”，ABGD划分结果与数据库比对结果一致；12S rRNA基因种内遗传距离为0～0.011（平均0.007），种间遗传距离为0.007～0.487（平均0.283），龟鰉（Chelon haematocheila）和前鳞龟鰉（Chelon affinis）种间遗传距离与种内遗传距离不形成“条形码间隙”，ABGD将其划分为同一种。系统发育分析显示，在种的分类阶元，所有物种均能聚为独立分支，得到有效区分。综上，线粒体COⅠ和12S rRNA条形码可有效鉴定珠江口大多数鱼卵和仔稚鱼，但是COⅠ基因扩增成功率较低，12S rRNA基因部分近缘物种存在区分困难的情况，两种基因结合使用更能提高鱼卵和仔稚鱼种类鉴定的成功率和准确性。

关键词

COⅠ基因 / 12S rRNA基因 / 鱼卵和仔稚鱼 / DNA条形码

Abstract

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In order to improve the success rate and accuracy of species identification of fish eggs and larvae, fish eggs and larvae samples collected from the Zhujiang River Estuary in spring were identified by DNA barcoding technology based on the mitochondrial COⅠand 12S rRNA genes. A total of 391 samples were amplified and 60 species in 7 orders, 25 families, 42 genera were successfully identified (2 species were not identified). Among them, Perciformes had the most species and quantity accounting for 51.6% and 47.91% respectively, followed by Clupeiformes with 25% and 34.56% respectively. There were 10 dominant species, among which Coilia mystus had the highest dominance of 0.071, Collichthys lucidus had the lowest dominance of 0.014. The amplification results of COⅠand 12S rRNA gene fragments showed that the success rate of 12S rRNA gene amplification in eggs and larvae (95.60%) was significantly higher than that of COⅠgene (43.22%). Genetic distance and ABGD analysis showed that the intraspecies genetic distance of COⅠ gene was 0−0.005 (average was 0.003), and the interspecific genetic distance was 0.061−0.376 (average was 0.253), and there was an obvious “barcode gap” between them. The intraspecific genetic distance of 12S rRNA gene was 0−0.011 (average was 0.007), and the interspecific genetic distance was 0.007−0.487(average was 0.283). which do not form a “barcode gap” between the interspecific and intraspecies genetic distances. The Bayesian phylogenetic tree based on COⅠ and 12S rRNA genes showed that all species could be clustered into independent branches and can be effectively distinguished. The above results show that both COⅠ gene and 12S rRNA gene can be used for the identification of most fish eggs and larvae, but the success rate of COⅠ gene amplification is low, and it is difficult to distinguish some closely related species of 12S rRNA gene. The combined use of the two genes can improve the success rate and accuracy of species identification of fish eggs and larvae.

Key words

COⅠgene / 12S rRNA gene / fish eggs and larvae / DNA barcoding

引用本文

孔啸兰, 张帅, 陈作志, 林昭进, 蒋佩文, 江艳娥. 基于DNA条形码技术的珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征的研究. 海洋学报, 2023 , 45 (3) : 52 -65 . DOI: 10.12284/hyxb2023032

Xiaolan Kong, Shuai Zhang, Zuozhi Chen, Zhaojin Lin, Peiwen Jiang, Yan’e Jiang. Species composition and distribution characteristic of fish eggs and larvae based on DNA barcoding technology of the Zhujiang River Estuary in spring[J]. Haiyang Xuebao, 2023 , 45 (3) : 52 -65 . DOI: 10.12284/hyxb2023032

正文

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1 引言

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珠江口位于广东沿海中部，是典型的河口水域，因珠江径流带来了丰富的营养物质，使得该海域水质肥沃、饵料生物丰富，且该海域岛屿众多，生境复杂，是许多经济渔业种类产卵和索饵的重要场所，具有重要的渔业经济和生态保护价值^[1]。珠江口水域鱼类种类丰富，据统计共有1 009种，分属2纲，26目，157科，454属，主要是沿岸或河口性中小型鱼类，鲈形目种类占绝对优势^[2-3]。鱼卵和仔稚鱼是鱼类早期发育的重要阶段，作为鱼类种群补充的重要来源，鱼卵和仔稚鱼的分布和数量变化是评估水域产卵场、成鱼资源量等非常重要的数据资料^[4]。近几十年来，随着环境污染的加剧和海洋捕捞强度的增加，珠江口鱼类群落结构已经发生了变化^{[3, 5]}。同时，因鱼类产卵场等生态环境遭到破坏，鱼卵和仔稚鱼资源亦遭到严重破坏，鱼类产卵场、产卵亲体和幼鱼资源的保护与恢复工作迫在眉睫，而摸清该海域鱼卵和仔稚鱼的种类组成和数量变化是开展保护与恢复工作的重要前提^[6]。

鱼卵和仔稚鱼的鉴定是渔业资源调查的关键技术。然而传统的形态学鉴定在准确性方面存在很大的局限性。我国已知海洋鱼类已超过3 000种，但是有资料可查的鱼卵和仔稚鱼种类不超过300种，且鱼卵和仔稚鱼的形态学鉴定需要丰富的鉴定经验^[7]。DNA条形码技术，因其快速性、准确性和可模式化操作的优势，被迅速地应用于物种分类鉴定和生物多样性的研究，尤其是形态学区分困难的样品，如鱼卵和仔稚鱼等^[7-12]。目前应用最广泛的DNA条形码是线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ（cytochrome oxidase subunitⅠ, COⅠ）基因片段，Ward等^[13]使用COⅠ基因652 bp片段序列鉴定澳大利亚207种鱼类，结果表明COⅠ基因片段能够有效地区分不同物种。近年来，由于环境DNA（environmental DNA，eDNA）技术的发展急需片段更小的微型条形码。Miya等^[14]研发了一套12S rRNA基因的环境DNA通用的PCR引物，长度为163～185 bp，检测了230多种亚热带海洋鱼类物种，结果表明除少数近源物种外，该基因片段能够作为条形码有效区分鱼类物种，且对DNA量少且已降解的样品依然能够较好地扩增，尤其适用于鱼卵、仔稚鱼样品。

为了能更准确地了解珠江口鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征，同时比较两种线粒体条形码对珠江口鱼卵和仔稚鱼鉴定的适用性，本研究选取2020年春季珠江口鱼卵和仔稚鱼为研究对象，采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为条形码，对鱼卵和仔稚鱼样品进行分类鉴定和分析，论证两种条形码对珠江口鱼卵和仔稚鱼鉴定的可行性，为珠江口鱼类产卵场的保护和渔业资源的可持续利用提供数据支撑和理论依据。

2 材料与方法

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2.1 样品采集

鱼卵和仔稚鱼样品分别采用大型浮游生物网于表层水平拖网（拖速2～3节，拖网时长10 min）和上下层垂直拖网采集，采集到的样品用50%酒精固定后带回实验室。采样时间为2020年3月31日至4月3日，共采集9个站位（D1−D9），具体采样时间和站位如表1和图1所示。

2.2 基因组DNA提取与目的片段扩增

样品用双蒸水充分浸洗洗脱酒精后，置于1.5 mL离心管中，用海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒（天根，中国）提取基因组DNA，之后置于−20℃下保存备用。线粒体COⅠ基因片段扩增引物为Fish-F1：5'-TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC-3' 和 Fish-R1：5'-TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA-3' ^[12]。线粒体12S rRNA基因片段扩增引物为MiFish-F：5'-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3'和MiFish-R：5'-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3' ^[13]。PCR扩增反应总体积为15 μL，其中包括2×PCR Buffer 7.5 μL，2 mmol/L dNTPs 1 μL，正反向引物（10 μmol/L）各0.4 μL，KOD FX（1 U/μL）0.3 μL，DNA模版1 μL，加双蒸水至15 μL。PCR扩增程序为：98℃预变性2 min；98℃变性10 s，55/50℃退火30 s，68℃延伸40 s，40个循环；68℃延伸10 min。PCR产物经1.2%的琼脂糖凝胶电泳检测合格后送华大基因公司（深圳）双向测序。

2.3 数据分析

测序结果首先采用DNAstar软件根据峰图进行人工校对和拼接^[15]。校对后12S rRNA序列经鱼线粒体基因组数据库（Mitochondrial Genome Database of Fish，MitoFish）比对^[16]，COⅠ序列经生命条形码数据系统（Barcode of Life Data，BOLD）数据库^[17]比对，若无有效比对结果，采用GenBank数据库比对，进行物种鉴定，最后与自建的珠江口鱼类数据库比对校准。遗传相似度≥99%鉴定为同一物种；92%～99%鉴定为同属；85%～92%鉴定为同一科^[18-20]。使用MEGA7软件根据Kimura2-Parameter （K2P）双参数模型对种间遗传距离（interspecific genetic distance）和种内遗传距离（intraspecific genetic distance）进行计算^[21]。采用ABGD（Automatic Barcode Gap Discovery）软件将全部序列自动分组，将划分在同一组的样本认定为1个种^[22]。使用PhyloSuit软件中的MrBayes进行贝叶斯系统发育树构建^[23]并使用itol软件对系统发育树进行标记^[24]。站位图使用Ocean Data View 软件^[25]绘制。物种中文名和拉丁名参照《拉汉世界鱼类系统名典》^[26]校正。

鱼卵及仔稚鱼种类优势度采用以下公式计算^[27]：

(1)$ Y=(N_i/N)\times f_i\text{，} $

式中，N_i为第i种样品数量；N为所有种类样品总数量；f_i为第i种样品在所有站位中出现的频率。本研究中取Y≥0.01的种类为优势种^[28]。

3 结果与分析

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3.1 序列扩增结果

珠江口调查9个站位中，共获得鱼卵352粒，仔稚鱼39条，总计391个样品用于线粒体基因扩增（表2）。最终，线粒体COⅠ基因扩增获得有效序列169条，单倍型74条，鉴定鱼类43种，扩增成功率为43.22%；线粒体12S rRNA基因扩增获得有效序列369条，单倍型79条，鉴定鱼类59种，扩增成功率为95.60%。综合两个基因扩增结果，在总共391个样品中，成功鉴定382个样品，鉴定鱼类60种，扩增成功率为97.70%。

3.2 种类组成和数量分布

在9个站位，382个有效样品中，共鉴定出60种鱼类，隶属于7目25科42属，58种鱼类鉴定到种，1种鉴定到科（石首鱼科Sciaenidae），1种鉴定到属（斜棘鴨属Repomucenus），见表3。所有样品中，以鲈形目（Perciformes）种类和数量最多，种类数占比为51.6%，数量占比为47.91%，其次为鲱形目（Clupeiformes），种类数占比为25%，数量占比为34.56%。优势种10种，为凤鲚（Coilia mystus）、项斑项鲾（Nuchequula nuchalis）、日本金线鱼（Nemipterus japonicus）、岛屿侧带小公鱼（Stolephorus insularis）、叫姑鱼（Johnius grypotus）、黄泽小沙丁鱼（Sardinella lemuru）、太平洋棘鲷（Acanthopagrus pacificus）、卵鳎（Solea ovata）、中华舌鳎（Cynoglossus sinicus）、棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）。其中凤鲚优势度最高，为0.071；棘头梅童鱼最低，为0.014。

所有样品中，样品数最高的科是鳀科（Engraulidae），占样品总数的25.9%，鳀科主要种类为鲚属（Coilia）（61.6%）、侧带小公鱼属（Stolephorus）（21.2%）、棱鳀属（Thryssa）（17.2%），其中鲚属仅有凤鲚一种，占绝对优势；其次为石首鱼科，占样品总数的17%，主要种类为叫姑鱼属（Johnius）（56.2%）和梅童鱼属（Collichthys）（36.9%）；再次为鲱科（Clupeidae），占样品总数的32.3%，主要种类为小沙丁鱼属（Sardinella）（71.9%）占绝对优势。此外，样品数较多的科还有金线鱼科（Nemipteridae）、舌鳎科（Cynoglossidae）、鲾科（Leiognathidae）、鲷科（Sparidae）、鲻科（Mugilidae）等，金线鱼科仅有一种日本金线鱼。

鱼卵及仔稚鱼种类数量和分布如表3所示，数量超过站位鱼类数量50%的种类有棘头梅童鱼、凤鲚和日本金线鱼3种，超过10%的种类有12种。不同站位间种类数差异较大，如表2所示D1站最少，仅有鱼卵5种，仔稚鱼3种，D8站最多，有鱼卵18种，仔稚鱼3种。

从生态类型上来看，珠江口春季鱼卵和仔稚鱼主要以河口和近海中小型鱼类为主，主要是暖水性种类，如凤鲚、小沙丁鱼属、叫姑鱼属、日本金线鱼、卵鳎等，部分暖温性种类，如棘头梅童鱼、龟鰉（Chelon haematocheila）、红狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）、花鰶（Clupanodon thrissa）等，没有冷水性种类。

3.3 遗传距离计算和ABGD划分

169条COⅠ序列比对切齐，获得一致序列长度为650 bp。根据K2P模型计算种内和种间遗传距离。结果显示种内遗传距离为0～0.005，平均为0.003；种间距离为0.061～0.376，平均为0.253。369条12S rRNA序列比对切齐，获得一致序列长度为166～174 bp。根据K2P模型计算种内和种间遗传距离，结果显示种内遗传距离为0～0.011，平均为0.007；种间距离为0.007～0.487，平均为0.283。两个基因片段计算的种内遗传距离均远低于Ratnasingham和Hebert^[17]提出的最大种内距离为0.02的标准。COⅠ序列种间平均遗传距离为种内遗传距离的84倍，12S rRNA序列种间平均遗传距离为种内遗传距离的143倍，均符合种间遗传距离要为种内距离的10倍以上的规则^[17]。COⅠ序列的最小种间遗传距离远远大于最大种内遗传距离，两者间存在明显的“条形码间隙”。12S rRNA序列的最小种间遗传距离小于最大种内遗传距离，两者间存在交叉重叠，不形成“条形码间隙”。12S rRNA序列的最小种间遗传距离0.007存在于龟鰉和前鳞龟鰉（Chelon affinis）两个种之间，除此外，12S rRNA序列的其他种间遗传距离均大于种内遗传距离且大于0.02。

通过ABGD软件以0.001～0.100先验值P区间对74条COⅠ序列和79条12S rRNA序列单倍型进行划分，结果如图2所示，初始划分结果较为稳定。COⅠ序列74条单倍型序列在先验值P为0.001～0.061 6时被分为43组，结果与数据库比对鉴定种类数一致。12S rRNA序列79条单倍型序列在先验值P为0.001～0.008 9时被分为58组，此结果最接近数据库比对鉴定种类数59种。其中，龟鰉和前鳞龟鰉被分为同一组。

3.4 系统发育分析

基于COⅠ基因片段构建的贝叶斯系统发育树如图3所示，所有种类能够聚为独立分支，各物种均能得到有效区分。在属的分类阶元上，同属物种均能形成单系支，例如，棱鳀属、棘鲷属（Acanthopagrus）、海鰶属（Nematalosa）等。在科的分类阶元上，同科的物种亦均能形成独立分支，例如，鲷科、鳀科、石首鱼科、鲻科和鳚科（Blenniidae）等。

基于12S rRNA序列构建的贝叶斯系统发育树如图4所示，所有种类能够聚为独立分支，各物种均能得到有效区分。在属的分类阶元上，棱鳀属未能聚为一支外，其他属均聚为一支，例如，叫姑鱼属、舌鳎属、棘鲷属、小沙丁鱼属等。在科的分类阶元上，石首鱼科被分为多支，鲬科（ Platycephalidae）2种未聚为一支，其他鲱科、鳀科、鲻科、鲷科、舌鳎科均能聚为一支。

4 讨论

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4.1 珠江口鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布

本次调查水域主要包括虎门水道口、伶仃洋水域和部分近岸水域，气候条件与南海北部大陆架相近，鱼类适温类型相似，均以暖水性为主，少量暖温性种类，无冷温性种类。本区域与长江口相比，均属于不同纬度的亚热带河口区，优势种类较为相似，以凤鲚和棘头梅童鱼等小型咸淡水经济种类占优势^[29-30]。本次春季调查站位表层水温介于20～21.6℃之间，是鱼类繁殖最适宜的温度，鱼卵和仔稚鱼较为丰富，共鉴定出60种鱼类，隶属于7目25科42属，其中，以鲈形目种类和数量最多，其次为鲱形目，此结果与以往研究结果相一致^[31-33]。凤鲚是本次调查主要的优势种之一，仅分布于河口区盐度10以下站位，盐度最低的D1站位最多，说明凤鲚更偏向于低盐度水域。本文与肖瑜璋等^[32-33]的珠江口鱼卵仔鱼调查相比，优势种类多了凤鲚和棘头梅童鱼2种典型的河口鱼类，少了虾虎鱼科（Gobiidae）和鴨科（Callionymidae）的种类，这可能与本次调查范围更偏向河口区以及采样时间、方式等不同均存在一定关系。

研究表明，鱼卵和仔稚鱼的组成和分布与水温、盐度等环境因子关系密切，季节变化明显^[34-35]。本次调查发现调查水域水温相近，均有利于鱼卵和仔稚鱼的繁殖和生长，鱼卵和仔稚鱼的分布与盐度密切相关。如表1各站位盐度显示，D1站位于虎门水道口，D2、D3、D5站位于西侧珠江入海口区域，受珠江径流影响，盐度较低，均在10以下，为河口咸淡水区域。此低盐度区域鱼卵和仔稚鱼种类数最少，但偏好低盐度的凤鲚和棘头梅童鱼数量丰富，另还有花鰶、银鱼属（Salanx）等种类仅分布于此。D7站位于最东侧，盐度最高，超过30，为高盐区，日本海鰶（Nematalosa japonica）、多齿蛇鲻（Saurida tumbil）、龙头鱼（Harpadon nehereus）、舌鳎属等更偏向于此区域。D4、D6、D8和D9站盐度均在20～30之间，为海湾冲淡水区，此区域咸淡水种类和近岸种类均较多分布，是鱼卵和仔稚鱼的主要繁殖和发育地，主要有小沙丁鱼属、小公鱼属、石首鱼科等。有部分种类如项斑项鲾为广盐性鱼类，几乎所有站位均有分布。种类数最多的D6青洲和D8桂山岛站位，以往的研究已认为该水域为春季鱼卵和仔稚鱼的重要分布区域^[36-37]。此区域处于径流和潮流的消能带和咸淡水交汇处，营养丰富，且盐度处于23～30之间，这与李建生等^[38]认为的长江口表层盐度24～32水域为鱼卵和仔稚鱼的主要分布区域的盐度范围极为相近。

本文仅有1个航次的调查，在分析种类组成和分布上略显不足，今后还需要结合多年份、多季节调查数据更为准确地评估珠江口鱼卵和仔稚鱼的组成和分布状况。

4.2 线粒体COⅠ和12S rRNA基因在鱼卵和仔稚鱼鉴定中的适用性

DNA条形码技术始于2003年^[18]，2006年首次报道用于鱼卵和仔稚鱼的鉴定^[39]，随后因其具有操作简单、易于掌握、准确性高的优势在鱼类鉴定中得到了广泛应用^[40-41]。Ward等^[13]开发的COⅠ基因条形码通用引物目前在鱼类鉴定中应用最为广泛，包括鱼卵和仔稚鱼的鉴定。但是由于鱼卵和仔稚鱼样品DNA量较少，提取DNA过程中容易造成DNA的丢失、断裂等，Fish引物在扩增鱼卵和仔稚鱼时的成功率一直不太稳定。国内外多位学者使用Fish引物对鱼卵和仔稚鱼COⅠ基因片段扩增结果显示成功率在42.3%～84.6%，平均为60.7%^{[7-8, 12, 42-44]}。随着环境DNA技术的发展，急需片段更小的微型条形码。Miya等^[14]开发的12S rRNA基因微型条形码Mifish引物在应用中被发现对鱼卵和仔稚鱼等DNA量少且已降解的样品依然能够较好地扩增。基于上述原因，本文选择这两个具有代表性的条形码分别对珠江口鱼卵和仔稚鱼样品进行扩增分析，探究其在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。

本文COⅠ基因扩增获得有效序列169条，扩增成功率为43.22%；12S rRNA基因扩增获得有效序列369条，扩增成功率为95.60%。从扩增成功率来看，12S rRNA基因Mifish引物更具有优势。

COⅠ基因的种内遗传距离（0～0.005）均小于0.02，种间遗传距离（0.061～0.376）均大于0.02，种间平均遗传距离为种内遗传距离的84倍，符合Hebert等^[18]提出的0.02作为DNA条形码物种划分的阈值和种间遗传距离大于种内遗传距离10倍以上规则。种间遗传距离和种内遗传距离之间存在明显的“条形码间隙”，ABGD划分与数据库比对结果相一致。系统发育树显示，科、属、种各分类阶元物种均能聚为独立分支。以上结果均表明，COⅠ基因可以作为条形码对鱼卵和仔稚鱼种类成功鉴定且可进一步分析其系统进化关系。

12S rRNA基因种内遗传距离（0～0.011）均小于0.02，种间遗传距离最小为0.007（龟鰉和前鳞龟鰉），小于0.02且与种内遗传距离存在交叉重叠，其余种间遗传距离（0.021～0.487）均大于0.02，种间平均遗传距离为种内遗传距离的143倍。ABGD划分将龟鰉和前鳞龟鰉划为同一种，其他种类与数据库比对结果一致。可见，12S rRNA基因对大多数鱼卵和仔稚鱼可以成功鉴定，但对个别近缘物种（龟鰉和前鳞龟鰉）难以有效区分。系统进化树显示在属和科的分类阶元上聚类关系不是很清晰，不适合分析种以上高分类阶元的系统进化关系。

综上所述，COⅠ和12S rRNA基因片段用于珠江口鱼卵和仔稚鱼鉴定各有优缺点，COⅠ基因片段在种类划分和系统发育分析方面更为准确，但扩增成功率较低。12S rRNA基因片段扩增成功率高，但部分近缘物种难以有效区分，且不适合高分类阶元的系统发育分析。作者认为，12S rRNA基因可以用于单纯的鱼卵和仔稚鱼分子鉴定，在少数近缘物种鉴定中结合COⅠ基因综合分析将是最佳选择。

基金

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广东省重点领域研发计划（2020B1111030001）；南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）人才团队引进重大专项（GML2019ZD0605）；中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项（2020TD05）。

参考文献

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文献

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排序方式：

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2023年第45卷第3期

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doi: 10.12284/hyxb2023032

接收时间：2022-08-10
首发时间：2025-12-26
出版时间：2023-03-01

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作者

出版历史

收稿日期：2022-08-10
修回日期：2022-09-22

基金

广东省重点领域研发计划（2020B1111030001）；南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）人才团队引进重大专项（GML2019ZD0605）；中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项（2020TD05）。

作者信息

¹ 中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室，广东广州 510300

² 南方海洋科学与工程广东省实验室（广州），广东广州 511458

通讯作者:

*陈作志，男，研究员，主要从事海洋生态和渔业资源研究。E-mail: zzchen2000@163.com

参考文献

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https://castjournals.cast.org.cn/joweb/hyxb/CN/10.12284/hyxb2023032

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2种不同金属材料的力学参数

科 Family	属数 Number of genus	种数 Number of species	占总种数比例 Percentage of total species (%)	属 Genus	种数 Number of species	占总种数比例 Percentage of total species (%)
鹅膏菌科Amanitaceae	2	11	5.26	鹅膏菌属 Amanita	10	4.78
小菇科 Mycenaceae	2	12	5.74	丝盖伞属 Inocybe	5	2.39
多孔菌科 Polyporaceae	8	14	6.70	蜡蘑属 Laccaria	5	2.39
红菇科 Russulaceae	3	23	11.00	小皮伞属 Marasmius	6	2.87
				小菇属 Mycena	11	5.26
				光柄菇属 Pluteus	5	2.39
				红菇属 Russula	17	8.13
				栓菌属 Trametes	5	2.39

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TxT

站位	采样时间	水深/m	表层盐度
D1	2020年4月3日	24	1.45
D2	2020年4月3日	15	7.85
D3	2020年4月2日	6	6.95
D4	2020年4月2日	10	25.6
D5	2020年4月1日	6.5	8
D6	2020年4月1日	9	23.57
D7	2020年4月1日	24	32.52
D8	2020年3月31日	13	28.82
D9	2020年3月31日	18	27.82

站位

采样时间

水深/m

表层盐度

2020年4月3日

1.45

2020年4月3日

7.85

2020年4月2日

6.95

2020年4月2日

25.6

2020年4月1日

6.5

2020年4月1日

23.57

2020年4月1日

32.52

2020年3月31日

28.82

2020年3月31日

27.82

站位	总扩增数		有效数		种类数
D1	42	4		42	4		5	3
D2	39	0	38	0	9	0
D3	31	17	28	17	14	7
D4	40	0	40	0	15	0
D5	40	8	40	8	14	4
D6	40	1	40	1	20	1
D7	42	0	42	0	18	0
D8	40	5	36	5	18	3
D9	38	4	37	4	10	4
总计	352	39	343	39	52	15

站位

总扩增数

有效数

种类数

鱼卵

仔稚鱼

鱼卵

仔稚鱼

鱼卵

仔稚鱼

总计

352

343

目	科	属	种	样本量/个	相似度/%
注：●表示本种类在本站位数量占比为50%～100%；◎表示本种类在本站位数量占比为10%～50%；○表示本种类在本站位数量占比为0～10%（不包括0）；─表示未扩增成功或本种类在本站位无。
鲱形目 Clupeiformes	锯腹鳓科 Pristigasteridae	鳓属 Ilisha	鳓鱼 Ilisha elongata	1	100	99.85	─	─	─	─	─	─	─	○	─
	鳀科 Engraulidae	棱鳀属 Thryssa	黄吻棱鳀 Thryssa vitrirostris	6	100	99.82	○	─	─	○	─	○	─	○	─
			赤鼻棱鳀 Thryssa kammalensis	6	100	─	─	─	─	─	─	○	◎	─	─
			杜氏棱鳀 Thryssa dussumieri	4	100	99.85	─	─	─	─	○	○	○	─	─
			汉氏棱鳀 Thryssa hamiltonii	1	100	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		侧带小公鱼属 Stolephorus	岛屿侧带小公鱼 Stolephorus insularis	20	100	100	─	─	○	─	○	○	◎	◎	─
			康氏侧带小公鱼 Stolephorus commersonnii	1	100	99.40	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		鲚属 Coilia	凤鲚 Coilia mystus	61	100	100	●	○	◎	─	◎	─	─	─	─
	鲱科 Clupeidae	小沙丁鱼属 Sardinella	黄泽小沙丁鱼 Sardinella lemuru	17	100	─	─	─	◎	◎	○	○	─	○	─
			隆背小沙丁鱼 Sardinella gibbosa	4	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			裘氏小沙丁鱼 Sardinella jussieu	2	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─	○
		斑鰶属 Konosirus	斑鰶 Konosirus punctatus	1	99	─	─	─	─	─	─	○	─	─	─
		海鰶属 Nematalosa	日本海鰶 Nematalosa japonica	2	100	100	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			高鼻海鰶 Nematalosa nasus	1	100	100	─	─	─	○	─	─	─	─	─
		鰶属 Clupanodon	花鰶 Clupanodon thrissa	5	100	─	○	─	○	─	─	─	─	─	─
胡瓜鱼目 Osmeriformes	胡瓜鱼科 Osmeridae	银鱼属 Salanx	居氏银鱼 Salanx cuvieri	1	99	99.69	○	─	─	─	─	─	─	─	─
仙女鱼目 Aulopiformes	狗母鱼科 Synodontidae	蛇鲻属 Saurida	多齿蛇鲻 Saurida tumbil	2	100	99.84	─	─	─	─	─	○	○	─	─
		龙头鱼属 Harpadon	龙头鱼 Harpadon nehereus	1	100	100	─	─	─	─	─	─	○	─	─
鲻形目 Mugiliformes	鲻科 Mugilidae	莫鲻属 Moolgarda	长鳍莫鲻 Moolgarda cunnesius	6	100	100	─	─	○	─	─	○	─	○	○
		龟鰉属 Chelon	龟鰉 Chelon haematocheila	9	100	100	○	◎	─	─	─	─	─	─	─
			前鳞龟鰉 Chelon affinis	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	─	○
鲉形目Scorpaeniformes	鲉科 Scorpaenidae	鬼鲉属 Inimicus	日本鬼鲉 Inimicus japonicus	1	100	99.84	─	─	─	○	─	─	─	─	─
	鲬科 Platycephalidae	鳄鲬属 Cociella	鳄鲬 Cociella crocodilus	2	100	100	─	─	─	─	○	─	─	○	─
		瞳鲬属 Inegocia	日本瞳鲬 Inegocia japonica	9	100	100	─	─	○	─	─	─	◎	─	─
鲈形目 Perciformes	双边鱼科 Ambassidae	双边鱼属 Ambassis	裸头双边鱼 Ambassis gymnocephalus	11	100	100	○	○	─	◎	─	─	─	─	─
	鮨科 Serranidae	石斑鱼属 Epinephelus	斑带石斑鱼 Epinephelus fasciatomaculosus	3	100	─	─	─	─	─	─	○	─	○	─
	天竺鲷科 Apogonidae	天竺鲷属 Apogon	宽条天竺鲷 Apogon fasciatus	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─
	鱚科 Sillaginidae	鱚属 Sillago	多鳞鱚 Sillago sihama	5	100	100	─	○	─	─	○	○	─	○	○
			少鳞鱚 Sillago japonica	1	100	100	─	─	─	─	─	○	─	─	─
	鲾科 Leiognathidae	项鲾属 Nuchequula	项斑项鲾 Nuchequula nuchalis	18	100	100	─	○	○	◎	○	○	○	◎	○
		光胸鲾属 Photopectoralis	黄斑光胸鲾 Photopectoralis bindus	4	100	100	─	○	─	○	─	─	─	─	─
	银鲈科 Gerreidae	银鲈属 Gerres	红尾银鲈 Gerres erythrourus	6	100	100	─	○	─	○	─	○	─	○	─
	仿石鲈科 Haemulidae	少棘胡椒鲷属 Diagramma	密點少棘胡椒鲷 Diagramma picta	8	100	100	─	─	─	─	○	○	○	─	─
		矶鲈属 Parapristipoma	三线矶鲈 Parapristipoma trilineatum	2	100	100	─	─	─	─	○	─	○	─	─
	金线鱼科 Nemipteridae	金线鱼属 Nemipterus	日本金线鱼 Nemipterus japonicus	28	100	100	─	─	○	─	○	○	○	─	●
	鲷科 Sparidae	棘鲷属 Acanthopagrus	灰鳍棘鲷 Acanthopagrus berda	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─
			黑棘鲷 Acanthopagrus schlegelii	4	100	100	─	─	○	○	○	─	─	─	─
			太平洋棘鲷 Acanthopagrus pacificus	12	99	100	─	─	○	○	○	○	─	─	○
	石首鱼科 Sciaenidae			3	87.5	─	─	─	○	○	○	─	─	─	─
		牙鱛属 Otolithes	红牙鱛 Otolithes ruber	3	100	99.64	─	─	○	─	─	─	─	○	○
		黄姑鱼属 Nibea	黄姑鱼 Nibea albiflora	3	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	○
		梅童鱼属 Collichthys	棘头梅童鱼 Collichthys lucidus	24	100	100	○	●	─	─	─	─	─	─	─
		白姑鱼属 Pennahia	截尾白姑鱼 Pennahia anea	1	99	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
		叫姑鱼属 Johnius	叫姑鱼 Johnius grypotus	18	100	─	─	○	○	─	◎	○	─	○	─
			卡氏叫姑鱼 Johnius carouna	4	100	99.83	─	─	○	─	─	○	─	○	─
			皮氏叫姑鱼 Johnius belangerii	5	100	─	─	─	─	○	─	─	○	○	─
			屈氏叫姑鱼 Johnius trewavasae	3	100	─	─	─	─	─	○	─	○	○	─
		枝鳔石首鱼属 Dendrophysa	勒氏枝鳔石首鱼 Dendrophysa russelii	1	100	99.85	─	─	─	○	─	─	─	─	─
	隆头鱼科 Labridae	海猪鱼属 Halichoeres	黑带海猪鱼 Halichoeres nigrescens	4	100	100	─	─	─	─	─	─	─	○	○
	鳚科 Blenniidae	宽颌鳚属 Laiphognathus	长棘宽颌鳚 Laiphognathus longispinis	1	100	100	─	─	─	─	─	─	─	─	○
		肩鳃鳚属 Omobranchus	斑头肩鳃鳚 Omobranchus fasciolatoceps	1	100	99.69	─	─	○	─	─	─	─	─	─
			斑點肩鰓鳚 Omobranchus punctatus	1	─	99.84	─	─	─	─	─	─	─	─	○
	鴨科 Callionymidae	斜棘鴨属 Repomucenus	斜棘鴨属未定种 Repomucenus sp.	1	100	100	─	─	○	─	─	─	─	─	─
	虾虎鱼科 Gobiidae	狼牙虾虎鱼属 Odontamblyopus	红狼牙虾虎鱼 Odontamblyopus rubicundus	5	100	─	─	─	○	─	○	─	─	─	─
	鲳科 Stromateidae	鲳属 Pampus	灰鲳 Pampus cinereus	1	100	─	─	─	─	─	─	○	─	─	─
鲽形目 Pleuronectiformes	鳎科 Soleidae	鳎属 Solea	卵鳎 Solea ovata	12	100	100	─	─	○	◎	─	○	○	─	○
	舌鳎科 Cynoglossidae	舌鳎属 Cynoglossus	中华舌鳎 Cynoglossus sinicus	14	100	─	─	─	○	─	○	◎	─	○	─
			长体舌鳎 Cynoglossus lingua	1	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			斑头舌鳎 Cynoglossus puncticeps	1	100	─	─	─	─	─	─	─	○	─	─
			巨鳞舌鳎 Cynoglossus macrolepidotus	7	100	100	─	─	─	─	─	○	─	○	◎

目

科

属

种

样本量/个

相似度/%

站位

12S rRNA

COⅠ

注：●表示本种类在本站位数量占比为50%～100%；◎表示本种类在本站位数量占比为10%～50%；○表示本种类在本站位数量占比为0～10%（不包括0）；─表示未扩增成功或本种类在本站位无。

鲱形目
Clupeiformes

锯腹鳓科
Pristigasteridae

鳓属
Ilisha

鳓鱼
Ilisha elongata

100

99.85

─

○

─

鳀科
Engraulidae

棱鳀属
Thryssa

黄吻棱鳀
Thryssa vitrirostris

100

99.82

○

─

○

─

○

─

○

─

赤鼻棱鳀
Thryssa kammalensis

100

─

○

◎

─

杜氏棱鳀
Thryssa dussumieri

100

99.85

─

○

─

汉氏棱鳀
Thryssa hamiltonii

100

─

○

─

侧带小公鱼属
Stolephorus

岛屿侧带小公鱼
Stolephorus insularis

100

─

○

─

○

◎

─

康氏侧带小公鱼
Stolephorus commersonnii

100

99.40

─

○

─

鲚属
Coilia

凤鲚
Coilia mystus

100

●

○

◎

─

◎

─

鲱科
Clupeidae

小沙丁鱼属
Sardinella

黄泽小沙丁鱼
Sardinella lemuru

100

─

◎

○

─

○

─

隆背小沙丁鱼
Sardinella gibbosa

100

─

○

─

裘氏小沙丁鱼
Sardinella jussieu

100

─

○

─

○

斑鰶属
Konosirus

斑鰶
Konosirus punctatus

─

○

─

海鰶属
Nematalosa

日本海鰶
Nematalosa japonica

100

─

○

─

高鼻海鰶
Nematalosa nasus

100

─

○

─

鰶属
Clupanodon

花鰶
Clupanodon thrissa

100

─

○

─

○

─

胡瓜鱼目
Osmeriformes

胡瓜鱼科
Osmeridae

银鱼属
Salanx

居氏银鱼
Salanx cuvieri

99.69

○

─

仙女鱼目
Aulopiformes

狗母鱼科
Synodontidae

蛇鲻属
Saurida

多齿蛇鲻
Saurida tumbil

100

99.84

─

○

─

龙头鱼属
Harpadon

龙头鱼
Harpadon nehereus

100

─

○

─

鲻形目
Mugiliformes

鲻科
Mugilidae

莫鲻属
Moolgarda

长鳍莫鲻
Moolgarda cunnesius

100

─

○

─

○

─

○

龟鰉属
Chelon

龟鰉
Chelon haematocheila

100

○

◎

─

前鳞龟鰉
Chelon affinis

100

─

○

鲉形目Scorpaeniformes

鲉科
Scorpaenidae

鬼鲉属
Inimicus

日本鬼鲉
Inimicus japonicus

100

99.84

─

○

─

鲬科
Platycephalidae

鳄鲬属
Cociella

鳄鲬
Cociella crocodilus

100

─

○

─

○

─

瞳鲬属
Inegocia

日本瞳鲬
Inegocia japonica

100

─

○

─

◎

─

鲈形目
Perciformes

双边鱼科
Ambassidae

双边鱼属
Ambassis

裸头双边鱼
Ambassis gymnocephalus

100

○

─

◎

─

鮨科
Serranidae

石斑鱼属
Epinephelus

斑带石斑鱼
Epinephelus fasciatomaculosus

100

─

○

─

○

─

天竺鲷科
Apogonidae

天竺鲷属
Apogon

宽条天竺鲷
Apogon fasciatus

100

─

○

─

鱚科
Sillaginidae

鱚属
Sillago

多鳞鱚
Sillago sihama

100

─

○

─

○

─

○

少鳞鱚
Sillago japonica

100

─

○

─

鲾科
Leiognathidae

项鲾属
Nuchequula

项斑项鲾
Nuchequula nuchalis

100

─

○

◎

○

◎

○

光胸鲾属
Photopectoralis

黄斑光胸鲾
Photopectoralis bindus

100

─

○

─

○

─

银鲈科
Gerreidae

银鲈属
Gerres

红尾银鲈
Gerres erythrourus

100

─

○

─

○

─

○

─

○

─

仿石鲈科
Haemulidae

少棘胡椒鲷属
Diagramma

密點少棘胡椒鲷
Diagramma picta

100

─

○

─

矶鲈属
Parapristipoma

三线矶鲈
Parapristipoma trilineatum

100

─

○

─

○

─

金线鱼科
Nemipteridae

金线鱼属
Nemipterus

日本金线鱼
Nemipterus japonicus

100

─

○

─

○

─

●

鲷科
Sparidae

棘鲷属
Acanthopagrus

灰鳍棘鲷
Acanthopagrus berda

100

─

○

─

黑棘鲷
Acanthopagrus schlegelii

100

─

○

─

太平洋棘鲷
Acanthopagrus pacificus

100

─

○

─

○

石首鱼科
Sciaenidae

87.5

─

○

─

牙鱛属
Otolithes

红牙鱛
Otolithes ruber

100

99.64

─

○

─

○

黄姑鱼属
Nibea

黄姑鱼
Nibea albiflora

100

─

○

梅童鱼属
Collichthys

棘头梅童鱼
Collichthys lucidus

100

○

●

─

白姑鱼属
Pennahia

截尾白姑鱼
Pennahia anea

─

○

─

叫姑鱼属
Johnius

叫姑鱼
Johnius grypotus

100

─

○

─

◎

○

─

○

─

卡氏叫姑鱼
Johnius carouna

100

99.83

─

○

─

○

─

○

─

皮氏叫姑鱼
Johnius belangerii

100

─

○

─

○

─

屈氏叫姑鱼
Johnius trewavasae

100

─

○

─

○

─

枝鳔石首鱼属
Dendrophysa

勒氏枝鳔石首鱼
Dendrophysa russelii

100

99.85

─

○

─

隆头鱼科
Labridae

海猪鱼属
Halichoeres

黑带海猪鱼
Halichoeres nigrescens

100

─

○

鳚科
Blenniidae

宽颌鳚属
Laiphognathus

长棘宽颌鳚
Laiphognathus longispinis

100

─

○

肩鳃鳚属
Omobranchus

斑头肩鳃鳚
Omobranchus fasciolatoceps

100

99.69

─

○

─

斑點肩鰓鳚
Omobranchus punctatus

─

99.84

─

○

鴨科
Callionymidae

斜棘鴨属
Repomucenus

斜棘鴨属未定种
Repomucenus sp.

100

─

○

─

虾虎鱼科
Gobiidae

狼牙虾虎鱼属
Odontamblyopus

红狼牙虾虎鱼
Odontamblyopus rubicundus

100

─

○

─

○

─

鲳科
Stromateidae

鲳属
Pampus

灰鲳
Pampus cinereus

100

─

○

─

鲽形目
Pleuronectiformes

鳎科
Soleidae

鳎属
Solea

卵鳎
Solea ovata

100

─

○

◎

─

○

─

○

舌鳎科
Cynoglossidae

舌鳎属
Cynoglossus

中华舌鳎
Cynoglossus sinicus

100

─

○

─

○

◎

─

○

─

长体舌鳎
Cynoglossus lingua

100

─

○

─

斑头舌鳎
Cynoglossus puncticeps

100

─

○

─

巨鳞舌鳎
Cynoglossus macrolepidotus

100

─

○

─

○

◎