热带作物学报

槠叶齐茶树叶绿体基因组特征与进化分析

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曾文娟 ¹^,²^,³ , 张其湘 ¹^,²^,³ , 贺宁 ¹^,²^,³ , 刘雅 ¹^,²^,³ , 龚意辉 ¹^,²^,³^,⁴ , 陈致印 ¹^,²^,³^,⁴^,^**^,^**

热带作物学报 | 组学与生物技术 2026,47(2): 313-324

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热带作物学报 |组学与生物技术 2026 , 47 (2) : 313 -324

槠叶齐茶树叶绿体基因组特征与进化分析

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曾文娟¹^,²^,³, 张其湘¹^,²^,³, 贺宁¹^,²^,³, 刘雅¹^,²^,³, 龚意辉¹^,²^,³^,⁴, 陈致印¹^,²^,³^,⁴^,^**^,^**

作者信息

^1．湖南人文科技学院农业与生物技术学院，湖南娄底　417000

^2．湖南人文科技学院湖南省园艺生产与加工类创新创业教育中心，湖南娄底　417000

^3．湖南人文科技学院湖南省创新创业示范基地，湖南娄底　417000

^4．湖南人文科技学院湖南省湘中特色农业资源开发利用与质量安全控制重点实验室，湖南娄底　417000

通讯作者:

^** 陈致印（CHEN Zhiyin），E-mail: 772612626@qq.com。

Chloroplast Genome Characteristics and Evolutionary Analysis of the Tea Plant Variety Zhuyeqi

Wenjuan ZENG¹^,²^,³, Qixiang ZHANG¹^,²^,³, Ning HE¹^,²^,³, Ya LIU¹^,²^,³, Yihui GONG¹^,²^,³^,⁴, Zhiyin CHEN¹^,²^,³^,⁴

Affiliations

^1.College of Agriculture and Biotechnology, Hunan University of Humanities, Science and Technology, Loudi, Hunan 417000, China

^2.Innovation and Entrepreneurship Education Center for Horticultural Production and Processing in Hunan Province, Hunan University of Humanities, Science and Technology, Loudi, Hunan 417000, China

^3.Hunan Provincial Innovation and Entrepreneurship Demonstration Base, Hunan University of Humanities, Science and Technology, Loudi, Hunan 417000, China

^4.Key Laboratory of Characteristic Agricultural Resource Development and Quality Safety Control in Hunan Province, Hunan University of Humanities, Science and Technology, Loudi, Hunan 417000, China

出版时间: 2026-02-25 doi: 10.3969/j.issn.1000-2561.2026.02.004

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摘要

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本研究对茶树品种槠叶齐叶绿体基因组进行测序，并重点分析其结构特征、密码子偏好性及系统发育关系。结果显示：其叶绿体基因组全长157 072 bp，共注释135个功能基因。研究发现其反向重复区（inverted repeat, IR）的GC含量最高（42.96%），并鉴定出clpP、ycf3等多个含内含子基因。密码子偏好性分析表明，槠叶齐叶绿体基因组的密码子偏好性较弱，且主要受自然选择主导（贡献率86.6%），最优密码子多以A/U结尾，这一结果与突变压力预期不符。系统发育分析进一步证实，槠叶齐与普洱茶、白毛茶等栽培类型聚为一个高支持率的单系分支，存在密切的母系遗传关联。本研究为深入解析山茶科物种进化及叶绿体功能优化提供重要依据。

关键词

茶树 / 槠叶齐 / 叶绿体基因组 / 密码子使用偏好性 / 系统发育

Abstract

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This study represents sequencing of the chloroplast genome of the tea plant variety Zhuyeqi, with a focus on analyzing its structural characteristics, codon usage bias, and phylogenetic relationships. The results revealed that its chloroplast genome had 157 072 bp, with 135 functional genes annotated. The GC content in the IR region was found to be the highest (42.96%), and several intron-containing genes, such as clpP and ycf3, were identified. Codon usage bias analysis indicated a relatively weak bias, primarily driven by natural selection (contribution rate of 86.6%). Optimal codons were mostly A/U-ending, deviating from expectations based on mutational pressure. Phylogenetic analysis further confirmed that Zhuyeqi formed a highly supported monophyletic clade with cultivated types such as Pu-erh tea and Baihao tea, demonstrating close maternal genetic relationships. This study would provide important insights into the evolution of Theaceae species and the functional optimization of chloroplast genomes.

Key words

Camellia sinensis / Zhuyeqi / chloroplast genome / codon usage bias / phylogenetic analysis

引用本文

曾文娟, 张其湘, 贺宁, 刘雅, 龚意辉, 陈致印. 槠叶齐茶树叶绿体基因组特征与进化分析. 热带作物学报, 2026 , 47 (2) : 313 -324 . DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2026.02.004

Wenjuan ZENG, Qixiang ZHANG, Ning HE, Ya LIU, Yihui GONG, Zhiyin CHEN. Chloroplast Genome Characteristics and Evolutionary Analysis of the Tea Plant Variety Zhuyeqi[J]. Chinese Journal of Tropical Crops, 2026 , 47 (2) : 313 -324 . DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2026.02.004

基金

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湖南省科技创新计划项目(2024RC8289)
国家级大学生创新创业训练项目(202510553020X)
省级大学生创新创业训练项目(S202510553039)

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排序方式：

2026年第47卷第2期

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doi: 10.3969/j.issn.1000-2561.2026.02.004

接收时间：2025-09-04
首发时间：2026-06-26
出版时间：2026-02-25

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出版历史

收稿日期：2025-09-04
录用日期：2025-11-07

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湖南省科技创新计划项目(2024RC8289)

国家级大学生创新创业训练项目(202510553020X)

省级大学生创新创业训练项目(S202510553039)

作者信息

^1．湖南人文科技学院农业与生物技术学院，湖南娄底　417000

^2．湖南人文科技学院湖南省园艺生产与加工类创新创业教育中心，湖南娄底　417000

^3．湖南人文科技学院湖南省创新创业示范基地，湖南娄底　417000

^4．湖南人文科技学院湖南省湘中特色农业资源开发利用与质量安全控制重点实验室，湖南娄底　417000

通讯作者:

^** 陈致印（CHEN Zhiyin），E-mail: 772612626@qq.com。

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2种不同金属材料的力学参数

科 Family	属数 Number of genus	种数 Number of species	占总种数比例 Percentage of total species (%)	属 Genus	种数 Number of species	占总种数比例 Percentage of total species (%)
鹅膏菌科Amanitaceae	2	11	5.26	鹅膏菌属 Amanita	10	4.78
小菇科 Mycenaceae	2	12	5.74	丝盖伞属 Inocybe	5	2.39
多孔菌科 Polyporaceae	8	14	6.70	蜡蘑属 Laccaria	5	2.39
红菇科 Russulaceae	3	23	11.00	小皮伞属 Marasmius	6	2.87
				小菇属 Mycena	11	5.26
				光柄菇属 Pluteus	5	2.39
				红菇属 Russula	17	8.13
				栓菌属 Trametes	5	2.39

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